口蹄疫病毒基因组内部核糖体进入位点一级和二级结构分析

以口蹄疫病毒(foot-and-mouth disease virus,FMDV)强毒China/99株牛舌水泡皮为材料,用RT-PCR法提取RNA及扩增目的cDNA,然后与pGEM-T Easy载体连接并转化JM109菌株,再经重组质粒电泳、PCR和EcoRI酶切鉴定.用DNAstar软件比较了内部核糖体进入位点(IRES)的序列差异,并用RNAdraw软件绘制和分析了该区段的二级结构.8株FMDV IRES核苷酸序列比较表明该区段较为保守,并对非保守区域进行了分析.二级结构分析表明,FMDV IRES至少有3种二级结构图形:第一型有5个结构域,与Pilipenko等报道的一致;第二和三型分别有6和11个结构域,与Pilipenko等报道的结果不同.无论FMDV IRES二级结构如何不同,但单链区大部分核苷酸序列或基序相同,如AACUCC、GAAA、CUUU、AGG、AACC、GUAA等.茎环柄部核苷酸对维持二级结构的空间构像具有十分重要的作用,环中或单链区序列(基序)在维持其功能方面具有很重要的作用,如GAAA和CUUU基序分别是三级结构的组件和嘧啶区结合蛋白的结合位点.     

口蹄疫病毒株China/99L区段核苷酸序列测定及比较分析

以口蹄疫病毒株China/99 RNA为模板,反转录并扩增目的cDNA,然后与pGEM-T Easy载体连接并转化JM109菌株,提取的重组质粒用电泳、PCR ampos和EcoR1酶切法鉴定.该毒株与A10、O\-1K、O1C ampos和TW45毒株的核苷酸序列差异率分别为15.27%、15.56%、15.56%和15.49%;氨基酸序列差异率分别为8.29%、8.76%、9.22%和10.14%.五个毒株的L/P1连接处均为苷氨酸(Gly)/异亮氨酸(Ile).序列比较表明,T-C、A-G和A-C转换率较高,是点突变的热点核苷酸,是影响氨基酸稳定的因素之一.第43-53、95-105、108-111、146-153、161-173、183-188和182-187区域极有可能是L蛋白酶的活性中心,第48位的H、51的C、65位的E、95位的H、109位的H、138位的H、148位的H和165位的E可能是L蛋白酶的活性位点,它们在维持蛋白质的空间构像和功能方面具有重要作用.     

口蹄疫病毒非结构蛋白P3区的基因序列及分析

以口蹄疫Akesu/58分离株的53代牛舌皮病料为材料,采用RT-PCR法,扩增和克隆了两个约1.5kb的DNA片段.核酸序列测得结果对接后,涵盖了全部P3区的基因序列.口蹄疫Akesu/58分离株基因组P3区的核酸序列共计2,724nt,包括一个终止密码子TAA,共编码907个氨基酸;其中非结构蛋白3A的基因是459nt,编码153个氨基酸;3个3B(VPg)基因分别是69、72和72nt,氨基酸分别为23、24和24;3C是639nt,213个氨基酸;3D是1,413nt,471个氨基酸.各蛋白间由Glu/Gly(Ser)连接.序列比较显示3A的C端易变,其它区的变易呈零星散在.