利用单基因组扩增法对马传染性贫血病毒疫苗株异质性的分析

前期研究发现,马传染性贫血病毒（Equine infectious anemia virus EIAV）中国弱毒疫苗株并非单一病毒,而是由多种准种（quasispecies）组成的种群。阐明该疫苗株的具体构成,对于确定优势疫苗株和分析其在体内的进化具有重要意义。本研究比较了传统RNA病毒测序法（即bulk PCR）和单基因组扩增法（Single-genome Amplification, SGA）在扩增EIAV疫苗株囊膜表面蛋白gp90基因 V3~V5区序列上的差异。结果发现,利用SGA法和bulk PCR法获得的序列在组内差异率分别为1.84%和1.88%。进一步序列比较发现,SGA法扩增的序列中除了含有与bulk PCR法中同源性较高的序列外,还存在bulk PCR法未检出的含强毒株LN40特异性位点,以及单个氨基酸缺失的序列。上述序列的存在为该疫苗株“多克隆构成”假说提供了佐证。此外,在对抽样偏差分析中发现,由于疫苗株中各种病毒准种在量上的差异,使得传统bulk PCR法不能有效的扩增组成比例较低的病毒准种,而导致测得的序列组成不能完全代表实际情况。SGA法通过对单基因组分的扩增和测序,可避免bulk PCR法的以上缺陷,在分析以准种形式存在的RNA病毒序列方面具有独特的优势。