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目的 目前,如何从核磁共振(nuclear magnetic resonance,NMR)光谱实验中准确地确定蛋白质的三维结构是生物物理学中的一个热门课题,因为蛋白质是生物体的重要组成成分,了解蛋白质的空间结构对研究其功能至关重要,然而由于实验数据的严重缺乏使其成为一个很大的挑战。方法 在本文中,通过恢复距离矩阵的矩阵填充(matrix completion,MC)算法来解决蛋白质结构确定问题。首先,初始距离矩阵模型被建立,由于实验数据的缺乏,此时的初始距离矩阵为不完整矩阵,随后通过MC算法恢复初始距离矩阵的缺失数据,从而获得整个蛋白质三维结构。为了进一步测试算法的性能,本文选取了4种不同拓扑结构的蛋白质和6种现有的MC算法进行了测试,探究了算法在不同的采样率以及不同程度噪声的情况下算法的恢复效果。结果 通过分析均方根偏差(root-mean-square deviation,RMSD)和计算时间这两个重要指标的平均值及标准差评估了算法的性能,结果显示当采样率和噪声因子控制在一定范围内时,RMSD值和标准差都能达到很小的值。另外本文更加具体地比较了不同算法的特点和优势,在精确采样情况下... 相似文献
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岩蟹属甲壳纲(Crustacea)歪尾类(Anomura)寄居蟹总科(Paguroidea)岩蟹科(Lithodidae)。特征是头胸甲蟹形,腹部折向下面,螯足发达,第1—3对步足亚圆柱形,第四对步足细小,折向鳃间,雄性无腹肢,雌性渐减少,无尾肢,东海水产研究所采得岩蟹亚科不少,特征是头胸甲呈圆三角形,额角显著,刺状或较钝,腹部平坦,有3—5腹节。此亚科多在深海冷水中居住,大西洋、太平洋及远东诸海皆有分布。苏联(1938)报道在欧洲、美洲及亚洲沿海有7属12种,日本酒井恒(1976)报道日本有5属14种,三宅贞祥(1978)报道有6属15种。我们在东海采得3属:1.仿岩蟹属Paralomis White,1858,已知5种,采得3种。2.岩蟹属Lithodes Latvielle,1806,已知5种,采得2种。3.新岩蟹属Neolithodes A.Milne-Edwards,1894,已知4种,采得1种。酒井恒记述有3种是日本地方种,而我们在东海采到了,计有6种,其中一种以前未见报道,定为新种,模式标本存杭州大学生物系及东海水产研究所。今记述于下。 相似文献
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