部分模式真菌中Prp5蛋白生物信息学分析

【目的】利用生物信息学方法对7种模式真菌中Prp5蛋白进行分析,为进一步研究Prp5蛋白在RNA剪接中的作用及其他独特的生物学功能提供基础。【方法】利用多种在线网站与软件分析和预测了稻瘟菌、裂殖酵母、酿酒酵母、粗糙脉胞菌、构巢曲霉、新生隐球菌、白色念珠菌Prp5蛋白的基本特性、二级结构、结构域及三级结构,同时对7种Prp5蛋白进行同源比对,并构建了系统进化树。【结果】所有研究蛋白均为不稳定的亲水性蛋白,稻瘟菌、粗糙脉胞菌、构巢曲霉的Prp5蛋白及裂殖酵母Prp11蛋白均呈碱性,而新生隐球菌与白色念珠菌的Prp5蛋白显酸性;进化分析显示稻瘟菌和粗糙脉胞菌亲缘关系最近,且7种模式生物被分为两个类群;二级结构以α螺旋为主;所有蛋白均含有DEAD和Helicase_C功能结构域;三级结构分析显示DEAD结构域较稳定,而Helicase_C结构域在空间结构上存在一定的变化。【结论】Prp5蛋白在不同真菌中具有保守性,因此可能发挥相似的生物学功能。然而酿酒酵母Prp5蛋白结构上略有变化,表明其在功能上可能具有一定独特性。研究结果对指导Prp5蛋白的进一步研究具有一定的参考价值。