基于基因表达变异性的通路富集方法研究

当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析．我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降．因此本研究假设：通路变异性程度在不同表型中存在差异．本文设计了14种描述通路变异性的统计量与检验方法,检测不同表型下变异性有差异的通路即富集通路,并将富集结果与文献检索结果进行比较,同时,分析不同芯片预处理方法对数据和结果的影响．研究结果表明：5种预处理方法中,多阵列对数健壮算法(RMA)是数据预处理的最优方法;不同表型下通路的变异性程度存在差异;根据文献检索的通路结果,14种基于变异性的通路富集方法中,以通路中各基因欧氏距离的方差做统计量进行permutation检验(方法11)能有效识别显著通路,其富集结果优于基因集富集分析(GSEA)．综上所述,基于通路变异性的通路富集策略具有可行性,不仅对通路富集分析有一定的理论指导意义,而且为人类疾病研究提供新的视角．     

EPO/EPOR-JAK2-STAT5信号传导通路在成釉细胞瘤中表达意义的研究

目的:促红细胞生成素(EPO)及其受体(EPOR)具有促进细胞分裂、生存、肿瘤血管新生以及肿瘤细胞的侵润和转移等多种生物学功能.EPO/EPOR激活的蛋白酪氨酸激酶-2(JAK2)、信号转导子和转录激活子5(STAT5)这一信号传导通路导致头颈部鳞癌的侵润,但在成釉细胞瘤中的作用尚不明确.本文将探讨EPO/EPOR-JAK2-STAT5信号通路在AB中的表达及意义,进一步探索AB的发病机制.方法:应用免疫组化法检测9例牙胚(TG)、10例牙源性角化囊肿(OKC)和36例成釉细胞瘤(AB)中上述四种蛋白的表达.结果:EPO在TG和OKC两组之间免疫组化表达水平存在显著性差异(P＜0.05);EPOR在OKC分别与TG组、AB组间比较,差异具有显著型(P＜0.05).EPOR在AB的无细胞变异亚型分别与棘皮瘤亚型、颗粒细胞亚型之间比较有显著差异(P＜0.05).JAK2在细胞浆、细胞核中的表达,在TG、OKC、AB三组间比较均有显著性差异(P＜0.05)(P＜0.01);在细胞变异亚型、棘皮瘤亚型、颗粒细胞亚型之间比较有极显著差异或显著差异(P＜0.001) (P＜0.01).STAT5在细胞浆、细胞核中的表达,OKC组分别与TG组、AB组比较,均有显著性差异(P＜0.05).结论:EPO/EPOR-JAK2-STAT5信号通路在TG组、OKC组、AB组之间,以及AB的各分型、亚型之间,表达显著差异.研究结果表明,EPO/EPOR在牙源性组织、瘤样病变、AB中通过JAK2-STAT5信号途径发挥作用,EPO/EPOR-JAK2-STAT5通路的异常活化与成釉细胞瘤的发生、发展有关.