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[目的]建立红棕象甲Rhynchophorus ferrugineus全长转录组数据库,深入挖掘红棕象甲基因数据信息.[方法]采用高通量测序平台,利用二代测序(Illumina RNA-seq)校正三代测序(PacBio Iso-Seq)的方法对红棕象甲进行全长转录组测序,并对转录组数据进行生物信息学分析.[结果]红棕象甲全长转录组平均长度为2 302 bp,N90长度为1321 bp,N50长度为2 785 bp;经CD-Hit程序去冗余,获得转录本63 801条,主要长度范围为0.5-6 k.基因功能注释表明,在NR、Swiss-Prot、KEGG、KOG、GO、NT和Pfam数据库中,分别有50 280、40 109、47 197、33 511、27 707、27 253和27 707条转录本被注释;其中,12 508条转录本均在7个数据库中有注释,54 999条转录本至少在一个数据库有注释.此外,经鉴定或预测,获得2 184个可变剪接(AS)、66 230个SSR、2 084个转录因子(TFs)和9 618条长链非编码RNA(LncRNA).CDS长度的主要分布范围为0-2 500 nt.[结论]本研究获得了红棕象甲全长转录组数据库,为红棕象甲后续分子生物学基础研究奠定基础. 相似文献
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转录组是细胞在特定发育阶段或生理条件下的全部转录本及其数量总和,并能揭示特定状态下的基因表达模式及分子机理。象甲科昆虫拥有动物界中最多的物种种类,该科许多昆虫也是我国粮食仓储和农林产业上的重大害虫。通过研究象甲科昆虫转录组,从分子水平揭示其生命过程中相关的基因及其功能,对寻找害虫防治的新方法具有重要意义。本文对象甲科昆虫转录组研究现状进行了浅析,涉及象甲科不同发育阶段基因差异、昆虫触角、与植物互作、防治、免疫机制、进化、基因沉默7个方面的分析,可在理论上丰富对象甲科昆虫遗传发育、免疫、潜在RNA干扰靶点筛选等方面的理解,并在此基础上提出了象甲科转录组今后的研究热点与应用前景,为害虫防控提供理论指导。 相似文献
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为揭示川硬皮肿腿蜂寄生对寄主黄粉虫蛹的调控机制,本文通过自然寄生和毒液注射等方法研究了寄生过程中蜂毒液的作用.结果表明: 对人工注射的蛹,寄主被麻痹的程度与毒液注入量呈正相关,恢复活动情况与毒液注入量呈负相关;当人工注射毒液浓度为0.01 VRE时,黄粉虫表现出可逆的轻微麻痹;当浓度提高到0.2 VRE时,黄粉虫蛹表现出不可逆的完全僵化.单独注射土壤菌液,导致蛹大量死亡并出现大范围的黑化现象,而注射毒液和土壤菌液混合物,蛹的黑化作用发生延缓,且死亡率显著下降.对毒液的抑菌测试表明,毒液对金黄葡萄球菌的抑菌作用显著高于大肠杆菌.在一定温度范围内,随着温度升高毒液麻痹活性显著降低,对大肠杆菌抑菌性显著升高,对金黄葡萄球菌抑菌性显著降低.表明川硬皮肿腿蜂毒液对寄主黄粉虫蛹具有麻痹、抑菌、抑制蜕皮和延缓黑化的作用. 相似文献
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