头花杜鹃、陇蜀杜鹃及杜鹃属植物叶绿体基因组比较分析

头花杜鹃(Rhododendron capitatum)和陇蜀杜鹃(R. przewalskii)是极具观赏价值的野生花卉和药用植物。为探讨头花杜鹃和陇蜀杜鹃叶绿体基因组的遗传结构及进化特征,该研究利用 Illumina HiSeq 4000 平台对头花杜鹃和陇蜀杜鹃的叶绿体全基因组进行测序,经组装和注释后,结合 7 个已发表的杜鹃属植物叶绿体全基因组进行比较基因组学分析和系统发育分析。结果表明:(1)头花杜鹃和陇蜀杜鹃叶绿体全基因组呈典型的环状四分体结构,均由一个大单拷贝区(105 990、109 191 bp)、一个小单拷贝区(2 617、2 606 bp)和一对反向重复区(45 825、47 516 bp)构成,全长分别为200 257、206 829 bp。(2)头花杜鹃和陇蜀杜鹃叶绿体基因组中共鉴定出 263 个SSR位点,大部分 SSR 偏好使用 A/T 碱基,密码子偏好使用 A/U 结尾。(3)杜鹃属植物叶绿体全基因组中普遍存在基因丢失以及基因组重排等结构变异现象。该研究丰富了杜鹃属植物的基因组资源,为头花杜鹃、陇蜀杜鹃的资源开发、遗传进化、育种及系统发育相关研究提供了理论参考。     

基于全叶绿体基因组分析的栽培黄草乌基源研究

为探究云南伤科用毒性药材黄草乌(Radix Aconitum Vilmoriniani)栽培品质量的影响因素，该研究利用Illumina HiSeq 4000高通量测序平台对来自10个不同栽培基地黄草乌样品的叶绿体基因组展开测序，经过对测序数据的组装、注释，利用生物信息学工具对其叶绿体基因组特征展开分析并构建系统发育树。结果表明：(1)10个栽培品的叶绿体基因组全长155 744～155 937 bp,大单拷贝区和小单拷贝区分别为86 363～86 548 bp、16 921～17 007 bp,反向重复区大小为26 170～26 236 bp,均注释到131个基因。(2)序列鉴定出60～73个SSR位点，基因组比较分析发现，10个栽培品叶绿体基因组显示出一定的扩张，并在其中发现了trnK-UUU-trnQ-UUG等变异热点区域。(3)基于2个数据集的系统发育分析均表明，JS-1-4、QJ-1-2、LX-1-3、LJ-3-2与黄草乌(Aconitum vilmorinianum)亲缘关系较近；LQ-1-3、GJ-1-3、NL-1-3、DC-2-2和滇南草乌(A.austroyunnan...