固相DNaseⅠ足迹法研究DNA-蛋白质相互作用

传统的DNaseⅠ足迹法程序繁杂,并且要求目的蛋白经过一定程度的纯化.而固相DNaseⅠ足迹法通过结合有模板的磁珠,先富集序列特异的DNA结合蛋白,进行DNaseⅠ酶切,然后用测序胶分离并分析结果.此方法简便易行,重复性好,并减少了对操作者的放射性损害,尤其适用于研究未经纯化的核蛋白粗提物内序列特异蛋白.     

STAT3激活促进K562细胞中AHSP的表达升高

近年对伴侣分子AHSP的研究结果表明,在?血红蛋白累积导致的病理状态下,大量存在的AHSP可以增强红系细胞的抗氧化能力.但是,氧化胁迫条件下内源性AHSP基因表达的调控机制仍未见报道.本研究探讨了一种抗氧化调控蛋白STAT3对AHSP表达的影响及其分子机制.在K562细胞中,STAT3信号通路的激活剂白介素6(IL-6)可以增加AHSP的表达水平.同时,本底水平干扰STAT3的表达后,AHSP的表达量下降.本研究在?珠蛋白过表达的K562稳定细胞株中检测了AHSP在氧化胁迫条件的表达水平.实时定量PCR的结果显示,AHSP与STAT3的表达都显著增强.进一步,染色质免疫共沉淀的实验证明,IL-6和过表达的?珠蛋白都可以诱导STAT3在AHSP启动子区的结合增强.野生型及突变的双荧光素酶报告基因检测结果显示,AHSP启动子区的SB3位点为一个IL-6应答元件,表明STAT3可以直接调控AHSP基因的表达.最后,通过凝胶阻滞实验再次确认了STAT3在SB3元件上的结合.本研究揭示了一个AHSP在细胞氧化还原状态改变时的补偿性调控机制,即AHSP受到STAT3信号通路的调控.本工作为地中海贫血症治疗中提高AHSP水平的研究方案提供了一些思路.     

人类miRNA上游转录因子及下游靶基因的基因本体分析

目的研究人类miRNA转录因子及靶基因之间的相关关系。方法利用生物信息学方法预测miR-NA的上游转录因子和下游靶基因,并对预测结果做基因本体分析,得到参与各生物学过程及分子功能的比例,用统计学软件PASW做相关性分析。结果人类382个miRNA参与应激、代谢、发育等10个生物学过程和行使转录调控、翻译调控、催化活性等12个分子功能,miRNA上游转录因子之间、下游靶基因之间以及上下游之间存在着广泛的正负相关关系。结论基因在参与生物学过程及行使分子功能的过程中,通过miRNA实现协同作用或隔离效应。     

细胞终末分化过程中三维基因组结构与功能调控的分子机制

真核细胞中的染色质DNA高度折叠形成复杂的三维结构,其空间组织方式对精准调控基因的表达和细胞发挥正常功能都起着重要的作用。细胞终末分化成熟过程中形态及基因表达谱常发生显著改变,同时伴随着明显的基因组三维结构变化。本文在简单介绍三维基因组多层次组织结构(染色质领域、A/B区室、拓扑相关结构域和成环构象等)基础上,重点综述了细胞终末分化过程中三维基因组结构变化与功能调控方面的研究进展,并探讨了当前三维基因组研究在解析细胞分化成熟过程时存在的问题和前景。     

染色质重塑复合物

人基因组伸展开来长约 1 .8米 ,而人细胞核的直径不到 6微米 ,ＤＮＡ在细胞核中以核小体的形式被高度压缩。这种结构在保证遗传物质稳定性的同时也阻碍了其它生物大分子接近ＤＮＡ双螺旋。许多重要生命过程的发生又都依赖功能大分子与ＤＮＡ的相互作用。机体内必然存在使核小体稳定性发生变化的调节机制以适应不同情况的需要。通常把染色质和单个核小体内发生的任何可检测到的变化称为染色质重塑。对核心组蛋白尾部的修饰 ,尤其是乙酰化修饰 ,与染色质结构变化密切相关。另有一类复合物也可以改变核小体稳定性 ,它们都含有一个ＤＮＡ依赖的…