关于食管癌亚型食管基底细胞样鳞癌的基因芯片数据分析

分析食管基底细胞样鳞癌(basaloid squamous cell carcinoma of the esophagus,BSCCE)的组织样本基因表达情况,探讨其病理学过程和肿瘤免疫逃逸机制,同时对BSCCE独特的肿瘤微环境及潜在的临床指标在对其远期预后的病理基础进行讨论,以期为临床工作中更好的治疗BSCCE提供一定的理论基础。利用临床术中获取的组织样本及其基因芯片数据,进一步获取BSCCE组织样本与同体正常组织样本的基因差异表达情况(log|FC|≥2,p0.05),其中BSCCE组织相对于正常组织的上调表达差异表达基因共489个,下调差异表达基因922个,利用DAVID在线分析系统对差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路分析获取对BSCCE组织病理情况相关的分析结果,进一步利用STRING-OL工具对差异表达基因的可信度(可信度≥0.4)进行筛选,获取差异表达基因的蛋白质相互作用分析(protein-protein interaction,PPI)结果,进一步利用Cytoscape软件对筛选后的PPI结果制作相应的基因相互作用网状图,并进一步筛选核心表达的差异基因。在上调差异基因的KEGG分析中获得了88个结果,如p53signaling pathway、Cytokine-cytokine receptor interaction pathway、Toll-like receptor signaling pathway等,在下调的差异基因KEGG分析中获得了125个结果,如Drug metabolism-cytochrome P450 pathway、MAPK signaling pathway、Calcium signaling pathway、Cytokine-cytokine receptor interaction pathway等,这些相关的信号通路对进一步理解BSCCE的肿瘤微环境变化及肿瘤病理相关机制有重要意义,通过PPI分析,我们筛选出了一些与肿瘤远期生存率(overall survival,OS)相关的基因:CDC6、CDC20、TOP2A、NEK2、CDC25A等,这为我们进一步研究BSCCE及其肿瘤病理标志物和远期生存的关系提供了理论基础。     

人工与天然云杉林土壤真菌群落多样性及菌群网络关系特征

土壤真菌群落多样性和菌群关系是维持生态系统的多样性及稳定性的关键。本文以粗枝云杉人工林和天然林为研究对象,利用高通量测序技术和生物信息学分析方法,研究了云杉根际和非根际土壤真菌群落组成、多样性及菌群网络关系。结果表明: 从群落组成上看,人工林中相对丰度最高的科是丝盖伞科,而天然林中是蜡壳耳科,两处林型下占比最高的属均为丝盖伞属。群落的β多样性在两处林型的根际、非根际下存在显著差异。环境变量与真菌类群的相对丰度和α多样性相关关系不显著,而草本覆盖度、土壤含水率、总有机碳和植被丰富度是群落β多样性的主要影响因素。网络分析显示,天然林土壤真菌菌群之间以负相关关系为主,表明天然林土壤中菌群之间主要存在竞争作用。比较两处林型下的根际、非根际土壤真菌菌群关系发现,非根际区域菌群之间负相关性均较高,表明非根际土壤中菌群的种间竞争作用可能要强于根际土壤。结合差异丰度分析,两处林型下根际和非根际之间存在显著差异的物种中仅有蜡壳耳科为真菌网络中共有的关键菌群,表明人工林和天然林土壤真菌群落结构中差异种群的变化可能对其群落稳定性影响较小。