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1.
非典型肺炎病例标本中新型冠状病毒的分离与鉴定   总被引:108,自引:0,他引:108       下载免费PDF全文
目的对非典型肺炎的病原体进行分离鉴定,为该病的诊断、预防和治疗提供依据。方法采用细胞培养和乳鼠接种法,从非典型肺炎病例标本中分离致病病原体,通过电镜形态学、血清学和动物致病性观察及RTPCR扩增与部分基因序列分析,对分离的病原体进行鉴定。结果成功地从死亡病例尸解的肺组织标本和患者鼻咽拭子标本中采用细胞培养法分离出病原体。通过电镜在病变细胞及其培养上清中观察到大量冠状病毒样颗粒。免疫荧光染色检测非典型肺炎患者血清,表明分离的病毒与此次流行的非典型肺炎密切相关。分离的病毒可对乳鼠致病,并在发病乳鼠的肺组织标本中通过电镜同样观察到冠状病毒样颗粒。从非典型肺炎病例尸解肺组织、传代发病小鼠肺组织及分离物感染的细胞培养物中,通过RTPCR可分别扩增出冠状病毒的cDNA片段,测序结果显示其核苷酸序列与已知冠状病毒的同源性在60%左右。结论从非典型肺炎病例标本中已成功分离出一种新的冠状病毒,它与此次流行的非典型肺炎密切相关,很可能是此次流行的非典型肺炎的主要病原体 。  相似文献
2.
人类杯状病毒(human calicivirus,HuCV)是引起儿童和成人非菌性胃肠炎的主要病原之一。为了掌握HuCV在我国的流行情况,1998年7月至2001年6月,从长春市童医院2343例5岁以下腹泻患儿中共收集粪便标本1264份,其中1056份来自2135例住院患儿,对轮状病毒检测为阴性的588份标本,经多价酶免疫试验(EIA)和两组引物反转录-聚 酶链反应(RT-PCR)检测HuCV,202份为阳性,其中住院患儿标本178份,HuCV检出率为16.9%,HuCV腹泻以2岁以下儿童为主(占96%),流行高峰季节为11月至次年3月。选择17株HuCV进行分子鉴定,15株属GⅡ-4群,1株属GⅡ-3,另1株属GⅠ-2群,表明GⅡ-4群HuCV是我国流行的优势株,根据HuCV住院患儿的监督测资料初步估计,HuCV腹泻住院率约为0.5‰-2.4‰。讨论了长春地区HuCV的流行趋势和疾病负担,以上结果为我国HuCV腹泻的预防和控制提供了科学依据。  相似文献
3.
中国19个狂犬病病毒街毒分离株N基因的序列分析   总被引:35,自引:2,他引:33  
测定了30年来从不同动物中分离的19个中国狂犬病病毒街毒株N基因的部分核酸序列,并对其核苷酸差异做了比较分析。可将中国狂犬病病毒街毒株分为4个组群,各组间的同源性为83.45%-88.62%。除广西地区分离的狂犬病病毒街毒株彼此差异较大外,其余街毒株的地理分布与其N基因核酸序列差异的距离是密切相关的,基本上可按其地理分布分为东、西二大组。  相似文献
4.
蝮亚科蛇线粒体细胞色素b基因序列分析及其系统发育   总被引:34,自引:0,他引:34  
对中国产蝮亚科(Crotaline)亚洲蝮属(Gloydius)6种蛇(其中短属蝮取自两个不同地区)[短尾蝮Gloydius brevicaudus (Stejneger).黑眉蝮Gloydius saxatilis(Emelianov),蛇岛蝮Gloydius shedaoensis(Zhao),雪山蝮Gloydius strauchii(Bedriaga),高原蝮Gloydius strauchii monticola monticlal (Werner),乌苏里蝮Gloydius ussurriensis(Emelianov)]与竹叶青属竹叶青蛇Trimeresurus stejnegeri Schmidt共7种蛇8个个体测定了789bp或744bp线粒体细胞色素b基因序列,用MEGA1.02软件分析了其碱基组成及变异情况,以游蛇科链蛇属半棱鳞链蛇Dinodon semicarinatus序列为外群,用PAUP4.0b2软件构建最简约分子系统树,结果显示,竹叶青蛇在全部受试物种中处于原始地位,分布于东北地区的蛇岛蝮,乌苏里蝮,黑眉蝮与浙江与陕西产的短尾蝮所组成的分枝与横断山区的高原蝮,雪山蝮聚集形居的分枝组成姐妹群,支持分布于中国境内的亚洲蝮属蛇种的两个起源及分化地的假说,同时探讨了蝮蛇的分类地位问题。  相似文献
5.
The staden sequence analysis package   总被引:31,自引:0,他引:31  
I describe the current version of the sequence analysis package developed at the MRC Laboratory of Molecular Biology, which has come to be known as the “Staden Package.” The package covers most of the standard sequence analysis tasks such as restriction site searching, translation, pattern searching, comparison, gene finding, and secondary structure prediction, and provides powerful tools for DNA sequence determination. Currently the programs are only available for computers running the UNIX operating system. Detailed information about the package is available from our WWW site: http://www.mrc-lmb.cam.ac.uk/pubseq/.  相似文献
6.
With the rapid increase in the size of the genome sequence database, computational analysis of RNA will become increasingly important in revealing structure-function relationships and potential drug targets. RNA secondary structure prediction for a single sequence is 73 % accurate on average for a large database of known secondary structures. This level of accuracy provides a good starting point for determining a secondary structure either by comparative sequence analysis or by the interpretation of experimental studies. Dynalign is a new computer algorithm that improves the accuracy of structure prediction by combining free energy minimization and comparative sequence analysis to find a low free energy structure common to two sequences without requiring any sequence identity. It uses a dynamic programming construct suggested by Sankoff. Dynalign, however, restricts the maximum distance, M, allowed between aligned nucleotides in the two sequences. This makes the calculation tractable because the complexity is simplified to O(M(3)N(3)), where N is the length of the shorter sequence.The accuracy of Dynalign was tested with sets of 13 tRNAs, seven 5 S rRNAs, and two R2 3' UTR sequences. On average, Dynalign predicted 86.1 % of known base-pairs in the tRNAs, as compared to 59.7 % for free energy minimization alone. For the 5 S rRNAs, the average accuracy improves from 47.8 % to 86.4 %. The secondary structure of the R2 3' UTR from Drosophila takahashii is poorly predicted by standard free energy minimization. With Dynalign, however, the structure predicted in tandem with the sequence from Drosophila melanogaster nearly matches the structure determined by comparative sequence analysis.  相似文献
7.
中国6省2005年麻疹病毒分离株分子特征分析   总被引:28,自引:1,他引:27  
研究2005年我国6省麻疹暴发、流行的野毒株基因型特征和分子流行病学,为进一步的麻疹防治策略提供科学依据.用RT-PCR方法,从2005年6省分离的48株麻疹病毒株中扩增出核蛋白(nucleoprotein, N)基因C末端676个核苷酸片段.再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析.6省分离的48株麻疹病毒均为H1基因型,其中两株为H1b亚型, 其余为H1a亚型.48株野毒株的核苷酸同源性为95.1%~100%(核苷酸差异为0~22bp),氨基酸同源性为92.7%~100%;与我国疫苗株S191的核苷酸同源性为88.7%~92.5%,氨基酸同源性为88.0%~91.2%.其中Shaanxi05-1和Yunnan05-1,Anhui05-2和Ningxia05-9的N末端456个核苷酸的同源性为100%;Hebei05-19、Anhui00-2和Liaoning02-2,Hebei05-1和Chongqing04-3的核苷酸的同源性为100%.引起2005年我国6省麻疹暴发流行的野毒株为H1基因型,并以H1a为绝对优势亚型.各省之间存在相同毒株引起的传播链,不同年份之间存在相同麻疹野毒株的持续循环传播.同时提示,有必要进一步研究由核苷酸变异引起的氨基酸变异及中和抗原位点等生物学性状的改变,可能影响麻疹病毒的毒力和传播力.  相似文献
8.
Existence of at least three distinct Alu subfamilies   总被引:25,自引:0,他引:25  
Summary Computer-assisted sequence analysis of human Alu family members reveals that Alu repeats belong to one of at least three subfamilies. The insertion of human Alu repeats can be represented by three episodic bursts, each of which was founded by a distinct master sequence.  相似文献
9.
10.
为从分子水平掌握我国H9亚型AIV的遗传变异情况和流行规律,本研究汇集近年来从我国12个省、市、自治区的发病鸡群中分离到的23株H9亚型禽流感病毒,通过RT-PCR方法和核苷酸序列测定获得了23个毒株的HA基因cDNA核苷酸序列。核苷酸和推导的氨基酸序列同源性比较结果表明,这些毒株HA基因的核苷酸序列同源性为94.1%~100%,氨基酸序列同源性为95.4%~100%;将这23个毒株和来自亚洲及世界其它地区的另外31株的HA基因cDNA序列同源性进行比较发现,分离自香港的HK170499株与日本的2个毒株关系较近;氨基酸序列分析发现,CKGS199、CKTJ196、CKTJ296、CKSH300和CKBJ197五个毒株各发生了一个潜在的糖基化位点的丢失。54株H9亚型AIVHA基因55bp~1152bp的氨基酸序列分析发现,裂解位点尽管有10种基序,但本研究中的23株和近年来从我国大陆和香港地区的分离的毒株则均为RSSR↓GLF;构成受体结合位点的191位氨基酸有一个规律,即所有中国大陆毒株与部分香港毒株都为N,其它毒株均为H,141aa~143aa处的糖基化位点有与191aa类似的规律,即:凡是191aa为N的毒株,该处均为NVS(CKBJ194除外),凡是191aa为H的毒株,则该处均为NVT;遗传发生关系分析,中国大陆毒株处于欧亚谱系的第一支。本研究结果表明近年来我国鸡群中H9N2亚型禽流感病毒的感染流行可能有一个共同的来源,这为制定防治该亚型禽流感流行的有效对策提供了重要的科学依据。  相似文献
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