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1.
2.
CLN025 is one of the smallest fast-folding proteins. Until now it has not been reported that CLN025 can autonomously fold to its native conformation in a classical, all-atom, and isothermal–isobaric molecular dynamics (MD) simulation. This article reports the autonomous and repeated folding of CLN025 from a fully extended backbone conformation to its native conformation in explicit solvent in multiple 500-ns MD simulations at 277 K and 1 atm with the first folding event occurring as early as 66.1 ns. These simulations were accomplished by using AMBER forcefield derivatives with atomic masses reduced by 10-fold on Apple Mac Pros. By contrast, no folding event was observed when the simulations were repeated using the original AMBER forcefields of FF12SB and FF14SB. The results demonstrate that low-mass MD simulation is a simple and generic technique to enhance configurational sampling. This technique may propel autonomous folding of a wide range of miniature proteins in classical, all-atom, and isothermal–isobaric MD simulations performed on commodity computers—an important step forward in quantitative biology.  相似文献   
3.
TRPML3 is a Ca2+ permeable cation channel expressed in multiple intracellular compartments. Although TRPML3 is implicated in autophagy, how TRPML3 can regulate autophagy is not understood. To search interacting proteins with TRPML3 in autophagy, we performed split-ubiquitin membrane yeast two-hybrid (MY2H) screening with TRPML3-loop as a bait and identified GATE16, a mammalian ATG8 homologue. GST pull-down assay revealed that TRPML3 and TRPML3-loop specifically bind to GATE16, not to LC3B. Co-immunoprecipitation (co-IP) experiments showed that TRPML3 and TRPML3-loop pull down only the lipidated form of GATE16, indicating that the interaction occurs exclusively at the organellar membrane. The interaction of TRPML3 with GATE16 and GATE16-positive vesicle formation were increased in starvation induced autophagy, suggesting that the interaction facilitates the function of GATE16 in autophagosome formation. However, GATE16 was not required for TRPML3 trafficking to autophagosomes. Experiments using dominant-negative (DN) TRPML3(D458K) showed that GATE16 is localized not only in autophagosomes but also in extra-autophagosomal compartments, by contrast with LC3B. Since GATE16 acts at a later stage of the autophagosome biogenesis, our results suggest that TRPML3 plays a role in autophagosome maturation through the interaction with GATE16, by providing Ca2+ in the fusion process.  相似文献   
4.
目的:检测中枢神经系统疾病患者脑脊液中免疫球蛋白与IL-6的表达情况并探讨其临床意义。方法:采用罗氏C6000仪器通过免疫发光法检测和比较本院收治的30例正常人、61例脑炎患者、51例头痛患者、30例肌无力患者以及35例脑梗死患者的脑脊液中IgAcsf、IgMcsf、IgGcsf、AIbcsf与IL-6的表达。结果:除头痛患者外,其他中枢神经系统疾病患者的脑脊液中IgAcsf、IgMcsf、IgGcsf、AIbcsf蛋白的表达量均高于正常人群,且脑炎患者与肌无力患者的脑脊液中IgAcsf、IgMcsf蛋白的表达量均高于头痛患者,脑梗死患者的脑脊液中IgMcsf、IgGcsf蛋白的表达量高于头痛患者,肌无力患者的脑脊液中IgGcsf蛋白的表达量高于头痛患者,脑梗死患者的脑脊液中IL-6蛋白的表达量明显高于脑炎、头痛和肌无力患者,差异均具有统计学意义(P0.05)。结论:脑脊液中免疫球蛋白、IL-6的表达异常与中枢神经系统感染性疾病的发生有关,且在不同种类的中枢神经系统疾病之间存在差异,可能有助于预防、治疗和诊断中枢神经系统疾病。  相似文献   
5.
目的:本文用慢病毒定点注射的方法构建了在下丘脑中过表达mi R-505的小鼠模型,并利用荧光原位杂交方法在冰冻切片组织上快速检测mi RNAs,以确认慢病毒载体介导的mi R-505在丘脑中的表达能力。方法:实验小鼠在脑立体定位仪下定位到下丘脑位置,采用原位注射的方式进行慢病毒注射,注射后采用实时荧光定量RCR和应用了LNA探针和TSA系统的FISH(fluorescence in situ hybridization)技术,完成在慢病毒介导的mi R-505过表达老鼠下丘脑区域细胞中的mi R-505检测和示踪。结果:mi R-505慢病毒注射未成年小鼠下丘脑区5、10、20和40天后,均可检测到mi R-505在下丘脑区域的表达,且实验结果表明在慢病毒介导的过表达小鼠下丘脑注射部位,mi R-505表达量有明显的提高。结论:利用慢病毒注射未成年小鼠下丘脑脑区的方法,成功的建立了下丘脑中过表达mi R-505的小鼠模型,使用LNA标记探针的FISH方法探索mi RNA表达规律较稳定,且重复率高。  相似文献   
6.
肾素-血管紧张素-醛固酮系统起初被认为是较简单的神经体液调节机制之一。但是,这一想法随着RAAS阻滞剂:肾素阻滞剂、血管紧张素转换酶抑制剂(ACEI)、AT1受体拮抗剂及盐皮质激素受体拮抗剂的深入研究而受到挑战。因此,RAAS的组成、以上药物发挥作用的具体通路及副作用均得到重新定义。在RAAS阻滞剂的应用过程中,机体肾素水平升高,并刺激肾素原受体(即无活性的肾素前体,PRR),进而对机体造成不良影响。同理,在AT1受体拮抗剂的应用过程中,血浆血管紧张素II的水平升高,并与2型血管紧张素II(AT2)受体结合,进而对机体产生有利作用。此外,随着ACEI及ARB的应用,血管紧张素1-7水平升高,其与Mas受体结合,发挥心脏及肾脏保护的作用,还可通过刺激干细胞发挥组织修复作用。  相似文献   
7.
8.
9.
环境DNA技术在地下生态学中的应用   总被引:2,自引:0,他引:2  
于水强  王文娟  B. Larry Li 《生态学报》2015,35(15):4968-4976
地下生态过程是生态系统结构、功能和过程研究中最不确定的因素。由于技术和方法的限制,作为"黑箱"的地下生态系统已经成为限制生态学发展的瓶颈,也是未来生态学发展的主要方向。环境DNA技术,是指从土壤等环境样品中直接提取DNA片段,然后通过DNA测序技术来定性或定量化目标生物,以确定目标生物在生态系统中的分布及功能特征。环境DNA技术已成功用于地下生态过程的研究。目前,环境DNA技术在土壤微生物多样性及其功能方面的研究相对成熟,克服了土壤微生物研究中不能培养的问题,可以有效地分析土壤微生物的群落组成、多样性及空间分布,尤其是宏基因组学技术的发展,使得微生物生态功能方面的研究成为可能;而且,环境DNA技术已经在土壤动物生态学的研究中得到了初步应用,可快速分析土壤动物的多样性及其分布特征,更有效地鉴定出未知的或稀少的物种,鉴定土壤动物类群的幅度较宽;部分研究者通过提取分析土壤中DNA片段信息对生态系统植物多样性及植物分类进行了研究,其结果比传统的植物分类及物种多样性测定更精确,改变了以往对植物群落物种多样性模式的理解。同时,环境DNA技术克服传统根系研究方法中需要洗根、分根、只能测定单物种根系的局限,降低根系研究中细根区分的误差,并探索性地用于细根生物量的研究。主要综述了基于环境DNA技术的分子生物学方法在土壤微生物多样性及功能、土壤动物多样性、地下植物多样性及根系生态等地下生态过程研究中的应用进展。环境DNA技术对于以土壤微生物、土壤动物及地下植物根系为主体的地下生态学过程的研究具有革命性意义,并展现出良好的应用前景。可以预期,分子生物学技术与传统的生态学研究相结合将成为未来地下生态学研究的一个发展趋势。  相似文献   
10.
目的:比较周围神经背景信号抑制弥散加权成像(diffusion-weighted neuroimag ing with background signal suppression,DWIBS)、选择性激励技术(principle of selective excitation technique,PROSET)及三维短时反转恢复(3D Short Term Inversion Recovery,3D STIR)序列在腰骶部脊神经成像中的不同表现,探讨其对腰骶部病变的临床应用价值。方法:对29名正常志愿者及42例腰骶丛病变损伤患者行磁共振腰骶丛神经成像,包括DWIBS序列,PROSET及3D STIR序列。对DWIBS及3D STIR原始图像行最大信号强度投影(MIP)后处理重建,对志愿者组及病变组所得图像质量分级并分别进行统计分析,评价三种高场强磁共振腰骶丛神经成像序列在正常组及病变组的显示效果。结果:在正常志愿者组中,三种高场强磁共振腰骶丛神经成像序列均可显示脊神经根、神经节等解剖细节,对于腰4、5脊神经的显示,三者的图像分级差异不具有统计学意义。在腰2、3脊神经成像中,三者图像质量分级的差异具有统计学意义(P0.05)。在病例组中,经秩和检验三组组间显示效果不完全相同,P0.05,差异有统计学意义。进行两两比较,DWIBS与3D SITR序列,其差异具有统计学意义(P0.01)。PROSET与3D STIR序列,差异具有统计学意义(P0.01)。而DWIBS与PROSET图像质量分级差异无明显统计学差异。结论:DWIBS、PROSET、3DSTIR序列作为常规序列的补充,均可完整的显示腰骶神经的解剖细节,而DWIBS及PROSET序列对背景组织的抑制更加充分,更利于观察神经的走行变化、判断神经受损部位及范围。DWIBS序列MIP后处理图像实现了对腰骶神经的多方位多角度旋转观察,为术前制定手术方案提供可靠的影像学依据,弥补了常规磁共振序列的不足。  相似文献   
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