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1.
高通量测序技术及其应用   总被引:5,自引:0,他引:5       下载免费PDF全文
高通量测序技术是DNA测序发展历程的一个里程碑,它为现代生命科学研究提供了前所未有的机遇.详细介绍了以454、Solexa和SOLiD为代表的第二代高通量测序技术,以HeliScope TIRM和Pacific Biosciences SMRT为代表的单分子测序技术,以及最近Life Science公司推出的Ion Personal Genome Machine (PGM)测序技术等高通量测序技术的最新进展.在此基础上,阐述了高通量测序技术在基因组测序、转录组测序、基因表达调控、转录因子结合位点的检测以及甲基化等研究领域的应用.最后,讨论了高通量测序技术在成本和后续数据分析等方面存在的问题及其未来的发展前景.  相似文献
2.
猪TCTP基因的表达规律及其对脂肪细胞分化的影响   总被引:2,自引:0,他引:2  
翻译控制肿瘤蛋白(TCTP,translationally controlled tumor protein)是一类广泛存在各种生物、序列高度保守的蛋白,最初认为TCTP是一类生长相关蛋白,近年研究发现TCTP可能具有非常重要的生物学功能.本研究通过高通量测序(Solexa)技术、实时定量PCR(RT-qPCR)对瘦肉型和脂肪型猪不同生长阶段脂肪组织、脂肪细胞中TCTP的表达规律进行了研究,采用siRNA技术,沉默TCTP,研究了其对脂肪细胞分化的影响.结果表明:TCTP在瘦肉型猪脂肪组织中的mRNA表达量显著高于脂肪型猪(P<0.01);在不同日龄猪脂肪组织中,TCTP的mRNA表达量随着日龄增长而降低;在不同组织中的检测结果发现,TCTP在心、肝、肾、肌肉和脂肪中有较高的表达,肺和脾中表达量较低;TCTP的mRNA表达量在猪前体脂肪细胞增殖过程中逐渐增高,在分化阶段逐渐下降;沉默TCTP促进了脂肪细胞的分化,引起了PPARγ、C/EBPα、SREBP-1c的显著升高(P<0.01).以上研究发现,TCTP在脂肪沉积过程中可能具有抑制作用,为进一步研究肥胖关键基因调控机制提供科学依据.  相似文献
3.
微生物分子生态学研究方法的新进展   总被引:2,自引:0,他引:2  
环境中微生物的群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理是微生物生态学的研究热点,长期以来,由于受到研究技术的限制,对微生物的群落结构和多样性的认识还不全面,微生物的功能及代谢机理方面了解也很少.随着高通量测序、基因芯片等新技术的不断更新,微生物分子生态学的研究方法和研究途径也在不断变化.高通量测序技术改变了微生物多样性、宏基因组学和宏转录组学的研究方法,GeoChip高密度覆盖海量已知功能的基因探针于单张芯片,能快速确定微生物和已知功能基因的存在与否.总结和比较了目前最新的研究手段,并归纳了这些方法的适用性和优缺点.  相似文献
4.
5.
6.
环境微生物的宏基因组学研究新进展   总被引:1,自引:0,他引:1  
孙欣  高莹  杨云锋 《生物多样性》2013,21(4):393-400
宏基因组学以环境中微生物的基因组的总和为研究对象,从而规避了传统方法中绝大部分微生物不能培养的缺陷,因此近年来在环境微生物学研究中得到了广泛应用.本文重点介绍了宏基因组学技术中关键的两类技术:即以罗氏454及Illumina为代表的高通量测序技术和以基因芯片(GeoChip)为代表的基因芯片技术在微生物研究中的应用.测序技术可以发现新物种和新基因,但由于测序深度有限,定量性差,不易发现低丰度物种,且易受污染物干扰.芯片技术很好地克服了这些局限,但不易于发现新基因.本文介绍了这些技术近年来在气候变化、水处理工程系统、极端环境、人体肠道、石油污染修复、生物冶金等方面取得的部分代表性成果.在此基础上,对宏基因组技术在环境微生物研究方面的未来发展方向提出了预判和展望.我们认为由于两种技术各自的优缺点,今后将两类技术结合起来的综合研究会越来越多.另外,由于大量数据的处理方法已成为制约宏基因组学发展的瓶颈,相应的生物信息学技术开发将是未来科研的热点和难点.  相似文献
7.
Hai Peng  Jing Zhang 《Biologia》2009,64(1):20-26
DNA sequences can be used for the analysis of genetic variation and gene function. The high-throughput sequencing techniques that have been developed over the past three years can read as many as one billion bases per run, and are far less expensive than the traditional Sanger sequencing method. Therefore, the high-throughput sequencing has been applied extensively to genomic analyses, such as screening for mutations, construction of genomic methylation maps, and the study of DNA-protein interactions. Although they have only been available for a short period, high-throughput sequencing techniques are profoundly affecting many of the life sciences, and are opening out new potential avenues of research. With the highly-developed commercial high-throughput sequencing platforms, each laboratory has the opportunity to explore this research field. Therefore, in this paper, we have focused on commercially-popular high-throughput sequencing techniques and the ways in which they have been applied over the past three years.  相似文献
8.
V-Xtractor (http://www.cmde.science.ubc.ca/mohn/software.html) uses Hidden Markov Models to locate, verify, and extract defined hypervariable sequence segments (V1-V9) from bacterial, archaeal, and fungal small-subunit rRNA sequences. With a detection efficiency of 99.6% and low susceptibility to false-positives, this tool refines data reliability and facilitates subsequent analysis in community assays.  相似文献
9.
We have mapped in vitro nucleosome positioning on the sheep β-lactoglobulin gene using high-throughput sequencing to characterise the DNA sequences recovered from reconstituted nucleosomes. This methodology surpasses previous approaches for coverage, accuracy and resolution and, most importantly, offers a simple yet rapid and relatively inexpensive method to characterise genomic DNA sequences in terms of nucleosome positioning capacity. We demonstrate an unambiguous correspondence between in vitro and in vivo nucleosome positioning around the promoter of the gene; identify discrete, sequence-specific nucleosomal structures above the level of the canonical core particle—a feature that has implications for regulatory protein access and higher-order chromatin packing; and reveal new insights into the involvement of periodically organised dinucleotide sequence motifs of the type GG and CC and not AA and TT, as determinants of nucleosome positioning—an observation that supports the idea that the core histone octamer can exploit different patterns of sequence organisation, or structural potential, in the DNA to bring about nucleosome positioning.  相似文献
10.
邵鹏  屈良鹄 《生命科学》2010,(7):598-607
小分子非编码RNA(snmRNA)在调控基因的转录和转录后加工、细胞分化和个体发育、遗传和表观遗传等几乎所有的重要生命活动中发挥关键作用。建立和发展snmRNA研究技术,系统地发现和注释基因组中的snmRNA基因并阐明其生物学意义是当前RNA组学的首要任务。围绕snmRNA的系统识别与鉴定等问题,该文对近年来采用实验技术和计算机预测方法发掘snmRNA所取得的主要研究成果进行综述。  相似文献
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