Structural dynamics bridge the gap between the genetic and functional levels of GPCRs

G protein–coupled receptors (GPCRs) are implicated in nearly all physiological processes in the human body and represent an important drug targeting class. The genes encoding the different GPCR (sub)types determine their specific functionality, which can be altered by natural genetic variants and isoforms. Deciphering the molecular link between sequence diversity and its functional consequences is a current challenge and critical for the comprehension of the physiological response of GPCRs. It requires a global understanding of how protein sequence translates into protein structure, how this impacts the structural motions of the protein, and, finally, how all these factors determine the receptor functionality. Here, we discuss available resources and state-of-the-art computational approaches to address this question.     

基于Web of Science的合成生物学文献计量分析

合成生物学是一个新兴的交叉学科,近年来得到了广泛关注。本文以1992-2012年期间Web of Science数据库收录的5012篇与合成生物学相关的论文为研究对象,进行年代分布、地域分布、机构分布、研究热点等方面的计量分析,以探究合成生物领域的研究实力分布、研究热点与发展动态。通过文献计量分析发现合成生物学领域近十年来发展迅猛,美国等发达国家占据主动。我国在该领域的论文产出数量可观,但学术影响力有待提高。研究的热点主要集中在基因调控网络构建、基因基因组合成、功能回路设计等方面。     

基于文献计量学的百合属植物研究态势分析

基于Web of Science（简称WoS）核心数据库检索了1998-2018年间百合属植物文献,利用CiteSpace软件从国家、机构、作者、期刊以及高被引文章等方面进行了文献计量学统计分析。1998-2018年间共发表百合属植物文章1 058篇,2006年后中国发表文章数量居榜首并呈波动增长,中国科学院发表的文章数量在研究机构中排名第一。排名前2位的作者均来自荷兰瓦赫宁根大学。发文量及影响力最大的期刊是Scientia Horticulturae。发文量前10位的研究百合属植物的文章80%属于基础科学和技术科学,研究热点集中于形态学、细胞和分子生物学方向。近5年被引频次最多的高被引论文集中在百合属植物活性物质的功能验证、活性成分及其在营养健康方面的功效等方向,这些领域成为百合属植物研究的新趋势。     

基于非核糖体肽的文献计量分析

许多临床上的重要抗生素来源于微生物生产的非核糖体肽类天然产物或者聚酮-非核糖体肽杂合体类天然产物,本文选取了近5年Web of Science上关于非核糖体肽的国际期刊文献,采用文献计量、统计分析等方法展示非核糖体肽研究领域的热点方向,探究了该领域的发展趋势,以期为进一步研究提供参考。     

Predict prokaryotic proteins through detecting N-formylmethionine residues in protein sequences using support vector machine

Identifying prokaryotes in silico is commonly based on DNA sequences. In experiments where DNA sequences may not be immediately available, we need to have a different approach to detect prokaryotes based on RNA or protein sequences. N-formylmethionine (fMet) is known as a typical characteristic of prokaryotes. A web tool has been implemented here for predicting prokaryotes through detecting the N-formylmethionine residues in protein sequences. The predictor is constructed using support vector machine. An online predictor has been implemented using Python. The implemented predictor is able to achieve the total prediction accuracy 80% with the specificity 80% and the sensitivity 81%.     

基于Web的中国昆虫科级鉴别分类系统InsectID的设计与开发

详细介绍了国内首个昆虫科级鉴别分类网络系统InsectID(见http://insectx.3322.org)的设计思路、各组成部分的结构与功能,讨论了开发过程中分类检索表的转化与再现、系统分类树与特征解释机制的实现等关键问题。该系统具有分类单元全面、信息可靠、鉴定简单、扩充性强、更新便捷等诸多优点,是昆虫分类研究与教学的有力工具,也适用于其他生物分类系统的构建。     

蛛网和蛛体挥发物诱导的阴暗拟隙蛛（蜘蛛目：漏斗蛛科）种内选择偏好行为

化学通讯是蜘蛛类群普遍使用的种内和种间信息交流方式,极可能是蜘蛛进化过程中最初用来进行个体之间信息交流的途径。本研究利用双向选择系统,测试了阴暗拟隙蛛(Pireneitega luctuosa)对同种其他个体的蛛网和蛛体挥发物的选择行为,采用卡方检验的统计学方法、利用SPSS 19.0和Origin Pro 8等软件对所测蜘蛛的选择数据进行了分析。结果显示:①阴暗拟隙蛛雄蛛和雌蛛对来自同种异性的蛛网(P 0.001)和蛛体挥发物(P 0.05)均具有显著的趋向性,雌、雄蛛在异性蛛网或蛛体挥发物所在的选择盒表现更长时间的停留、探索、织网等行为;②雄蛛和雌蛛对幼蛛蛛体释放出来的挥发物均表现出显著的回避行为(P 0.05),倾向于远离具有幼蛛挥发物的选择盒;③幼蛛对同种幼蛛和雄蛛的蛛网(P 0.001)以及同种幼蛛的蛛体挥发物(P 0.05)均具有选择偏好性,说明幼蛛倾向于与同种个体接近。我们的研究表明,阴暗拟隙蛛雄蛛、雌蛛及幼蛛的蛛网和蛛体挥发物能诱导种内其他个体的趋向或回避行为,阴暗拟隙蛛幼蛛对同种幼蛛的选择偏好性可能是该种个体在同一地域聚集分布的主要原因。我们的研究从行为学角度证实,阴暗拟隙蛛的蛛网及体表均携带有能够标识其性别和龄期的相关信息化学物质。     

上海昆虫多样性信息系统的设计与建立

利用Access＋ASP＋IIs技术,建立了集害虫信息管理与昆虫编目数据库为一体的上海昆虫多样性管理信息系统。用户可以通过浏览器访问http：／／www．insects．cn进行检索和查询。本文详细阐述了该系统的构建方法,并就目前昆虫多样性信息管理系统建设中存在的问题作了评述。