UNITE: a database providing web-based methods for the molecular identification of ectomycorrhizal fungi

Identification of ectomycorrhizal (ECM) fungi is often achieved through comparisons of ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) sequences with accessioned sequences deposited in public databases. A major problem encountered is that annotation of the sequences in these databases is not always complete or trustworthy. In order to overcome this deficiency, we report on UNITE, an open-access database. UNITE comprises well annotated fungal ITS sequences from well defined herbarium specimens that include full herbarium reference identification data, collector/source and ecological data. At present UNITE contains 758 ITS sequences from 455 species and 67 genera of ECM fungi. UNITE can be searched by taxon name, via sequence similarity using blastn, and via phylogenetic sequence identification using galaxie. Following implementation, galaxie performs a phylogenetic analysis of the query sequence after alignment either to pre-existing generic alignments, or to matches retrieved from a blast search on the UNITE data. It should be noted that the current version of UNITE is dedicated to the reliable identification of ECM fungi. The UNITE database is accessible through the URL http://unite.zbi.ee  

基于mtDNA Cytb 的六种果实蝇的分子鉴定

  本研究首次对果实蝇属的桔小实蝇Bactrocera dorsalis、瓜实蝇B. cucurbitae、南瓜实蝇B. tau、番石榴实蝇B. correcta、具条实蝇B. scutellata、黑漆实蝇B. scutellaris等6种实蝇mtDNA Cytb基因进行了测序。对这6种实蝇72个个体mtDNA Cytb基因中段420 bp的碱基序列进行分析，得到38种单倍型，发现了116个变异位点，其中30个位点较为稳定。对这6种实蝇与其各自鉴别位点的对应关系研究表明，mtDNA Cytb基因可以作为这6种实蝇种类鉴别的分子标记。    

Specific PCR primers to identify arbuscular mycorrhizal fungi within colonized roots

 A set of PCR primers targeted at five major phylogenetic subgroups of arbuscular mycorrhizal fungi (Glomales) was designed to facilitate specific amplification of internal transcribed spacers and 18 S rRNA gene fragments from colonized roots in the absence of spores. The subgroups include the recently discovered deeply divergent lineages of Glomales, which could not be detected by previously reported PCR primers, and the former genus Sclerocystis. Restriction fragment length polymorphism patterns presented allow identification of presently known members of these groups. The resulting PCR products can be used to identify the fungal symbionts at the genus or species level by restriction digests or DNA sequencing. A novel DNA extraction method allows visual control of the analyzed roots by staining procedures after analysis by PCR. Accepted: 2 April 2000  

深海细菌的分子鉴定分类

从东太平洋海底 5,30 0m深的沉积物中分离到一批嗜冷细菌 ,克隆了其中 1 3株细菌的1 6SrRNA基因 ,通过其序列的测定和比较 ,对这 1 3株细菌进行了分子鉴定 ,结果表明它们分属于副球菌 ,假单胞菌 ,盐单胞菌和假交替单胞菌 4个不同的菌属 ,同时进行了系统发育分析。  

小麦淀粉粒束缚淀粉合成酶基因多态性的分子鉴定

运用6％的SDS-PAGE对14个小麦品种成熟籽粒Wx蛋白的多态性进行了鉴定，结果表明，14个小麦品种根据其Wx蛋白的缺失情况可分为6种组合类型。另外，根据Wx-A1、Wx-D1和Wx-D1这3个位点基因序列和变异情况分别设计了PCR引物，扩增结果表明：Wx-A1位点突变材料扩增产物为327bp，正常材料中扩增不到该特异带；在Wx-B1位点扩增出187bp目标带，突变材料没有该扩增产物；在Wx-D1位点扩增出约700bp目标带，突变材料没有该特异带。与前人的研究结果相比，Wx-B1引物在3个位点的扩增产物长度更短，差异更大，在2％琼脂糖胶上即可清楚分开，缩短了鉴定时间，提高了效率，为大规模筛选优质面条小麦品种提供了可能。  

赤眼蜂分子鉴定技术研究

 通过对6种常见赤眼蜂，即松毛虫赤眼蜂Trichogramma dendrolimi Matsumura、玉米螟赤眼蜂T. ostriniae Pang et Chen、螟黄赤眼蜂T. chilonis Ishii、广赤眼蜂T. evanescens Westwood、甘蓝夜蛾赤眼蜂T. brassicae Bezdenko及食胚赤眼蜂T. embryophagum (Hartig)之核糖体核糖核酸基因第二内部转录区（rDNA-ITS2）的克隆测序，调用GenBank中同源序列，对不同蜂种的rDNA-ITS2序列进行了多重排比和聚类，探讨了rDNA-ITS2用于赤眼蜂属不同种系统进化关系分析及赤眼蜂分子鉴定的可行性。为了考察rDNA-ITS2在赤眼蜂种下水平鉴定上的可能性，作者收集了我国常见的松毛虫赤眼蜂6个地理种群（黑龙江亚布力、吉林长春、吉林仁和、陕西长安、江苏徐州、广东广州），采用相同方法测定了它们的rDNA-ITS2序列。序列分析结果表明，赤眼蜂种下阶元ITS2序列非常保守，而种间存在明显的遗传差异。通过外群比较发现，rDNA-ITS2只适合于赤眼蜂种一级的分子鉴定。  

黄颡鱼属物种的RAPD分子鉴定及杂种遗传分析

使用20个随机引物研究了4种黄颡鱼的RAPD图谱,其中6个可以用来准确鉴别4个种,分别是S1、S2、S5、S7、S8、S17。同时也分析了4种黄颡鱼之间的亲缘关系,发现种间遗传距离D值在0.5000左右波动,黄颡鱼-叉尾黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼-光泽黄颡鱼之间的D值最小,分别是0.4816和0.4017。聚类图显示,黄颡鱼和叉尾黄颡鱼属同一分支;瓦氏黄颡鱼和光泽黄颡鱼属另一分支,说明它们之间分别有更近的亲缘关系。另外,采用黄颡鱼作母本,瓦氏黄颡鱼作父本,获得了杂交F1代,对F1代进行RAPD分析,发现了杂种遗传图谱的三种变化情况:叠加、叠加-变异、叠加-弱化,表明F1代DNA多态性增强,杂合性提高,预示着杂种优势的可能性。  

中药杜仲原植物的分子鉴定

杜仲是我国特有贵重中药材，市场供不应求，各地出现许多伪品，为克服日前仅依据形态、显微特征及理化性状进行鉴别的不足，本研究旨在运用分了标记技术鉴定中药杜仲Eucommia ulmoides Oliv的真伪。采用PCR产物直接测序法测定杜仲原植物matK基因序列，通过Clustal软件将其与GenBank中词源序列进行排序比较，分析杜仲序列特征。结果：测定的杜仲matK序列长度为1140bp，同源序列比较分析表明，杜仲matK序列中存在32个特异性位点，其中特异性A、T、C、G位点分别为8，2，11，11，序列中有一个GAC插入为杜仲所独有。matK基因是良好的分了标记，能够为杜仲原植物鉴定提供足够的特异性变异位点，matK基因序列的测序分析可成为杜仲正品签定的行效手段。  

用ISSR分子标记鉴别东北地区黑木耳生产菌株的研究

利用ISSR分子标记对东北地区黑木耳生产菌株进行了分子鉴别,结果表明在选用的20个UBC-ISSR引物中,有10个引物能对供试的27个黑木耳菌株基因组DNA进行扩增,获得的指纹图谱清晰稳定、多态性强。用NTSYS软件进行聚类分析,相似水平在0.75时,可将27个供试黑木耳菌株分为3个组群。研究结果说明ISSR分子标记,可以有效地用于黑木耳生产菌株快速准确鉴别,是黑木耳指纹图谱分析的理想手段。  

海南生态区植物根际解磷细菌的筛选及分子鉴定

【目的】了解海南酸性土壤解磷细菌溶解Ca3(PO4)2和FePO4特性；筛选高效稳定的解磷菌株，为应用研究提供菌源。【方法】采集海南21种植物的根际土样品，用营养琼脂、结晶紫-营养琼脂、酵母粉-甘露醇琼脂，稀释涂布法分离土壤细菌，选取平板上菌落形态有明显区别的代表性菌落，用最低营养琼脂进行纯化；Ⅰ筛用Ca3(PO4)2固体培养基培养5 d，挑取有溶磷圈的菌落；Ⅱ筛用Ca3(PO4)2培养液在32℃、200 r/min条件培养6 d，挑取解磷量大于200 mg/L的菌株；Ⅲ筛是在4次继代培养及每次15 d的4℃保藏后，用Ca3(PO4)2培养液培养6 d，挑取解磷量大于200 mg /L的菌株。称Ⅲ筛的选出菌株为高效稳定的解磷细菌(PSBHS)，用FePO4培养液对PSBHS培养6 d，并测定解磷量；用简并引物扩增PSBHS 16S rDNA基因一个长度约1460 bp的片段，测序后，通过Blast检索同源序列，鉴定解磷细菌分类。【结果】共分离到363个代表性菌株，通过Ⅰ筛、Ⅱ筛、Ⅲ筛的代表性菌株分别是126个、45个、14个；14个PSBHS在Ca3(PO4)2培养液中经6 d培养，解磷量达201.0 mg/L ~623.3 mg/L，培养结束时pH值(3.82~4.34)与解磷量呈极显著负相关（r = -0.8155)。14个PSBHS在FePO4培养液中经6 d培养，解磷量只有1.6 mg/L ~34.2 mg/L，培养结束时pH值(2.87~5.67)与解磷量也呈极显著负相关(r = -0.6836)。16S rDNA序列分析，确定了6个PSBHS为Acinetobacter, 3个为Pseudomonas, 3个为Serratia, 2个为Enterobacter。