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1.
中国部分黄牛品种mtDNA遗传多态性研究   总被引:53,自引:4,他引:49  
对我国8个黄牛品种22个个体的mtDNA D-loop区910bp全序列进行了分析。结果表明:8个黄牛品种D-loop区序列中,A T平均含量为61.65%;经比对,共检测到66个核苷酸多态位点,约占核苷酸总数的7.25%;D-loop全序列突变类型有5种,即转换、颠换、插入、缺失及转换与颠换共存,它们分别占核苷酸多态位点的81.82%、6.06%、7.57%、3.03%及1.52%。以欧洲牛mtDNA D-loop全序列为标准,8个黄牛群体D-loop的平均核苷酸变异率分3个层次:西镇牛、蒙古牛、黑白花牛及秦川牛的核苷酸变异率最低,分别为0.37%、0.44%、0.52%和0.66%;南阳牛与郏县红牛的核苷酸变异率居中,分别为1.91%和2.02%;晋南牛与岳阳牛的核苷酸变异率最高,分别为4.47%和4.73%。中国黄牛品种内D-loop区序列歧异度为0.55%~5.39%,品种间序列歧异度为1.21%~6.59%。在所测黄牛个体中,mtDNA D-loop序列由19种单倍型组成,单倍型比例为86.36%,说明中国黄牛mtDNA遗传多态性很丰富。由此构建了中国8个黄牛品种的NJ分子系统树,聚类分析表明:所测黄牛的mtDNA D-loop序列表现为3个单倍型组,从而揭示中国黄牛可能有3个母系起源,以普通牛起源和瘤牛起源为主。  相似文献
2.
Structure and evolution of teleost mitochondrial control regions   总被引:50,自引:0,他引:50  
We amplified and sequenced the mitochondrial control region from 23 species representing six families of teleost fish. The length of this segment is highly variable among even closely related species due to the presence of tandemly repeated sequences and large insertions. The position of the repetitive sequences suggests that they arise during replication both near the origin of replication and at the site of termination of the D-loop strand. Many of the conserved sequence blocks (CSBs) observed in mammals are also found among fish. In particular, the mammalian CSB-D is present in all of the fish species studied. Study of potential secondary structures of RNAs from the conserved regions provides little insight into the functional constraints on these regions. The variable structure of these control regions suggests that particular care should be taken to identify the most appropriate segment for studies of intraspecific variation. Correspondence to: T.D. Kocher  相似文献
3.
中国部分牦牛品种线粒体DNA遗传多态性研究   总被引:28,自引:1,他引:27  
采用DNA测序技术首次测定了中国5个牦牛品种(类群)35个个体线粒体DNA控制区(D loop)全序列,结果表明:牦牛线粒体DNA控制区全序列长度为891~895bp,T、C、A、G4种核苷酸的含量分别为28.5%、25.3%、32.5%、13.7%。检测到55个变异位点,约占分析位点总数的6.16%,核甘酸变异类型有转换、颠换、插入/缺失4种。确定了24种单倍型,单倍型H4和H6为中国牦牛的主体单倍型,各单倍型在品种间分布不平衡,所测定的5个牦牛品种(类群)单倍型多样度平均为0.9697±0.0180,说明我国牦牛D loop单倍型类型丰富。牦牛品种内各序列平均核苷酸差异数为10.936,核苷酸多样度为1.231%;牦牛品种间核苷酸分歧度(Dxy)约为0.760%~2.155%,品种间双参数距离范围为0.000~0.029,表明我国牦牛遗传多态性丰富。对D环序列变异的分子方差分析和单倍型网络关系图的结果表明:我国牦牛品种间出现显著的遗传分化,牦牛单倍型网络关系图聚为2个聚类簇,表明我国牦牛有2个母系来源,或者有2个主要的驯化地点。  相似文献
4.
Summary The evolution of the main regulatory region (D-loop) of the mammalian mitochondrial genome was analyzed by comparing the sequences of eight mammalian species: human, common chimpanzee, pygmy chimpanzee, dolphin, cow, rat, mouse, and rabbit. The best alignment of the sequences was obtained by optimization of the sequence similarities common to all these species.The two peripheral left and right D-loop domains, which contain the main regulatory elements so far discovered, evolved rapidly in a species-specific manner generating heterogeneity in both length and base composition. They are prone to the insertion and deletion of elements and to the generation of short repeats by replication slippage. However, the preservation of some sequence blocks and similar cloverleaf-like structures in these regions, indicates a basic similarity in the regulatory mechanisms of the mitochondrial genome in all mammalian species.We found, particularly in the right domain, significant similarities to the telomeric sequences of the mitochondrial (mt) and nuclear DNA ofTetrahymena thermophila. These sequences may be interpreted as relics of telomeres present in ancestral linear forms of mtDNA or may simply represent efficient templates of RNA primase-like enzymes.Due to their peculiar evolution, the two peripheral domains cannot be used to estimate in a quantitative way the genetic distances between mammalian species. On the other hand the central domain, highly conserved during evolution, behaves as a good molecular clock.Reliable estimates of the times of divergence between closely and distantly related species were obtained from the central domain using a Markov model and assuming nonhomogeneous evolution of nucleotide sites.  相似文献
5.
中国胭脂鱼线粒体控制区遗传多样性分析   总被引:22,自引:1,他引:21  
利用PCR技术扩增了采自长江宜昌江段和清江的8尾中国胭脂鱼线粒体DNA控制区全序列,研究发现该种具有脊椎动物线粒体控制区的一般结构,在获得的958bp的碱基序列中,共检测出32个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为0.033。核苷酸的变异位点除一个为缺失外,其余全部为碱基转换。变异位点主要集中在55-365bp高变异区,而其他区域突变稀少,个体的变异在0-1.36%之间,表现出较大的个体多态性差异。中国胭脂鱼的线粒体控制区的变异远大于美国胭脂鱼(Moxostoma robustum)的0.016。  相似文献
6.
中国家鸡的起源探讨   总被引:21,自引:0,他引:21  
傅衍  牛冬  罗静  阮晖  何国庆  张亚平 《遗传学报》2001,28(5):411-417
测定了6个家鸡品种30个个体的线粒体D0环区539bp的碱基序列,并与GenBank中的红原鸡、灰原鸡、绿原鸡、黑尾原鸡及鹌鹑的相应序列作比较分析,构建了分析系统树。结果表明,原鸡属4个种间差异较大,其中家鸡与泰国及邻近地区红原鸡关系最近,与印尼红原鸡、黑尾原鸡、灰原鸡、绿原鸡及鹌鹑的关系依次变远。提示中国家鸡可能起源于泰国及邻近地区的红原鸡。结果还显示,该原鸡的两个亚种(G.g.gallus和G.g.spadiceus)间的遗传分化程度显著低于家鸡亚种内的分化程度,这两个亚种似乎可以归为同一亚种。  相似文献
7.
中国驴种线粒体DNA D-loop多态性研究   总被引:19,自引:2,他引:17  
利用Clustal W软件对我国5个家驴品种26个个体的mtDNA D—loop区399bp序列进行同源序列比对,共检测到核苷酸多态位点23个,只有转换1种类型,约占所测核苷酸的5.76%。以欧洲驴D—loop作对照,我国5个家驴品种D—loop区序列的平均核苷酸变异率为1.80%,其中凉州驴的平均核苷酸变异率为0.35%.云南驴为1.25%,关中驴为2.30%,新疆驴为2.91%,佳米驴为2.20%。家驴品种内与品种间mtDNA D—loop区序列歧异度分别为0.25%-5.01%和4.51%-5.51%,说明家驴品种间D—loop区序列多态性比较丰富。在所测家驴个体中,mtD NAD—loop序列由11种单倍型组成,单倍型比例为42.31%,表明我国家驴mtDNA遗传多态性正逐步丧失,需要加强其种质资源保护。引用GenBank中亚洲野驴和欧洲家驴的序列,构建了我国5个家驴品种的NJ分子系统树,首次从分子水平证实中国家驴可能起源于非洲野驴,而与亚洲野驴无关。  相似文献
8.
Summary The G+C content of DNA varies widely in different organisms, especially microorganisms. This variation is accompanied by changes in the nucleotide composition of silent positions in codons. (Silent positions are defined and explained in the text.) These changes are mostly neutral or near neutral, and appear to result from mutation pressure in the direction of increasing either A+T (AT pressure) or G+C(GC pressure) content. Variations in G+C content are also accompanied by substitutions at replacement positions in codons. These substituions produce changes in the amino acid content of homologous proteins. The examples studied were genes for 13 mitochondrial proteins in five species, and A and B genes for bacterial tryptophan synthase in four species.In microorganisms, varying AT and GC mutational pressures, presumably resulting from shifts in the DNA polymerase system, exert strong effects on molecular evolution by changing the G+C content of DNA. These effects may be greater than those of random drift. The effects of GC pressure on silent substitutions in the systems examined are several times as great as the effects on replacement substitutions.GC pressure is exerted on noncoding as well as coding regions in mitochondrial DNA. This is shown by the close correlation (correlation coefficient, 0.99) of the G+C content of the noncoding D loop of mitochondria with the G+C content of silent positions in the corresponding mitochondrial genes.  相似文献
9.
新疆3种雅罗鱼线粒体DNA控制区序列的差异和系统进化关系   总被引:18,自引:0,他引:18  
对分布在新疆的准噶尔雅罗鱼(Leuciscus merzbacheri)、贝加尔雅罗鱼(Leuciscus leuciscus baicalensis)和高体雅罗鱼(Leuciscus idus)3个鱼种共24尾个体的线粒体DNA D-loop控制区核苷酸序列进行了测定,获得24条长度为667—669bp的同源基因序列。3种雅罗鱼之间的序列差异在6.39%—9.89%之间,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼种间序列同源性高,变异程度小;贝加尔雅罗鱼与准噶尔雅罗鱼种间序列同源性最低,变异程度最大。所采集的贝加尔雅罗鱼两个地理群体(赛里木湖和额尔齐斯河)内mtDNA的平均核苷酸碱基序列差异为1.07%和1.08%;两群体间的序列差异为1.07%,显示两个地理群体间无明显分化。DNA序列数据显示,这3种鱼类线粒体DNAD-loop序列变异丰富,24尾个体呈现独自的单倍型。同源基因序列平均含AT碱基64.1%,GC碱基35.9%,显示准噶尔雅罗鱼、贝加尔雅罗鱼、高体雅罗鱼的线粒体DNAD-loop区核苷酸组成的不均一性。分子系统树提示,贝加尔雅罗鱼与高体雅罗鱼亲缘关系较近,准噶尔雅罗鱼是3种雅罗鱼中较古老的鱼种。  相似文献
10.
中国山羊mtDNA D-loop遗传多样性及其起源研究   总被引:16,自引:1,他引:15  
采用DNA测序技术分析了中国9个山羊品种(板角山羊、成都麻羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、黔北麻羊、马头山羊、陕南白山羊、黄淮山羊和雷州山羊)共计128个个体的mtDNA D-loop全序列。结果表明:山羊mtDNA D-loop全序列长度为1212-1213bp,检测到102个变异位点,约占分析位点总数的8.42%,可变位点中转换占99个,颠换2个,1个转换/颠换共存;界定了92种单倍型,有78种为各品种独享单倍型,另外14种为群体内或群体间共享单倍型。9个山羊品种单倍型多样度为0.9333-1.0000,核苷酸多样度为0.7062%-1.8265%,表明中国山羊品种遗传多样性丰富。根据92种mtDNA单倍型构建了中国山羊的NJ分子系统树,聚类表明,中国山羊mtDNA D-loop序列单倍型分为支系A和支系B两大类。支系A包括75种单倍型,代表95个样本,占总数的74.22%;支系B包括17种单倍型,代表33个样本,占总数的25.78%,说明中国山羊存在支系A和支系B两大母系起源。对中国山羊mtDNA D-loop的支系A和支系B进行核苷酸不配对分布曲线分析和Fu的Fs中性检验,分析表明,支系A的分布曲线呈单峰形,Fs值为-24.6491,P值为0.0000,显著偏离中性,表明山羊支系A曾经历群体扩张;支系B呈近似双峰分布,Fs值为-3.3947,P值为0.0980,中性检验差异不显著,表明山羊支系B没有经历群体扩张,群体大小保持相对稳定。山羊支系B可能起源于中国。  相似文献
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