基于线粒体控制区的序列变异分析青海东部甘肃鼢鼠遗传多样性

甘肃鼢鼠(Myospalax cansus)是一种终年营地下独居生活的小型掘土类动物。本文通过测定mt DNA的控制区部分序列(530 bp)变异,分析青海东部地区8个甘肃鼢鼠地理种群遗传多样性与遗传结构。158个样本共发现26个变异位点,定义了39种单倍型,整体的平均单倍型多样性高(h=0.953 2)、核苷酸多样性低(π=0.006 36)。歧点分布和中性检验均说明青海东部甘肃鼢鼠种群在历史上存在着快速扩张的事件。基于邻接法构建的网络关系图中,单倍型呈星状分布,没有按地理位置形成对应类群。基因流(Nm)数据显示多数地理种群间基因交流贫乏,AMOVA结果显示种群内与种群间遗传变异分别为48.82%和51.18%,遗传分化明显。IBD分析表明,甘肃鼢鼠的遗传分化与地理距离呈正相关,说明距离隔离对甘肃鼢鼠种群分化具有重要作用。甘肃鼢鼠的这种遗传多样性与种群遗传结构特点,可能是地下生活方式靠挖掘迁移带来的较小扩散能力的结果。     

黑线姬鼠两亚种(中国东北地区及俄罗斯远东地区的东北亚种和朝鲜半岛的朝鲜亚种)的线粒体DNA序列缺少趋异性

为了检测黑线姬鼠两亚种(来自中国东北地区、俄罗斯远东地区的东北亚种和朝鲜半岛的朝鲜亚种)线粒体DNA的变异水平并确定朝鲜亚种的分类地位,我们测序分析了两亚种的线粒体DNA细胞色素b的部分序列(1 054 bp)和控制区的部分序列(860 bp),并与基因库中黑线姬鼠相应的单倍型序列进行了比较.可以看出东北亚种的序列显示...     

基于线粒体D-loop区比较分析野生与养殖斜带髭鲷种群的遗传多样性

采集广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷Hapalogenys nitens(Richardson)和养殖斜带髭鲷各25个样本。通过设计特异性引物,采用PCR技术对该50个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增,测序得到的序列进行比对,发现该50个序列长度变异较小,均在788—790 bp之间,野生型和养殖型区别不大。采用MEGA(version 4.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示:50条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为29.9%、21.5%、35.2%和13.5%,其中A+T的含量(65.1%)显著高于G+C含量(34.9%),表现了明显的碱基偏倚。50个个体表现为26种单倍型,包括91个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.024,单倍型多态性(h)为0.958,核苷酸多态性(π)值为0.02277。研究表明,mtDNA D-loop区可以作为检测野生与养殖斜带髭鲷群体遗传多样性的有效分子标记,而广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷种群遗传多样性已经下降至中等水平。研究提示野生斜带髭鲷种群遗传多样性不容乐观,资源调查、种质维护与遗传评价有待深入。     

江西井冈山地区灰胸竹鸡的遗传多样性研究

灰胸竹鸡Bambusicola thoracica是我国特有鸟类.本文采用聚合链式反应和直接测序的方法测定井冈山地区灰胸竹鸡3个种群线粒体DNA(mtDNA)控制区1142 bp的序列,分析其序列变异和种群遗传多样性.30个样本共发现16个变异位点和10种单倍型,其中hapl广泛分布,占所分析样本的23.33%,是其祖先单倍型.3个种群的平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.815和0.00243.青原区种群与其它两个种群遗传分化显著,基因交流受限制.受隔离影响,青原区种群遗传多样性最低.在系统发生树上,10种单倍型形成两支,井冈山种群和永新县种群聚在一起,与其地理位置相一致.     

中国北鳅谱系地理学分析

北鳅(Lefua costata)为冷水性鱼类, 分布于淮河以北, 分析遗传结构能够反映其适应环境变迁的响应。基于线粒体D-loop区211条序列分析了我国北鳅的谱系地理学和遗传多样性, 样本采自9条水系共18个样点。单倍型分析显示共计55个单倍型, 呈高单倍型多样性(h=0.9304)和高核苷酸多样性(π=0.0087)。单倍型多样性和核苷酸多样性最高的为辽东半岛种群(LD) (h=0.8920, π=0.0074), 其他地理种群距辽东半岛越远, 单倍型多样性越低。遗传距离(K2P)、群体间的遗传分化指数(F_ST)及AMOVA分子方差分析均显示LD种群与其他地理种群存在显著分化。基于单倍型构建的分子系统发育树和单倍型网络关系图均显示9条水系的单倍型不能各自聚类, 形成3大分支: 分支A以LD种群为主; 分支B含所有地理种群; 分支C以淮黄河种群(HH)和海滦河种群(HL)为主。中性检验和错配分析显示不同地理种群有扩张现象。基于化石校准点和北鳅鱼类D-loop序列1.00%Ma的平均进化速率评估各地理种群的分歧时间, 为2.3784— 0.0477Ma前, LD种群与其他地理种群分化时间最早(2.3784 Ma前), 推测LD种群受第四纪冰期影响较小, 辽东半岛为我国北鳅起源地之一, 其他地理种群以辽东半岛为中心借助松辽古大湖和黄渤海平原河口等发生多次迁移。     

利用RACE技术扩增大豆抗病基因同源cDNA 5′末端序列

利用抗病基因保守序列筛选大豆cDNA文库,获得一抗病基因同源cDNA片段,命名为KR3-1。根据KR3-1设计两个基因特异引物（GSP 和 NGSP）,分别与通用引物(UPM)和巢式通用引物（NUP）共同扩增,成功地克隆到了该基因的5′末端序列。该扩增片段长447 bp,与已知序列重叠部分为129 bp。 Abstract:Based on part of a known partial cDNA sequence of a disease resistance gene homolog,KR3-1,obtained by screening a cDNA library from soybean,5′-RACE-PCR was carried out with gene specific primers and universal primers.After the nested PCR reaction,an amplified fragment of 447 bp in length which overlapped the known KR3-1 sequence by 129 bp was obtained subsequently.Thus,a 5′ cDNA end of KR3 was successfully cloned.     

线粒体微卫星DNA不稳定性与肿瘤关系的研究进展

线粒体DNA直接控制细胞氧化磷酸化过程,其基因组序列发生突变尤其是微卫星DNA 不稳定性会严重降低线粒体产生能量的功能,诱发细胞程序性死亡和癌细胞形成。目前,有关人类线粒体微卫星DNA不稳定性与肿瘤关系的研究越来越受到关注。仅就微卫星DNA的特点和不稳定性形成的机理以及与肿瘤关系的研究进展作以概述。     

大石鸡兰州亚种的mtDNA种群遗传结构、单倍型分布和遗传多样性

大石鸡(Alectorismagna)是中国西北部的特有种。我们测定了大石鸡兰州亚种(A.m.lanzhouensis)8个地理种群106个样本的线粒体DNA控制区5′端458bp序列,研究其种群遗传结构和遗传多样性。27个变异位点共确定25种单倍型,其中单倍型M2广泛分布,而许多单倍型为一些地方种群特有。单倍型分布沿着南北方向变化,存在明显的地理结构。8个种群中核苷酸多样性最高的是定西种群,0.0069,最低的是海原种群,0.0028;单倍型多样性最高的是武山种群,0.86,最低的是北道种群,0.52。北方种群比南方种群具有更高的遗传多样性。系统发生树和单倍型分布表明,大石鸡兰州亚种存在两个明显的分支。溯祖理论、更新世冰期和花粉支持兰州亚种起源于兰州盆地,这个盆地是其遗传多样性的中心。     

韩国与中国东北地区松鼠线粒体DNA控制区的序列变异

为了研究松鼠东北亚种(Sciurus vulgaris manchuricusThomas)不同种群的序列变异水平并进一步确定分类地位,我们分析了韩国5个地点和中国东北2个地点的松鼠标本的线粒体DNA控制区的全序列(1 058 bp)。39个韩国松鼠标本显示出21种单倍型,这些单倍型间的平均Tamura-Nei距离为1·0%; 24个中国松鼠标本显示21种单倍型,单倍型间的平均Tamura-Nei距离为1·4% (1 058 bp的全序列中发生变异的位点有119个,占11·2%)。韩国松鼠和中国松鼠间的平均距离为1·3%。并且韩国和中国松鼠的所有42个单倍型形成了一个单系分支,Fst值为0·04,表明在两个国家的松鼠间没有发生遗传分化。因此,序列分析的分子生物学的结果支持现行的分类,即来自韩国的朝鲜亚种(S·v·coreae)是中国北部地区松鼠东北亚种(S·v·manchuricus)的同物异名。这还需要进一步对北朝鲜和中国东北其它地区更多标本的分子和形态学分析来验证这一结论。     

贵州黄牛mtDNA D-loop 遗传多样性研究

对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DNA D-loop区全序列910 bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。贵州4个黄牛品种mtDNA D-loop区核苷酸多样度（π值）为2.16%～2.61%,单倍型多样度（H）为0.695～0.909,表明贵州黄牛mtDNA遗传多样性比较丰富。根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的NJ分子系统树。聚类表明,贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源,其影响较为均一。并探讨了用核苷酸多样度π值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。