利用CoI基因序列对雀科鸟类的分子系统发育关系初探

基于线粒体DNA(mtDNA)中Col基因的部分序列(1300bp)对雀形目雀科(Fringillidae)36种鸟类进行系统发育分析.对数据集构建NJ树、Baycs树和ML树.对建树结果进行分析,发现铁爪鸦(Calcarius lapponicus)与鸦属(Emberiza)鸟类的亲缘关系比其他雀科的鸟类更近;支持蓝鹀(Latoucheornis siemsseni)隶属于鹀属的观点:证实了黄颈拟蜡嘴雀(Mycerobas affinis)与黑尾蜡嘴雀(Eophona migratorius)之间紧密的亲缘关系;发现长尾雀(Uragus sibiricus)和朱鸦(Urocynchramus pylzowi)之间亲缘关系很远,而与朱雀属(Carpodacus)有较近的亲缘关系:结果支持雀类与鸦类的亚科级分类水平.  

基于线粒体COI基因序列的文蛤属(软体动物门:帘蛤科)系统发育关系(英文)

测定了4种文蛤属贝类的15个个体的COI基因序列，并从GenBank下载了短文蛤 (M. petechialis)的相应序列。比对后的序列长度为574 bp，包括93个简约信息位点，A、T、C和G的平均含量分别为21.15%、44.71%、14.05%和20.09%。通过对序列的分析，共定义了12个单倍型：文蛤 (M. meretrix) 4个，斧文蛤 (M. lamarckii) 2个，丽文蛤 (M. lusoria) 3个，琴文蛤 (M. lyrata) 1个，短文蛤2个。以青蛤(Cylina sinensis)为外群，用MP法和贝叶斯法构建系统树。结果显示，短文蛤、丽文蛤和文蛤为亲缘关系较近的物种, 支持短文蛤和丽文蛤为文蛤的同物异名的观点。  

北京地区7种常见嗜尸性蝇类的COI基因序列分析及DNA条形码的建立

嗜尸性蝇类在命案死亡时间和现场推断方面有着十分重要的应用, 而DNA 条形编码技术能摆脱对虫卵和幼虫的饲养以及后续物种鉴定方面专业知识的依赖, 有助于实现现场采集蝇类样本的快速鉴定。本研究采集了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种共77个个体的样本, 测定了所有个体线粒体DNA 上细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COI）基因1 120 bp的序列。基于序列的系统发生分析显示, 同一物种不同个体的序列均以高达99%的支持值聚集在一起。序列间的分歧统计表明这些蝇类在物种内的个体分歧不超过1%, 而不同物种间的净分歧均超过7.74%, 最高可达14.85%。滑动窗口分析表明, 在整个序列区段种间差异位点存在较平均的分布。通过测定COI基因的序列, 建立了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种的DNA条形码, 据此实现了对这些物种准确、快速、简单的区分和鉴定, 同时也为后续应用于物种鉴定的种属特异性位点之筛选提供了基础数据。  

青蟹线粒体COI假基因的分离和特征分析

线粒体DNA标记在遗传结构和系统进化研究中得到广泛应用，然而核假基因的存在对此有很大威胁。本文以中国东南沿海的青蟹(Scylla paramamosain)为研究对象，利用线粒体COI基因的通用引物和特异性引物进行扩增，分别得到34个假基因（nuclear mitochondrial pseudogenes, Numts）和5个线粒体COI基因序列。在所获得的34个假基因中共定义了29种单倍型，根据序列的相似度，这些假基因可以分为2类，每类假基因都有各自保守的核苷酸序列。第Ⅰ类假基因存在2处插入序列和1处8 bp的缺失序列，这些位点导致了整个阅读框的移位；在第Ⅱ类假基因和5个线粒体COI序列中只有碱基替换，未发现插入和缺失序列。实验结果分析表明，这两类假基因分别代表了2次核整合事件，即核转移事件的最低值。研究结果提示了  

基于线粒体COI基因序列探讨泥蚶的遗传分化

采用PCR技术对我国沿海地区7个泥蚶群体的线粒体COI基因部分序列进行了测定和遗传分析。在来自7个群体的38个泥蚶样本均得到660 bp的COI基因片段序列，共103个多态位点，组成17种单倍型；数据分析表明：7个群体形成了二大类群：福建以北(包括福建)的5个群体（江苏盐城、浙江奉化、浙江乐清养殖和自然群体、福建福鼎）形成一个类群，类群内的遗传距离为0.0016；福建以南的类群（广东湛江、海南海口）形成一个类群，遗传距离为0.0006；二个类群之间的遗传距离为0.1529，表现为高度的分化。因此我国沿海泥蚶已分化形成福建以南和以北二大类群，二大类群之间的遗传分化已达到亚种水平。  

厚壳贻贝养殖群体与野生群体线粒体DNA的遗传分析(英文)

采川线粒体DNA COI基因序列对厚壳贻贝2个养殖群体与2个野生群体的遗传多样性进行了研究.4个群体共获得30个单倍型.结果显示:在养殖群体中单倍型的数量和遗传多样性要比野生群体的低,可能是由于只有少量的有效父母本对养殖群体的遗传变异有贡献所致.养贿群体与当地野生群体之间也未发生显著的遗传分化,可能足因为它们之间存在基因流.在今后厚壳贻贝养殖过程中,本研究可以用在对养殖群体进行遗传监测,从而保证养殖群体的遗传多样性水平.  

利用COI基因序列分析长江与澜沧江水系日本沼虾群体的遗传结构

测定了我国长江水系和澜沧江水系的日本沼虾9个群体,共79个个体的线粒体COI基因序列片段(约450bp),结果发现有89个变异位点,共计有46个单倍型。其中云南昆明(KM)群体具有较丰富的遗传多样性(h=1.000,π=0.028),而重庆(CQ)群体的遗传多样性最小(h=0.700,π=0.008)。AMOVA分析表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的9.66%,而90.34%的遗传变异源于群体内。采用邻接法(NJ)构建的分子系统树显示,46个单倍型明显地聚为长江中下游和长江上游与澜沧江两个族群。其结果可以为合理开发和利用日本沼虾自然野生资源,以及建立和保护日本沼虾种质资源库及基因库提供必要的参考。  

不同地理种群银杏大蚕蛾COI基因序列变异与遗传分化

银杏大蚕蛾Caligula japonica是亚洲东部的特有种, 既是一种重要的林业害虫, 也是一种珍贵的野生蚕类资源。为了揭示银杏大蚕蛾地理种群间的内在联系, 测定了我国分布的12个地理种群的线粒体细胞色素氧化酶C亚基I（COI）基因部分序列（GenBank登录号: FJ358506-FJ358517）, 对地理种群间的序列变异和遗传分化进行了分析。结果表明: 银杏大蚕蛾地理种群间的COI序列同源性高达99%~100%, 显示出比较小的遗传差异。序列对准后从供试COI序列中仅鉴定出9个变异位点和6个单元型, 其中3种是共享单元型。系统发育分析结果表明种群间已经按地理位置形成了一定的地理格局, AMOVA分析显示北方组和南方组之间已经具有明显的遗传分化（FST=0.478, P<0.001）。综合分析, 我们认为北方组和南方组之间的遗传分化可能与差异巨大的生态条件有关。研究结果为银杏大蚕蛾的种群遗传学和生态学研究提供了一个基本的分子生物学线索。  

在藏羚羊上发现的中国第四种皮蝇

对于从可可西里藏羚羊上采集到的藏羚羊皮蝇Hypoderma sp.3龄幼虫进行了形态学观察，发现其在伪头、第10腹节上的刺、气门板形态上与中国现有记录的3种皮蝇（牛皮蝇、纹皮蝇和中华皮蝇）有着明显的区别。对藏羚羊皮蝇的线粒体COI 基因种属特异性序列研究表明，其与牛皮蝇、纹皮蝇和中华皮蝇对应序列的相似性分别为88.1％，87.8％和88.8％。据此认为采自藏羚羊的此种皮蝇可能为中国境内又一皮蝇新种或新记录种，为中国第四种皮蝇。  

厚壳贻贝养殖群体与野生群体线粒体DNA的遗传分析(英文）

采用线粒体DNA COI基因序列对厚壳贻贝2个养殖群体与2个野生群体的遗传多样性进行了研究。4个群体共获得30个单倍型。结果显示：在养殖群体中单倍型的数量和遗传多样性要比野生群体的低，可能是由于只有少量的有效父母本对养殖群体的遗传变异有贡献所致。养殖群体与当地野生群体之间也未发生显著的遗传分化，可能是因为它们之间存在基因流。在今后厚壳贻贝养殖过程中，本研究可以用在对养殖群体进行遗传监测，从而保证养殖群体的遗传多样性水平。