利用mtDNA COⅠ基因序列鉴定我国烟粉虱的生物型

利用mtDNA COⅠ基因片段作标记，采用序列分析的方法，从分子生态学的角度研究了近年来在我国暴发危害的烟粉虱Bemisia tabaci 5个种群（北京一品红种群，广州甘蓝种群，西安一品红种群，北京西红柿种群和新疆吐鲁番棉花种群）的生物型。在5个种群的基因片段上，截取与Texas-B型相应的720bp的序列分析，结果表明所测序列中只有2个碱基与Texas-B型不同，序列相似性为99.7%；在西安一品红种群和新疆吐鲁番棉花种群的原序列中截取与Arizona-B型序列相应的423bp片段，分析表明这两个种群与AZB3型属于同一个单倍型。因此，我国烟粉虱5个实验种群的生物型与Texas-B型和Arizona-B型种群为同一生物型“B”。  

利用CoI基因序列对雀科鸟类的分子系统发育关系初探

基于线粒体DNA(mtDNA)中Col基因的部分序列(1300bp)对雀形目雀科(Fringillidae)36种鸟类进行系统发育分析.对数据集构建NJ树、Baycs树和ML树.对建树结果进行分析,发现铁爪鸦(Calcarius lapponicus)与鸦属(Emberiza)鸟类的亲缘关系比其他雀科的鸟类更近;支持蓝鹀(Latoucheornis siemsseni)隶属于鹀属的观点:证实了黄颈拟蜡嘴雀(Mycerobas affinis)与黑尾蜡嘴雀(Eophona migratorius)之间紧密的亲缘关系;发现长尾雀(Uragus sibiricus)和朱鸦(Urocynchramus pylzowi)之间亲缘关系很远,而与朱雀属(Carpodacus)有较近的亲缘关系:结果支持雀类与鸦类的亚科级分类水平.  

基于线粒体COI基因序列的文蛤属(软体动物门:帘蛤科)系统发育关系(英文)

测定了4种文蛤属贝类的15个个体的COI基因序列，并从GenBank下载了短文蛤 (M. petechialis)的相应序列。比对后的序列长度为574 bp，包括93个简约信息位点，A、T、C和G的平均含量分别为21.15%、44.71%、14.05%和20.09%。通过对序列的分析，共定义了12个单倍型：文蛤 (M. meretrix) 4个，斧文蛤 (M. lamarckii) 2个，丽文蛤 (M. lusoria) 3个，琴文蛤 (M. lyrata) 1个，短文蛤2个。以青蛤(Cylina sinensis)为外群，用MP法和贝叶斯法构建系统树。结果显示，短文蛤、丽文蛤和文蛤为亲缘关系较近的物种, 支持短文蛤和丽文蛤为文蛤的同物异名的观点。  

北京地区7种常见嗜尸性蝇类的COI基因序列分析及DNA条形码的建立

嗜尸性蝇类在命案死亡时间和现场推断方面有着十分重要的应用, 而DNA 条形编码技术能摆脱对虫卵和幼虫的饲养以及后续物种鉴定方面专业知识的依赖, 有助于实现现场采集蝇类样本的快速鉴定。本研究采集了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种共77个个体的样本, 测定了所有个体线粒体DNA 上细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COI）基因1 120 bp的序列。基于序列的系统发生分析显示, 同一物种不同个体的序列均以高达99%的支持值聚集在一起。序列间的分歧统计表明这些蝇类在物种内的个体分歧不超过1%, 而不同物种间的净分歧均超过7.74%, 最高可达14.85%。滑动窗口分析表明, 在整个序列区段种间差异位点存在较平均的分布。通过测定COI基因的序列, 建立了北京地区7个嗜尸性蝇类优势种的DNA条形码, 据此实现了对这些物种准确、快速、简单的区分和鉴定, 同时也为后续应用于物种鉴定的种属特异性位点之筛选提供了基础数据。  

罗氏沼虾不同群体线粒体COI基因的序列差异和遗传标记研究

利用PCR方法扩增获得罗氏沼虾（Macrobrachiumrosenbergii）线粒体DNA的COI基因，测定该基因片段序列。分析了罗氏沼虾缅甸原种F1代、江苏养殖群体和广西选育F2代3个群体共17只个体的序列核苷酸位点差异和遗传多态。结果表明，缅甸原种F1代遗传多样性最为丰富，江苏养殖群体和广西选育群体的遗传多样性相对贫乏。在长度为498bp的基因片段中，共检测到10个多态性核苷酸位点（占2.01%），17只个体具有5种基因型，3群体各自的平均核苷酸位点差异分别为0.88%、0.07%和0。UPGMA分子系统聚类树显示，江苏养殖群体和广西选育群体的遗传关系最近，其单倍型混杂聚成一支，而缅甸原种F1群体相对独立为另外一支。COI基因可以作为区分两分支群体的遗传标记。  

单只轮虫DNA提取及其细胞色素C氧化酶I亚基部分序列测定

通过调整试剂剂量及实验条件与步骤，利用Wizard^TM基因组DNA纯化试剂盒可以稳定、快捷地提取单只轮虫的DNA。以提取的DNA为模板，利用CO I通用引物，扩增并测定了萼花臂尾轮虫（Brachionus calyciflorus）CO I部分基因的序列。与褶皱臂尾轮虫（B.plicatilis）CO I基因序列比较结果表明，此片断确为轮虫CO I基因片段，从而证明使用本方法所提取单只轮虫痕量DNA的可靠性。  

基于线粒体COI基因序列探讨泥蚶的遗传分化

采用PCR技术对我国沿海地区7个泥蚶群体的线粒体COI基因部分序列进行了测定和遗传分析。在来自7个群体的38个泥蚶样本均得到660 bp的COI基因片段序列，共103个多态位点，组成17种单倍型；数据分析表明：7个群体形成了二大类群：福建以北(包括福建)的5个群体（江苏盐城、浙江奉化、浙江乐清养殖和自然群体、福建福鼎）形成一个类群，类群内的遗传距离为0.0016；福建以南的类群（广东湛江、海南海口）形成一个类群，遗传距离为0.0006；二个类群之间的遗传距离为0.1529，表现为高度的分化。因此我国沿海泥蚶已分化形成福建以南和以北二大类群，二大类群之间的遗传分化已达到亚种水平。  

DNA条形码技术在植物中的研究现状

DNA条形码技术(DNA barcoding)是用短的DNA片段对物种进行识别和鉴定的分子生物学技术。在动物研究中该技术已经成功应用于利用线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(COI)进行物种鉴定和发现隐种或新物种。相对于动物, COI基因在高等植物中进化速率较慢, 因此植物条形码研究以叶绿体基因组作为重点, 但目前还处于寻找合适的基因片段阶段。许多学者对此进行了积极的探索, 报道了多种植物条形码的候选片段或组合, 但还没有获得满足所有标准的特征位点片段。该文介绍了DNA条形码的标准、优点、工作流程及数据分析方法, 总结了DNA条形码在植物中的研究现状。  

鲫属鱼类DNA条码及种与亚种划分

鲫属(Carassius)鱼类由于表型变异大,分布范围广,分类一直不完善。该属常被分为三个种:黑鲫(C.carassius)、白鲫(C.cuvieri)和鲫(C.auratus)。鲫又可分为多个亚种(包括金鱼),其中银鲫(C.auratus gibelio)亚种有时被视作一个独立的种。该文研究了线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(COI)基因5’端651bp的片段在这些种和亚种(共计128尾标本)中的变异。结果表明,C.carassius、C.cuvieri和C.auratus均为有效种,同时欧亚大陆的与日本列岛的C.auratus有明显分化;而C.auratusgibelio和C.auratusauratus有一些共享的单倍型,C.auratus gibelio应被视为C.auratus的一个亚种,而不是一个有效物种。由于C.auratus auratus和C.auratus gibelio等类群中同时存在二倍体和三倍体,因此,倍性不宜作为种或亚种的划分标准。  

厚壳贻贝养殖群体与野生群体线粒体DNA的遗传分析(英文)

采川线粒体DNA COI基因序列对厚壳贻贝2个养殖群体与2个野生群体的遗传多样性进行了研究.4个群体共获得30个单倍型.结果显示:在养殖群体中单倍型的数量和遗传多样性要比野生群体的低,可能是由于只有少量的有效父母本对养殖群体的遗传变异有贡献所致.养贿群体与当地野生群体之间也未发生显著的遗传分化,可能足因为它们之间存在基因流.在今后厚壳贻贝养殖过程中,本研究可以用在对养殖群体进行遗传监测,从而保证养殖群体的遗传多样性水平.