赤水河两种荷马条鳅属鱼类的遗传多样性及谱系生物地理学过程分析

研究以线粒体Cyt b基因为分子标记，对赤水河两种荷马条鳅属（Homatula）鱼类（红尾荷马条鳅和短体荷马条鳅）的遗传多样性及种群结构进行了分析；同时，结合了对在长江上游其他几个水系分布的同种鱼类进行比较，分析其生物地理学过程。遗传多样性分析结果表明，5个水系135尾红尾荷马条鳅Cyt b基因序列共检测出42个单倍型，单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.936和0.00493；其中，赤水河种群的分别为0.891和0.00208。3个水系52尾短体荷马条鳅Cyt b基因序列共检测出12个单倍型，单倍型多样性和核苷酸多样性分别0.821和0.01105；赤水河种群的分别为0.646和0.00390。基于ML和BI法构建的单倍型分子系统发育树结果表明，两物种各自构成单系，且得到较强支持。红尾荷马条鳅各种群地理格局分布明显，赤水河种群为并系类群位于分支基部。在短体荷马条鳅支系中，岷江与沱江两个水系的个体相互聚类在一起，而赤水河群体聚成一个分支。赤水河与其他水系不存在共享单倍型，表现了明显的隔离和差异性的地理分布格局。由于这些水系之间地理位置相距较远，推测这种格局的形成不是地质运动造成的水系隔离，而是历史时期水位的高低变化造成鱼类种群的扩散和隔离。错配分析支持赤水河两物种种群扩张的推断，但中性检验却并非全部支持，显示种群历史相对复杂。     

基于mtDNA Cyt b序列分析齐口裂腹鱼群体遗传多样性

研究测定了长江上游4个齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)野生群体(重庆巫溪、重庆城口、四川雅安、四川阿坝)共104个个体的线粒体Cyt b基因部分序列, 以探讨齐口裂腹鱼野生群体的遗传多样性和遗传结构。结果表明: 在104个个体Cyt b序列中共检测到43个多态性位点, 25个单倍型。4个齐口裂腹鱼群体的单倍型多样性介于0.704—0.884, 核苷酸多样性介于0.007—0.012。群体间Kimura双参数遗传距离介于0.008—0.017, 其中四川雅安群体与四川阿坝群体间遗传距离最近, 基因交流频繁。重庆城口群体与四川雅安群体间遗传距离最远, 基因交流受阻。AMOVA分析表明, 齐口裂腹鱼的遗传分化主要来自群体内部, 且组群间、组群内群体间和群体内存在显著的遗传分化。中性检验得到Tajima’s D和 Fu’s F_s的值不显著, 且歧点分布图呈多峰, 表明长江上游4个齐口裂腹鱼野生群体未经历过种群扩张。研究旨为齐口裂腹鱼野生资源保护提供必要参考意见, 同时为齐口裂腹鱼种质资源合理开发和利用提供理论依据。     

中国大陆尼罗罗非鱼引进群体间遗传关系分析

为了从分子水平上评价中国大陆尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）主要引进群体间遗传关系、遗传分化及基因流状况，研究利用12对多态性微卫星引物，以埃及土著群体为对照组，分析中国大陆尼罗罗非鱼9个代表性引进群体的遗传关系。结果显示:①群体间四种遗传距离[D_A、D_C、D_SW和（δμ）2]同时表明，USA群体和EGY群体间的遗传距离最小[D_A=0.2174，D_C=0.4140，D_SW=0.8769，（δμ）2=22.6904]；D_A和D_C表明GD群体和XJF群体间遗传距离最大（D_A=0.5851，D_C=0.6789）；D_SW和（δμ）2表明USA群体与XJF群体间遗传距离最大[D_SW=4.0907，（δμ）2=138.18]。② EGY群体和GD群体间遗传分化最小（F_ST=0.0326，R_ST=0.0337），XJF群体和LY群体间遗传分化最大（F_ST=0.2098，R_ST=0.2655）。所有成对群体间均存在显著的遗传分化（P < 0.05）。③群体间系统树显示，WY群体、GD群体、EGY群体和USA群体被聚为一类，BL群体、LY群体和EW群体被聚为一类，JNM群体和GLD群体被聚为一类，XJF群体位于独立的分支；贝叶斯聚类分析将10个群体划分为2类，XJF、BL、LY、EW群体被归入第一类，WY、GD、EGY、USA、GLD和JNM群体被归入第二类。分子方差分析和主成分分析支持了系统树和贝叶斯聚类分析的结果。④根据成对F_ST值和R_ST值估算的群体间历史基因流平均值分别为2.4427和2.1983。群体间近期基因流检测结果显示，各群体中发生第一代迁移的个体数在0-7个，占样本数的0-23.3%。总体而言，我国尼罗罗非鱼引进群体间遗传分化显著，群体间存在一定程度的历史基因流和近期基因流。研究结果为开展我国尼罗罗非鱼引进群体的种质资源保护和综合利用提供了科学依据。     

瓜类枯萎病菌遗传多样性和亲缘关系的SRAP分析

尖孢镰刀菌可造成不同瓜类的枯萎病.为明确不同寄主、不同地区的瓜类枯萎病菌菌株间的遗传多样性及亲缘关系,采用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对来源于不同地区、不同寄主的95株尖孢镰刀菌的基因组DNA进行多态性扩增.以筛选出的19对引物共扩增出238条带,多态性比率为100%,平均每对引物扩增出12.5个位点和12.5个多态性位点;尖孢镰刀菌苦瓜专化型共扩增出166条带,其中145条为多态性条带,多态性比率为87.4%,平均每对引物扩增出8.7个位点和7.7个多态性位点,说明尖孢镰刀菌的遗传变异较为广泛.瓜类枯萎病菌株间的遗传相似系数范围为0.68～0.99,样品间的平均Nei遗传多样性指数和Shannon指数分别为0.2390和0.3718.在遗传相似系数为0.74时,可将供试的95株尖孢镰刀菌划分为苦瓜、黄瓜、西瓜、甜瓜4个专化群.在SRAP聚类树中,同一寄主的尖孢镰刀菌聚在一个分支上,其中尖孢镰刀菌苦瓜专化型菌株间的遗传相似系数范围为0.78～0.99,Nei遗传多样性指数为0.1811,平均Shannon指数为0.2750,表明尖孢镰刀菌苦瓜专化型的遗传变异较大,且菌株的聚群与地理来源存在相关性.     

引致蝉若虫地方病的蝉棒束孢种群遗传结构

采用ISSR分子标记技术对在3个不同地区引起蝉若虫地方病的蝉棒束孢种群遗传结构进行研究.结果表明: 3个地方病种群均表现出较高的遗传多样性,其中敬亭山种群的遗传多样性最高,石台种群最小.UPGMA聚类分析表明,不同地方病种群无优势性,均为多系的异质种群,遗传谱系与地理来源无关.敬亭山不同采集时间的菌株表现出明显的时间异质性.种群(亚种群)间的遗传分化系数G_st为0.2153,而基因流N_m为0.9110(N_m＜1), 暗示低水平的基因交流是种群内遗传变异的主要原因之一.因此,蝉棒束孢种群水平的高异质性和低优势性是维持蝉若虫地方病的遗传结构特征.     

关于用Nei氏标准遗传距离推算畜禽分化时间的探讨

应用Nei氏标准遗传距离推算畜禽在若干年前的分化时间与考古学的研究结果及人们的一般认 识极不相同，本文从密码子的平均替换率、电泳所测的基因位点数目、人为因素对畜禽交配制度所施加 的影响以及基因的随机漂移等方面对造成这种差异的原因进行了讨论。     

四川牡丹和块根芍药第五号染色体异常的减数分裂证据

四川牡丹Paeonia decomposita和块根芍药Paeonia intermedia具有共同的第五号染色体减数分裂异常：与长臂相比,短臂在遗传距离和物理距离之间存在巨大的背离。短臂的遗传距离约是长臂的1/28（块根芍药）和1/50（四川牡丹）,短臂的物理距离约是长臂的1/3,物理距离是遗传距离的9倍以上。在四川牡丹中,五号染色体的环形二价体（两个臂形成交叉）和棒状二价体（仅一个臂形成交叉）的比率是1.94：98.06,而在块根芍药中是3.42：96.58。在这两个种中,棒状二价体大大多于环形二价体。四川牡丹和块根芍药第五号染色体的后期I倒位桥出现频率非常低,而且断片长度是变化的。     

14个黄皮品种(系)的RAPD分析

对14个黄皮(Clausena lansium)品种(系)进行RAPD分析,从150个随机引物中筛选出16个能在种质间表现出多态性的引物,共扩增出 87 条谱带,其中多态性带47条,多态性比例为54.0%.结果表明,除龙川无核黄皮、龙山无核黄皮和冰糖黄皮外,其它11个品种(系)间的遗传距离较近(D≤0.1),说明大多数黄皮品种遗传差异较小,亲缘关系较近.UPGMA聚类分析表明,14个黄皮品种(系)在遗传距离0.15处可划分为3个类群,基本反映了黄皮品种间的遗传多样性.     

不同地区斑点叉尾鮰种内遗传多样性分析

采用RAPD方法对来源于美国三个地区的30条斑点叉尾鮰进行遗传多样性的分析。对60个随机引物进行筛选,选出能够区分地区内以及地区间种群遗传多态性的引物。通过统计学的方法计算分析得出三个地区各自种群内遗传相似率,德克萨斯州为82.52%,阿纳巴马州为80.46%,密西西比州为83.71%。对地区之间种群的遗传分化情况进行t检测分析得出三个地区之间斑点叉尾鮰种群的遗传特性各不相同,其中差异最大的是阿纳巴马州和密西西比州,差异最小的是德克萨斯州和密西西比州。