Fifty years of character compatibility concepts at work

In the mid 19th century,systematic biologists realized that observable similarities and differences among a group of related species could be the basis for hypotheses about the evolutionary relationships among the species and their ancestors.Such hypotheses Can be expressed as characters.A character is comprised of two or more character states of species considered to be similar with respect to a basis for comparison.The states of a character may also be arranged into a character state tree to hypothesize speciation events associated with changes from one character state to another.In the mid 20th century.some systematists realized that sometimes paxrs of characters(or character state trees)could be incompatible as hypotheses,i.e.,they could not both be true.Through the 1950s,'60s and'70s,tests for,and ways to resolve,incompatibilities were used to estimate an ancestor relation based on mutually compatible characters.An estimate was often shown as a diagram connecting ancestors to their immediate descendants(not quite correctly)called a phylogenetic tree.More recently,other applications of compatibility concepts have been developed,including:identify characters that appear to be random in the context of their data set;combine estimates of ancestor relations for subsets of taxa in a larger collection into a single estimate(a so-called supertree)for the whole collection;and interpret geographic patterns in an evolutionary context.     

浅谈树的移植

本文根据各种树木的特性,提出了树在移植过程中的注意事项,包装运输及过程。     

MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用--系统发生分析(五)

MATLAB 7.X生物信息工具箱为广大用户提供了一个用于系统发生分析的综合环境,它能利用数据库资源,方便获取DNA/蛋白质序列数据,所有操作简单高效,结果可视化程度高。在工具箱提供的开放环境里,用户还可以根据自己的目标来设计和利用分析工具。本文介绍MATLAB7.X生物信息工具箱在构建系统发生树方面的应用,以人科线粒体基因序列作为分子标记构建一株人科系统发生树为例,说明在MATLAB环境下对系统发生树的分析和处理。     

鼻行天下

在热带东非和南非的干旱地区，生长着一种奇异而有趣的树，树上一年到头只是一些光溜溜的绿枝，不长叶子，偶然长叶，但也很少，因此人们叫它“光棍树：也有人叫它神仙棒或绿玉树，日本人称之为青珊瑚。     

基因树冲突与系统发育基因组学研究

随着越来越多的基因序列被运用于系统发育重建中,随之产生的基因树冲突已成为分子系统发育研究中日益突出的问题.因此,在分子系统发育研究中,应正确理解基因树和物种树之间的差异,充分注意和分析基因树冲突的原因,正确解释分子系统发育的结果.本文通过一些典型实例分析了在多基因系统发育研究中引发基因树冲突的三类主要原因:随机误差、系统误差和生物学因素.在此基础上,对近年来兴起的系统发育基因组学进行了介绍,并以稻属Oryza研究为例,阐述了系统发育基因组学方法在解决基因树冲突以及系统发育研究中的优势和应用价值,并进一步探讨了解决基因树冲突的策略和方法,以期为分子系统发育研究提供一些肩示和帮助.     

瘿椒树超长有性生殖周期的观察

瘿椒树Tapiscia sinensis为我国特有的珍稀保护植物,其有性生殖过程持续17个月之久。通过对花果发育形态的观察,揭示了瘿椒树超长生殖周期形成的主要原因是合子长时间休眠。瘿椒树花于当年5月开放,受精后的合子进入休眠状态,直到次年3月。休眠的幼果表现出一系列与越冬相适应的特征：子房壁表面形成木栓层,花托膨大,并向下延伸包围果柄等。次年4月果实开始发育,并迅速膨大,5月出现花果同期现象,至9月果实成熟。瘿椒树具长的合子休眠期和果实越年成熟现象,我们认为可将瘿椒树属Tapiscia提升为瘿椒树科Tapisciaceae。瘿椒树在生殖上的特异性和在系统学中的特殊性说明该类群在系统演化上的问题还需进一步的研究。     

中国无患子科的叶表皮特征及其系统学意义

在光学显微镜和扫描电镜下,对狭义无患子科25属33种植物以及七叶树科2种植物和槭树科2属4种植物的叶表皮特征进行了观察,发现这三科植物叶表皮细胞形状为多边形或无规则形,垂周壁一般为平直、弓形或浅波状.气孔器主要有6种类型,通常仅分布在下表皮(倒地铃Cardiospermum halicacabum和伞花木Eurycorymbus cavaleriei偶尔可在上表皮观察到),除无规则型(如波叶异木患Allophylus caudatu、掌叶木Handeliodendron bodinieri、茶条木Ddavaya toxocarpa等16种)最为常见外,辐射型(细子龙Amesiodendronchinense、七叶树Aesculus chinensis、金钱槭Dipteronia sinensis等11种)和环列型(如龙眼Dimocarpus longan、荔枝Litchi chinensis、韶子Nephelium chryseum等6种)也较为普遍,短平列型(赛木患 Aphania oligophylla、绒毛番龙眼Pometia tometttosa、干果木Xerospemuan bonii、假山萝Harpullia cupaniodes)和十字型(广西檀栗Pavieasia kwangsiensis)仅在少数几属中出现,不等细胞型仅出现在倒地铃Cardioslx,mmm halicacabum中.在扫描电镜下,角质层多具有条纹、鳞片或颗粒等特征;三科植物的气孔外拱盖内缘大多为浅波状.本文试图通过对三科的叶表皮特征,尤其是气孔器类型等形态特征的观察,寻求有意义的叶表皮性状,为进一步探讨无患子科尤其是掌叶木属、茶条木属与七叶树科乃至与槭树科亲缘关系提供资料.研究结果从叶表皮特征的角度说明了这三个科在系统上的密切联系.     

麻疯树Jc-Tctp1基因的同源性分析及时空表达模式鉴定

从麻疯树胚乳cDNA文库中获得了翻译调节肿瘤蛋白(translationally controlled tumor protein,TCTP)cDNA 序列,命名为 Jc-Tctp 1 (GenBank 登录号为EF091818).该序列全长1410 bp,开放阅读框由507个碱基组成.Jc-Tctp 1 编码的推测蛋白产物含有168个氨基酸残基,该蛋白具有典型的TCTP蛋白特点:由3个α螺旋组成α螺旋核心、4个β片层结构构成β片层核心,及微管结合结构域(MTB)和钙结合结构域(CaB).其推测氨基酸序列与巴西橡胶树(Hevea brasiliensis)、油棕(Elaeis guineensis)、大豆(Glycine max)、水稻(Oryza sativa,japonica cultivar-group)、黑杨(Populus trichocarpa)、番茄(Lycopersicon esculentum)、西加云杉(Picea sitchensis)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)以及玉米(Zea may)的TCTP同源性依次为93%、90%、85%、84%、85%、84%、77%、80%和77%.经构建含Jc-TCTP1在内的植物TCTP蛋白分子进化树分析,发现单子叶植物并未按照其生物学分类的地位出现聚合.用半定量RT-PCR研究Jc-Tctp1 基因的表达模式,结果显示,其表达在转录水平上具有一定的组织和时间特异性,茎、I期胚乳、胚中最为丰富,而在Ⅱ期胚乳和花中表达最弱.     

楮叶中香豆素和黄酮类化学成分研究

本文对楮树(Broussonetia papyrifera(L.)Vent.)叶中的香豆素和黄酮类成分进行研究,利用柱层析、重结晶、色谱技术等分离手段,分离得到了10个化合物,经理化性质和波谱数据分析鉴定为伞形花内酯(1)、七叶内酯(2)、芹菜素(3)、木犀草素(4)、山柰酚(5)、牡荆素(6)、芹菜素-7-O-β-D-葡萄糖醛酸(7)、芫花素(8)、槲皮素(9)、二氢槲皮素(10).化合物1～7均为首次从该植物中分离得到.