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1.
当前二代测序数据的处理广泛使用基于标准版本的Linux操作系统分析方法。这一系统专业性强,成本较高,操作界面不够友好,严重限制了大多数科研人员对数据的自主分析。本文创建了一个基于微软Windows操作系统的全功能二代测序数据的生物信息学分析系统,利用该系统经优选实现当前多种高通量测序数据的主流标准化分析流程。通过RNA-Seq的代表性案例,演算实测数据与传统Linux系统驱动的数据分析结果相比较,结果显示,本系统的组件和流程在常用的数据分析过程中,可以基本取代目前主流的Linux服务器或云计算平台,在运行效率相近的情况下,其操作极为简便且成本大大降低。本系统与所配附的编译软件及流程脚本,不仅为测序数据的生物信息学分析实操演练提供全面的解决方案,而且可以直接应用于专业的测序数据分析中。  相似文献   
2.
李文卿  江源  赵守栋  张凌楠  刘锬 《生态学报》2017,37(10):3365-3374
研究利用在六盘山地区采集的油松树轮样芯建立树轮宽度标准年表(STD),分别与不同长度时间单元(月、半月、旬)和多时间尺度的标准化降水指数(SPIn)序列进行相关性分析。油松标准年表与不同长度时间单元SPI的相关结果显示,较小的时间单元会使相关性表达更加精确,而时间单元过小则会因为数据波动性增大而导致相关关系弱化。因此,相较于月和旬,半月是相关性分析更为合适的时间单元长度。油松标准年表与多时间尺度SPI的相关结果显示,SPI多时间尺度的特性有助于揭示油松径向生长对不同时间尺度水分状况的响应特征,且油松在不同生长时期对于不同时间尺度水分状况具有相异的响应机制。在温度较低(0℃)的冬季,短时间内的降水并不利于树木生长,而长时间良好的水分储备会为树木生长季需水提供保障;在生长季前期,长时间良好的水分状况比短期内的降水更有利于树木的生长;在生长季,补给性水分和土壤水分都对树木生长起着至关重要的作用。  相似文献   
3.
目的探讨标准化病人(SP)在呼吸内科临床诊断基本技能的教学效果。方法选取我院在呼吸内科轮转实习医师100名,随机分为实验组和对照组各50名。实验组应用SP进行培训教学,对照组采用常规培训方式教学,并对两组基本技能教学质量进行比较。结果实验组在病史采集、体格检查以及病历书写方面均优于对照组,差异有统计学意义(P0.05)。结论标准化病人有助于提高呼吸内科临床诊断基本技能教学质量。  相似文献   
4.
标准化方法筛选参照点构建大型底栖动物生物完整性指数   总被引:36,自引:6,他引:30  
渠晓东  刘志刚  张远 《生态学报》2012,32(15):4661-4672
依据浑太河流域340个样点的栖息地和水质评价结果,采用标准化方法筛选参照点与受损点,构建大型底栖动物生物完整性评估指数(Benthic Macroinvertebrate Index of Biological Integrity,B-IBI),开展河流健康生物评价研究。标准化方法共筛选出参照点和6个受损点构建B-IBI指数。B-IBI指数包括8个大型底栖动物核心生物指标,涵盖了分类单元、相对丰度、耐污特征、优势类群和功能摄食类群的生物指标。利用构建的完整性指数开展浑太河河流健康评价结果显示,所有样点中"极好"与"好"占24.8%,"一般"占27.8%,"差"与"极差"的占47.4%,表明浑太河健康状况整体上偏差。B-IBI指数分值在参照、测试和受损点间的箱线图分布表明验证结果较为可靠;同时与2009年5月太子河全流域70个样点采用专家经验法构建的大型底栖动物生物完整性指数进行了对比,结果表明两种方法的评价结果一致性较高,健康等级完全一致的占58%,健康等级只相差一个等级的占40.6%。B-IBI与环境要素的回归分析显示,B-IBI指数与栖息地具有较高的直线线性回归关系(R2=0.25,P<0.01),与电导、高锰酸盐指数和氨氮(R2=0.23—0.34,P<0.01)均具有极显著的曲线相关关系。3个水质指标与B-IBI指数的回归方程的拐点分别约为1000μs/cm,5ml/L和1.0mg/L,当3个水质指标低于拐点值时,B-IBI指数表现为显著的下降趋势,当高于拐点值时,B-IBI指数的下降趋势明显减弱。表明高锰酸盐指数和氨氮在从清洁水体下降为III类的过程中,对大型底栖动物生物完整性的影响最为强烈。利用标准化方法筛选参照点构建的大型底栖动物完整性指数及其核心参数具有较好的敏感性,能够指示随人为活动强度增加河流生态系统健康状况的下降,适用于浑太河流域开展河流健康评估研究。  相似文献   
5.
目的:探索大鼠急性脑片中电刺激诱发的细胞内钙的动态变化规律。方法:采用表面灌流的急性脑片模型,结合电生理和激光共聚焦技术,利用细胞内钙荧光探针进行细胞内游离钙标记,观察电刺激诱发的脑片中神经细胞内游离钙的变化情况。结果:急性脑片组织中,钙标记染料的神经细胞内钙探针荧光强度,电刺激后出现显著增强,且具有波样特征,而Suramin明显抑制此反应,表现为钙探针荧光强度下降和钙反应时间出现延迟,两组之间差异具有统计学意义(P〈0.05).结论:刺激诱发的大鼠急性脑片中瞬时动态钙信号变化具有一定的时空发生特征,且这种钙信号的时空变化过程可能与嘌呤能信号的作用有关。  相似文献   
6.
《微生物学通报》2005,32(3):23-23
凡是可以使用阿拉伯数字且很得体的地方均应使用阿拉伯数字。世纪、年代、年、月、日、时刻必须使用阿拉伯数字,年份必须用全称。对科技期刊来说,凡处在计量单位和计数单位前面的数字,包括9以下的各位数字,除个别特例外,均应使用阿拉伯数字。不是表示科学计量和有统计意义数字的一位数可以用汉字,例如:一本教材,两种商品等。4位以上(含4位)的数字,采用三位分节法,节和节之间空开1/4格的间距。  相似文献   
7.
记录了麻痹猫的体感皮层(SI)神经元的自发和隐神经的A类和C类纤维传入诱发放电(A-ED和C-ED)。用NCCVF分析神经元放电。结果表明,SI区神经元对同时刺激隐神经的A类和C类纤维的反应呈多种型式:(1)A-ED和C-ED共存,包括Ⅰ.A-ED和C-ED始终相互伴随出现;Ⅱ.在刺激之初,只出现A-ED,但是,当阻断A类纤维传入并由C类纤维传入诱发神经元放电后,再同时刺激A类和C类纤维时,A-ED和C-ED便同时出现。(2)A-ED制约C-ED,特点是,只要A-ED存在,C/ED就不出现。只有阻断A类纤维传入后,C-ED才产生。(3)单一A-ED,不管在什么刺激条件下,这类神经元都只有A-ED,而不产生C-ED 结论:根据反应型式的不同,可将SI区的神经元分为Ⅰ.A类和C类纤维传入同时驱动的神经元;Ⅱ.A-ED制约C-ED的神经元;Ⅲ.只由A类纤维传入驱动的神经元。  相似文献   
8.
近年来,随着经济的发展,蜡块制作由人工操作转向全自动密闭式脱水机的广泛使用,组织的固定、脱水、透明、浸蜡已进入恒温、恒湿化操作,有效地提高和稳定了病理制片的质量,但在各实验室石蜡HE制片中的试剂使用尚未统一实现标准化操作,影响了制作的蜡块质量稳定性。现将石蜡切片试剂标准化使用问题作如下探讨:  相似文献   
9.
前列腺癌诊断时的免疫组化标记研究,从最初的P63、34βE12、P504S法单标记,到鸡尾酒混合-抗法,P63(34βE12)/P504S双标双染法,再到Jiang等提出P63/34βE12/P504S三标双染记法等,其研究方法学经过不断改进,诊断效率得到很大提高。  相似文献   
10.
关于细菌新分类单元描述的标准化   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了提高微生物新分类单元描述的质量 ,便于撰稿和编审 ,IJSEM编辑部对新分类单元的描述提出了要求。对论文写作格式 ,使用的实验方法 ,分子分析 ,新物种的确定及描述等相关问题进行了介绍 ,供国内同行撰文时参考。  相似文献   
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