气候变化下中国八种梧桐属树种潜在适生区模拟

中国梧桐属（Firmiana）在世界梧桐属中占比较大，且除梧桐外其余种均为中国特有且分布范围狭窄的植物种，灭绝风险大，研究气候变化对中国梧桐属树种的影响对于维护生物多样性具有重要的意义。结合多时期第六次国际气候耦合模式比较计划（CMIP6）气候变量数据和中国八种梧桐属树种的分布数据，基于R语言kuenm程序包优化的最大熵（Maxent）模型模拟分析中国八种梧桐属树种在多尺度下的潜在适生区，得出梧桐属最适宜的模拟尺度、潜在适生区的面积变化和迁移方向、梧桐属多样性保护关键区域及保护空缺。结果表明：（1）梧桐属最适宜的模拟尺度为亚洲；（2） Maxent模型的接收者操作特征曲线下面积（AUC）值均大于0.9，表明模型对梧桐属潜在适生区预测结果具有较高准确度；（3）气候变化影响下除云南梧桐（Firmiana major）外其它树种的潜在适生区都将在未来有所扩大；（4）中国八种梧桐属树种潜在适生区迁移方向主要为东西向，南北向大跨度迁移较少，纬度变化不大；（5）丹霞梧桐（Firmiana danxiaensis）的稳定潜在适生区最小；（6）中国梧桐属多样性保护关键区域主要分布于广西壮族自治区及云南、广东、海南等省区；（7）中国梧桐属多样性保护空缺区域主要分布于广西壮族自治区中部及海南省北部；（8）梧桐属多样性保护关键区域正在为人造地表所侵蚀。研究分析气候变化对中国八种梧桐属树种的影响及其潜在适生区变化、中国梧桐属多样性保护状态，可为中国梧桐属建立多样性保护廊道提供相关建议，为制定多样性保护规划及相应措施提供参考。     

ARIMA乘积季节模型在河南省风疹疫情预测中的应用

目的建立自回归求和移动平均(ARIMA)乘积季节模型,探讨其在河南省风疹发病趋势预测应用中的可行性。方法收集河南省2004—2013年报告的各月风疹病例数,建立ARIMA乘积季节模型,用2014年1—12月报告的风疹病例数,验证模型预测效果。结果河南省2004—2013年报告的风疹病例数呈现明显的季节效应,2009年前呈现逐年增多的趋势,2009年后呈现逐年减少的趋势;模型ARIMA(1,0,0)(0,1,1)12能较好的拟合既往的风疹病例数,且对2014年1—12月份风疹病例数的预测值与实际值基本吻合。结论 ARIMA乘积季节模型对河南省风疹发病趋势的预测具有可行性。     

蛋白质二级结构在线服务器预测评估

蛋白质二级结构的预测,对于研究蛋白质的功能和人类生命科学意义非凡。1951年开始提出预测蛋白质二级结构,1983年对于二级结构的预测只有50%的准确率。经过多年的发展,预测方式不断的改进和完善,到如今准确率已经超过80%。但目前预测在线服务器繁多,连续自动模型评估(CAMEO)也只给出服务器三级结构的预测评估,二级结构评估还未实现。针对上述问题,选取了以下6个服务器:PSRSM、MUFOLD、SPIDER、RAPTORX、JPRED和PSIPRED,对其预测的二级结构进行评估。并且为保证测试集不在训练集内,实验数据选取蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)最新发布的蛋白质。在基于蛋白质同源性30%、50%和70%的实验中,PSRSM取得Q3的准确率分别为91.44%、88.12%和90.17%,比其他预测服务器中最高的MUFOLD分别高出3.19%、1.33%和2.19%,证明在同一类同源性数据中PSRSM比其他服务器有更好的预测效果。除此之外实验也得到其预测的Sov准确度也比其他服务器要高。比较各类服务器的方法与结果,得出今后蛋白质二级结构预测应当重点从大数据、模板和深度学习的角度进行研究。     

甘南高山林线岷江冷杉—杜鹃种群结构与动态

高山林线是一种典型的生态交错带,是对气候反映最敏感的地区之一。甘肃南部高山林线区域主要以原始岷江冷杉种群和杜鹃种群为优势种,通过对岷江冷杉和杜鹃种群建立静态生命表,绘制存活曲线描述其结构特征,利用种群数量动态预测时间序列分析定量研究未来的发展趋势。结果显示:(1)岷江冷杉种群幼苗比较丰富,能很好的维持种群个体的自疏死亡,存活曲线呈Deevey-Ⅲ型;杜鹃种群幼苗缺乏,存活曲线趋向于Deevey-Ⅰ型;死亡曲线和危险率曲线都随着龄级的增加而增加,杜鹃种群的死亡率在各个龄级一直大于岷江冷杉种群,危险率在Ⅱ龄级以后杜鹃种群也始终大于岷江冷杉种群。(2)岷江冷杉种群结构动态变化指数Vpi大于修正后的种群结构动态变化指数V′pi且大于0,而杜鹃种群结构动态变化指数Vpi小于修正后的种群结构动态变化指数V′pi且小于0,则岷江冷杉种群属于增长型,杜鹃种群属于衰退型,岷江冷杉、杜鹃随机干扰极大值分别为0.027、0.011,说明二者对外界干扰均比较敏感。(3)杜鹃种群时间序列预测为前期幼苗比较缺乏,中期稳定,后期衰退的动态特征,而岷江冷杉种群表现出各龄级时间变化较小,幼苗个体数较多,种群为稳定增长型,岷江冷杉更能适应甘肃南部高山林线区域当前环境。     

血清孕酮诱导阻断因子对早产的预测价值研究

通过分析母体血清中孕酮诱导阻断因子(PIBF)的浓度,对采样和早产之间的时间间隔进行预测。对37名有先兆早产孕妇和41名健康孕妇在孕第24～28周期间进行了一项前瞻性的研究工作。在37名患有征兆子痫的患者中有11名患者早产。研究中将所有孕妇分为3组:早产孕妇、先兆早产孕妇和健康孕妇。在分娩前5天内采集的样本的PIBF浓度(22.17±6.19) ng/mL明显低于之前采集的样本浓度(31.33±6.78) ng/mL,并且明显低于健康孕妇采集的样本浓度(69.65±12.38) ng/mL;采样和分娩之间的平均时间间隔为(4.1±1.8)d。多元回归分析每个观测值对早产起到的作用,结果表明PIBF的缺乏对早产有显著影响(p=0.002)。采用受试者工作特征(ROC)分析来评估PIBF的诊断准确性。ROC曲线的面积(AUC)为0.956 (95%CI=0.884～0.989;p0.000 1),因此PIBF在预测早产上具有优异的诊断价值。在分娩前5天内,可以通过低于正常妊娠的PIBF值来预测妊娠终止,因而有助于有助于早产的诊断。     

沙蒿AQP基因结构预测及干旱胁迫下的时空表达模式研究

为探究水通道蛋白(AQP)在沙蒿响应干旱胁迫中的作用机制,该研究以青海省柴达木盆地沙蒿为试验材料,采用RACE技术对其AQP基因进行扩增,获得沙蒿AQP全长克隆并对AQP蛋白进行结构预测和分析;采用qRT-PCR对沙蒿AQP基因在不同程度干旱胁迫以及不同组织部位的表达模式进行分析。结果表明:(1)成功克隆获得沙蒿AQP基因长746 bp的片段1和长534 bp的片段2,经拼接后得到全长cDNA序列,沙蒿AQP基因总长为864 bp。(2)亚细胞定位表明沙蒿AQP基因定位于细胞膜上;同源比对显示沙蒿与向日葵、莴苣、橡胶树等植物的AQP基因具有较高的相似性;结构预测表明AQP蛋白含6个跨膜螺旋结构且亲水性较弱,α螺旋和无规则卷曲为AQP蛋白二级结构的主要构成元件。(3)qRT-PCR分析表明,沙蒿AQP基因随着干旱胁迫的加重呈现有规律的变化,根、茎、叶中表达均上调,且叶中AQP基因表达量上调幅度最大。研究表明沙蒿AQP基因结构特征及其表达模式都是沙蒿对干旱胁迫的一种适应。     

PCT和NT-proBNP在脓毒血症患者生存状况预测中的应用与评价

目的:探究患者降钙素原(PCT)和N端前体脑利钠肽(NT-proBNP)水平在评价脓毒血症患者生存状况的预测价值。方法:本研究于2013年6月~2015年6月期间,选择在我院治疗的脓毒血症患者81例为研究对象,根据患者纳入研究后1个月的生存状况,将所有研究对象分为存活组(55例)和死亡组(26例)。分别测定患者PCT和NT-proBNP水平,并记录患者急性生理与慢性健康状况(APACHEII)评分,通过ROC曲线探究PCT、NT-proBNP对患者生存预后评估的价值。结果:死亡组患者PCT水平及APACHEII评分均显著高于存活组,NT-pro BNP水平显著低于存活组患者(P0.05);PCT与APACHEII评分存在正相关关系(r=0.311;P0.05);NT-pro BNP水平与APACHEII评分存在负相关关系(r=-0.289;P0.05);ROC曲线显示PCT、NT-proBNP水平预测患者生存状况的敏感性(86.23%、82.01%)及特异性(80.89%、87.39%)均较高。结论:脓毒血症患者血清PCT与NT-proBNP水平在预测患者病情严重程度及生存状况方面具有重要价值。     

乳腺癌新辅助化疗的研究进展

乳腺癌是一种女性最常见的恶性肿瘤,近年来我国乳腺癌的发病率呈逐年上升趋势。研究证实,新辅助化疗不仅可使不能手术的晚期乳腺癌患者获得手术机会,而且也增加了部分患者的保乳概率,但是约20%的乳腺癌患者不能从新辅助化疗中获益,并影响后续治疗效果。因此,制定合理的、个体化的新辅助化疗方案对于提高乳腺癌患者的生存质量和改善其预后尤为重要。目前,研究已发现的NCT相关的预测因子主要包块肿瘤类型、分子分型、ER、PR、Ki67等,而HER2、TOP2A、P53、PRAP单独作为预测因子的还存在争议。本文主要对乳腺癌新辅助化疗的现状、各种预测因子的作用及其不足之处进行了综述。     

解淀粉芽孢杆菌TF28抗菌蛋白TasA基因序列分析及蛋白质结构预测

本研究以解淀粉芽孢杆菌TF28为材料,采用PCR方法从基因组DNA中扩增出抗菌蛋白Tas A基因,利用生物信息学方法对Tas A基因序列及其编码的蛋白质结构进行分析和预测。结果表明Tas A基因全长786 bp,含有一个完整的开放阅读框和一个终止密码子,编码261个氨基酸,经Blast比对,该基因与其它解淀粉芽孢杆菌Tas A基因同源性为95%~99%,与B.amyloliquefaciens FZB42(CP 000560.1)Tas A基因序列同源性最高为99%,与B.amyloliquefaciens DSM7(FN597644.1)的同源性最低为95%。预测该基因编码蛋白质分子量为28 k D,等电点为6.35,是含有信号肽和跨膜结构的亲水蛋白,蛋白结构中含有糖基化和磷酸化位点,二级结构中以琢螺旋、茁折叠和无规则卷曲为主。     

基于PDB数据库的三个RNA二级结构预测软件评估

随着21世纪分子生物学研究的蓬勃发展,RNA二级结构预测成为其中一项重要内容。由于RNA二级结构预测的准确性最为关键,因此寻找高精度且易操作的二级结构预测工具显得非常重要。本文选取三种简单且易操作的二级结构预测软件,先基于PDB数据库收录的318个RNA发夹序列进行二级结构预测,进而通过比较预测结果与实验测定结果进行软件预测性能评估。比较结果显示,RNAstructure为三个软件中性能最优的RNA二级结构预测软件。