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1.
目的:研究混合效应模型(Mixed Effects Model)在肿瘤表达谱基因芯片数据分析中的检验效能,并探讨其分析效果。方法:采用混合效应模型分析肿瘤实例基因芯片数据,并以基因集富集分析方法(GSEA)作为参照比较分析结果的有效性和科学性,探讨其检验效果。结果:通过混合效应模型和基因集富集分析(GSEA)两种方法对肿瘤基因芯片数据的分析和比较,两种方法筛选出共同的差异表达通路外,混合效应模型额外地筛选出来GSEA未能检验到的8条差异表达通路,且得到文献支持;混和效应模型筛选出的前10个差异表达通路中有6个已有生物学证明而基因集富集分析方法(GSEA)筛选出的前10个差异表达通路中仅有4个已有生物学证明。结论:混合效应模型作为top-down方法中的典型代表,其优势在于通过构建潜变量达到降维目的,可有效地减少多个复杂的变异来源从而保证了结果的准确性和科学性,其检验效能优于基因集富集分析方法(GSEA),是一种行之有效的筛选肿瘤基因芯片数据的分析方法。  相似文献   
2.
目的:静脉血栓是一种高复发风险和高致死率的疾病,其形成和复发的分子机制尚不明确。基于人类信号网络和基因表达谱数据可针对静脉血栓经华法令抗凝治疗后的复发机制进行研究。方法:结合表达谱数据和人类信号网络,设计差异模块筛选策略,通过功能分析、差异表达分析和已知血栓相关基因及药物靶基因的互作关联研究,获得与静脉血栓复发相关的显著差异模块。结果:最终获得8个与静脉血栓复发密切相关的显著差异模块,评估了华法令治疗静脉血栓的效能,提出了联合用药的3种可能途径。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与静脉血栓复发相关的模块,探究静脉血栓复发的分子机制和评估华法令的治疗效能。还提供了潜在的联合用药途径,这对治愈血栓、防治血栓复发及复发机制的研究具有重要意义。  相似文献   
3.
植物生长素响应基因SAUR的研究进展   总被引:1,自引:0,他引:1  
植物激素生长素在植物生长和发育过程中起重要的调节作用,它能够诱导一系列生长素早期响应基因的表达,包括Aux/IAA、GH3和SAUR。对拟南芥、水稻、高粱和茄科进行生物信息学分析后显示:大部分SAURs基因没有内含子,并且成簇坐落在染色体上;它们有特定的保守区,包含生长素响应元件AuxREs和促使mRNA降解的下游元件DST等。近年来,许多研究人员通过对SAUR蛋白功能的研究,发现它们主要参与调节生长素的合成和运输,从而影响细胞的膨大,但相关的机制并不明确,有待进一步的研究。从生物信息学和功能两方面综述了植物SAUR基因家族的研究进展,并对未来的研究方向做了展望。  相似文献   
4.
丙型肝炎病毒基因组的翻译及其产物的加工   总被引:22,自引:0,他引:22  
成军  斯崇文 《微生物与感染》1995,18(4):14-16,22
丙型肝炎病毒(HCV)是一种单正链RNA病毒,其5’非编码区(5’NCR)是决定病毒蛋白表达的关键区。基因突变与报道基因表达技术研究表明5’NCR有一内部核糖体进入位点(IRES)。类似于微小RNA病毒属。HCVRNA翻译成为一条多蛋白分子,对蛋白酶的裂解加工后形成10余种结构和非结构蛋白。研究HCVRNA的翻译及产物加工,对HCV及其抗原表达载体有重要意义。  相似文献   
5.
胎盘型谷胱甘肽S-转移酶基因在胃癌中的表达   总被引:1,自引:0,他引:1  
用Dig-GST-πcDNA探针分子杂交方法,检测了正常胃组织,胃癌及相应癌旁正常组织中GST-πDNA和GST-πRNA水平,发现GST-πDNA水平没有明显变化,而GST-πRNA在8例胃癌组织中有6例高于正常胃组织,在12例低分化腺癌中有7例癌旁正常组织高于相应癌组织,表明GST-π基因表达增加与胃癌有关,而且早于细胞形态的变化。  相似文献   
6.
以‘翠冠’梨为研究材料,对枝条进行90°拉枝处理,探明拉枝对梨成花及其相关基因(LFY、TFL1和FT)的表达以及内源激素和营养物质含量的影响。结果表明:(1)90°拉枝处理能够大幅度提高‘翠冠’梨的成花率。(2)与不拉枝处理相比,90°拉枝处理的花芽分化促进类激素——玉米素(ZT)和脱落酸(ABA)的含量上升,花芽分化抑制类激素——赤霉素(GA3)和生长素(IAA)的含量下降,可溶性糖含量和淀粉含量在花芽分化期间大量积累,全氮含量(N)下降,C/N比显著提高,且成花促进基因(LFY和FT)的表达量上升,成花抑制基因(TFL1)的表达量下降。(3)相关分析显示,LFY、FT基因表达量与ZT、ABA含量呈显著正相关关系,与GA3、IAA含量呈显著负相关关系,与可溶性糖含量、淀粉含量和C/N比呈显著正相关关系,与全氮含量呈显著负相关关系,而TFL1基因表达量与LFY、FT基因表达量呈显著负相关关系。研究认为,拉枝处理通过提高成花过程中花芽分化促进类内源激素含量和营养物质含量,上调成花促进基因表达水平,以及这些指标间相互影响共同调控提高‘翠冠’梨成花率。  相似文献   
7.
大豆两个C2H2型转录因子基因序列特征及表达分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
干旱气候已严重影响需水作物大豆的产量,而植物中C2H2型转录因子在应答非生物逆境中起到重要作用,因此充分挖掘优异抗旱大豆种质的基因资源及功能研究,为利用基因工程手段获得抗旱大豆种质奠定理论基础。本研究从大豆叶片中克隆到2个基因,分别命名为GmZAT9-like和GmZAT5-like。序列特征分析表明二者都属于C2H2型转录因子,均包含典型双锌指结构域和EAR保守基序,且氨基酸同源性低于其他物种同源基因。分子进化树分析表明,2个基因分别与拟南芥AtZAT9和ATZAT5基因划分为一类。基于荧光实时定量PCR技术检测到2个基因分别在叶片和根部组织特异性表达。通过半定量RT-PCR和荧光定量PCR分析大豆幼苗在PEG、SA、ABA、NaCl和4℃胁迫处理条件下2个基因的表达模式。结果表明,在PEG和SA胁迫条件下,叶片中GmZAT9-like基因表达在处理后期有升高趋势,而根部GmZAT5-like基因在处理早期受到诱导表达;ABA胁迫条件下,2个基因均在处理初期呈现表达升高趋势而后下降;盐和冷胁迫条件下,叶片中GmZAT9-like基因表达受到抑制,而根部GmZAT5-like基因表达在冷胁迫处理初期呈现升高趋势。因此推测这两个基因与大豆非生物胁迫响应相关。  相似文献   
8.
转移核糖核酸(tRNA)是蛋白质合成的关键接头分子,特异性识别信使RNA(mRNA)的密码子信息,将其接载的氨基酸基团掺入到新生多肽链中。最新研究表明,在很多物种中,在某些特定情况下,tRNA或其前体被特异性剪切产生tRNA来源的小片段RNA(tRNA-derived fragment,tRF)。这类tRF是一类新的基因表达调控因子,其发挥作用的机制多样,如某些tRF以microRNA方式抑制mRNA翻译;某些tRF作为逆转录病毒RNA基因组的逆转录引物;而某些tRF参与了前体rRNA剪切复合物的组装。此外,细胞受胁迫产生的带有多聚鸟苷酸模块的tRF则会竞争性抑制延伸因子elF4G与mRNA的结合,从而抑制蛋白质翻译。随着研究的继续深入,对tRF的发生发展、作用机制以及在疾病中的潜在作用将会进一步丰富。拟从tRF作为新的基因表达调控分子的角度,简要介绍tRF发挥作用的分子机制。  相似文献   
9.
以壳聚糖为原料制备壳聚糖-HCG缓释制剂,进行激素埋植实验,间隔一定时间检测雌和雄鱼性腺发育、血清主要性激素含量和繁殖内分泌相关基因表达特征。结果表明:在埋植壳聚糖-HCG缓释激素后,雌鱼性成熟系数(GSI)、血清睾酮(T)水平、血清雌二醇(E2)水平在6—30d内较对照组效果明显;雄鱼GSI仅在第6天显著高于对照组,血清T水平在第2、第14天高于对照组。血清E2水平在实验期间与对照组无显著差异。RT-PCR结果显示:性腺型P450芳香化酶(CYP19A)在性腺中表达丰富,心脏中最少。雌鱼性腺P450芳香化酶(CYP19A)基因mRNA相对表达量在第2、第6天显著高于对照组,雄鱼在第6天显著高于对照,雌鱼性腺雌激素受体(ERα)基因mRNA相对表达量在14—30d显著高于对照组,雄鱼在第6至第21天显著高于对照组。研究表明,壳聚糖-HCG缓释制剂一次埋植后可在21d内稳定持久地释放激素,对调节鱼类的生殖机能具有良好的促进效果。  相似文献   
10.
GM—CSF基因的表达调节   总被引:3,自引:0,他引:3  
CM-CSF基因的表达调节分转录水平上的调节和转录后水平上的调节。启动子和增强子的保守序列及其结合蛋白质和3′非翻译区的AUUA结构及其结合蛋白质分别构成了转录水平和转录后水平上的主要调节元件。  相似文献   
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