利用基因组标记和机器学习算法对中国牛品种的分类准确性研究

品种分类是畜禽品种遗传资源保护和利用的基础,传统分类方法主要依赖于体型外貌特征判断,但因分类指标不易量化,故难以区分相似度较高的品种。机器学习算法在利用基因组信息进行品种分类方面显示出独特优势。为了探索最适合于中国牛品种的分类方法,本研究使用7个地方品种共213头牛的基因组SNP数据,对比了FST值排序筛选、mRMR、Relief-F三种SNP选择方法和随机森林(Random Forest, RF)、支持向量机(Support Vector Machine, SVM)、朴素贝叶斯(Naive Byes, NB)三种不同机器学习算法对品种分类准确性的影响。结果表明：1)使用FST方法筛选1500个以上SNP,或使用mRMR算法筛选1000个以上SNP,SVM分类算法可以达到99.47%以上的分类准确率;2)分类效果最好的算法是SVM算法,其次是NB算法,而最好的SNP选择方法是FST和mRMR算法,其次是Relief-F;3)品种错误归类情况常出现在相似性较高的品种间。本研究显示机器学习分类模型结合基因组数据是对牛地方品种鉴别的有效方法,为我国牛品种的快速准确分类提供了技术依据。     

日本方头甲生物学、捕食效能和农药选择毒性

日本方头甲(Cybocephalus nipponicus)是盾蚧科害虫的重要天敌。福建沙县一年4-5代,世代重叠。以成虫越冬,平均温度24．8℃,一世代历期47．2天;27．7℃,为32．6天。捕食盾蚧科害虫9种,并具有嗜食矢尖蚧雄虫的习性。一只末龄幼虫日取食矢尖蚧雄虫20-30只。柴油乳剂,松脂合剂和氧化乐果对日本方头甲低毒。     

海藻中有机碘的研究Ⅰ.海藻中有机碘含量测定

采用国际上目前通用的差减法来计算海藻中的有机碘,即首先测定海藻中的总碘和无机碘,其差减值为有机碘.碘的测定采用了碘离子选择电极法和中子活化法作为对照。在此基础上,还测定了新鲜海带中碘的含量、分布以及有机碘和无机碘的比例。研究结果表明,海带中碘的平均含量占鲜重的0.133％,其中88％的碘是以碘离子的形式存在,有机碘只占总碘的12％,同时海带不同部位碘的含量不同,叶部外缘含碘较多,是叶中部的2倍左右,尤其叶尖部的含量达到鲜重的0.183％。而有机碘的含量分布规律则不同,有机碘的含量在靠近根部的位置较高,为鲜重的13.9％。这种分布特点可能与海带的生命活动规律有关。     

绿疣海葵对人工投饵的反应

绿疣海葵对人工投饵的反应韩志泉首都市范大学生物系１０００３７绿疣海葵（Ａｎｔｈｏｐｌｅｎｒａｍｉｄｏｒｉ）是海滨习见腔肠动物,为了观察人工投饵后,其取食与消化特点,我们利用海滨实习的机会,在烟台等一带,作了此项试验,试验分十个组,每组用３０个绿疣海葵...     

瓜氨酸对锯叶裂臀瓢虫成虫取食的干扰作用

【目的】为明确瓜氨酸对锯叶裂臀瓢虫Henosepilachna pusillanima(Mulsant)成虫取食的影响。【方法】本研究设置取食非选择性和取食选择性试验,用南瓜Cucurbita moschata Duchesne制作叶盘,将叶盘喷施20 mmol·L^(-1)和60 mmol·L(-1)和60 mmol·L^(-1)的瓜氨酸后,测定锯叶裂臀瓢虫雄虫和雌虫在24 h内的取食面积,并计算取食选择的百分率,以喷施去离子水的叶盘为对照。【结果】非选择性试验结果表明,不同处理的锯叶裂臀瓢虫雌虫的取食量均显著大于雄虫（P<0.05）。喷施20 mmol·L(-1)的瓜氨酸后,测定锯叶裂臀瓢虫雄虫和雌虫在24 h内的取食面积,并计算取食选择的百分率,以喷施去离子水的叶盘为对照。【结果】非选择性试验结果表明,不同处理的锯叶裂臀瓢虫雌虫的取食量均显著大于雄虫（P<0.05）。喷施20 mmol·L^(-1)和60 mmol·L(-1)和60 mmol·L^(-1)的瓜氨酸后,对雄虫和雌虫的取食具有显著的抑制作用（P<0.05）。喷施20 mmol·L(-1)的瓜氨酸后,对雄虫和雌虫的取食具有显著的抑制作用（P<0.05）。喷施20 mmol·L^(-1)和60 mmol·L(-1)和60 mmol·L^(-1)的瓜氨酸后雄虫的取食面积比对照（5.32 cm(-1)的瓜氨酸后雄虫的取食面积比对照（5.32 cm²）分别减少36.88%和49.33%,雌虫的取食面积则比对照（7.60 cm2）分别减少36.88%和49.33%,雌虫的取食面积则比对照（7.60 cm²）分别减少42.08%和53.36%。但雄虫和雌虫的取食量在两个瓜氨酸处理之间都没有显著差异。在选择性试验中,雄虫和雌虫明显偏好于取食对照叶盘。【结论】瓜氨酸对锯叶裂臀瓢虫成虫的取食具有抑制作用,这为该虫划圈行为机制的研究提供了新的思路和证据。     

Affinity chromatography—dependent selection （ACDS） of genomic DNA fragments bound specifically to bacterial synthesized Myc／Myn proteins

This paper describes an approach to seek for mouse c-Myc/Myn proteins-bound specific sequences among genomic DNA.cDNA fragment of myn gene was obtained through RT-PCR technique from RNA of NIH3T3 cells.DNA fragments encoding BR/HLH/LZ structure of Myc and Myn proteins were cloned in frame into pGEX-2T vector respectively.Fusion GST-Myc and GST-Myn synthesized in E.coli hosts showed affinity to CACGTG E-box DNA and subsequently interacted with genomic fragments prepared through whole-genome-PCR.A PCR-assisted procedure which combines protein-DNA interaction and affinity chromatography was designed to enrich Myc/Myn bound DNA.At least two genomic DNA fragments obtained exhibit specifical binding capacity to Myc/Myn complex but not to GST alone.Significance of the work and of the technique itself as well asidentification of the DNAs are discussed.     

西南桦速生单株选择

采用方差分析、遗传参数分析和聚类分析方法,在福建省华安县引种实验林进行西南桦(Betula alnoides Buch.-Ham.ex D. Don)速生单株选择,从25个种源中筛选出8个优良种源,树高平均遗传增益为10.4%.对8个种源中69个家系进行聚类分析,选择出13个速生家系,树高的平均遗传增益为29.4%.运用K快速聚类法从95个单株中筛选出14株速生单株,其遗传增益为118.01%,增产效果显著,在闽南一带可用作无性繁殖材料,以加速西南桦引种造林良种化进程.     

RNA干扰技术在植物线虫基因功能研究及虫害防治方面的应用

RNA干扰（RNA interference,RNAi）是双链RNA（double—stranded RNA,dsRNA）介导的同源mRNA特异降解的过程,具有高效性、非绝对特异性和表型可遗传性。其在遗传育种、基因功能研究、药物研发等各方面具有广泛的运用前景。近年已应用到植物线虫基因功能的研究中。随着对植物线虫基因组及基因功能研究的不断深入。RNAi技术在植物线虫防治方面的研究也取得了很大进展。