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1.
生物信息学方法预测蛋白质相互作用网络中的功能模块   总被引:1,自引:0,他引:1  
蛋白质相互作用是大多数生命过程的基础。随着高通量实验技术和计算机预测方法的发展,在各种生物中已获得了数目十分庞大的蛋白质相互作用数据,如何从中提取出具有生物学意义的数据是一项艰巨的挑战。从蛋白质相互作用数据出发获得相互作用网络进而预测出其中的功能模块,对于蛋白质功能预测、揭示各种生化反应过程的分子机理都有着极大的帮助。我们分类概括了用生物信息学预测蛋白质相互作用功能模块的方法,以及对这些方法的评价,并介绍了蛋白质相互作用网络比较的一些方法。  相似文献   
2.
随着农作物种质资源数量的不断增加,种质资源交流的日益频繁以及种质资源利用的逐步深入,农作物种质资源数据库的建设对农作物的应用研究和基础性研究至关重要。上海市农业生物基因中心借助于本中心保存的近21万份种质资源的信息,开发了一套上海农作物种质资源数据库,本文主要阐述了该数据库设计和构建的目的、原则和数据库的架构、运行环境以及主要功能模块。上海农作物种质资源数据库采用了B/S结构,平台系统利用多层逻辑架构实现了对农作物种质资源数据信息的收集、存储、查询、统计分析等功能。外部用户通过浏览器即可访问平台系统,浏览查询种质资源信息。内部管理员可使用平台的受限功能,需要认证成功后才可使用后台管理功能,实现对整个平台数据的管理。注册用户还可通过基因资源数据库提交引种申请,管理员结合管理信息系统实现对外供种全流程的网络化,借此可提高工作效率,增加工作流程的透明度。  相似文献   
3.
脑血管疾病是严重危害人类健康的常见病。大量实验及临床研究表明.许多患者在发病前期.其循环动力学状态已有显著变化,因此为了适应于临床检测和大规模人群普查,有必要编制一套基于Win95/Win98平台上的专用软件,用于实时检测与分析脑血管动力学参数,使它成为早期诊断有价值的指标。本文描述了该软件的流程和各模块的功能,有关临床实际应用将在后续文章中叙述。  相似文献   
4.
7-脱氢胆甾醇合成功能模块与底盘细胞的适配性   总被引:1,自引:0,他引:1  
利用合成生物技术生产7-脱氢胆甾醇的挑战性在于获得合成功能模块与底盘细胞的适配关系。从更换不同调控强度的启动子和不同改造的酵母底盘两方面,对二者的适配性进行研究,以增加7-脱氢胆甾醇产量:过表达酵母固醇合成途径中的内源基因tHMGR和ERG1,敲除非必需基因ERG6和ERG5以抑制酵母固醇向麦角固醇的转化,得到改造后的酵母底盘SyBE_000956;利用由强到弱依次为TDH3p、PGK1p和TDH1p的启动子,引入人源C-24还原酶基因DHCR24,构建3种强度的外源功能模块,并分别导入3种底盘中,得到9种人工合成细胞。结果表明,TDH3p调控的功能模块与底盘细胞SyBE_000956具备较好的适配性,实现7-脱氢胆甾醇产量的提高。为后续的适配性研究提供了理性设计的依据。  相似文献   
5.
《生命科学研究》2019,(5):384-392
精神分裂症(schizophrenia, SCZ)是一种影响人类生命健康和生存质量的复杂性精神疾病,其遗传机制涉及多个生物分子的相互作用。本研究从分子水平挖掘与SCZ相关的功能模块,可为SCZ的基础研究提供新思路。首先,通过蛋白质-蛋白质互作知识引导扩展SCZ风险基因,构建SCZ特异性基因网络;随后,利用Newman分解算法挖掘功能模块,并通过拓扑学分析及泊松分布检验确定每个功能模块的拓扑属性和核心基因;最后,对功能模块进行功能学分析,根据富集到的通路类别评估功能模块之间的相互作用。结果显示,共提取了14个功能模块,均具备无标度网络性质。对所得功能模块进行拓扑学分析,共挖掘出102个核心基因,包括已知与精神分裂症相关的基因(例如EGFR、HAX1、IL1R1、RALGDS等)和尚未有相关报道的基因(例如SVIL、DNAJA1、RABAC1、STX6等)。通过富集分析发现这些功能模块参与多条生物学通路,包括细胞凋亡、ErbB信号通路、细胞周期、磷脂酶D信号通路、PI3K-Akt信号通路等。功能模块分析显示,大部分功能模块不是单独发挥作用的,它们共同影响SCZ的发生发展,具有共享的发病机制。  相似文献   
6.
酿酒酵母(以下简称酵母)是人类最熟悉的安全、友好真核单细胞微生物,也是非常重要的工业微生物底盘,几千年来为人类所利用。传统意义上,酵母用于制造面包和馒头、酿造啤酒等饮料。随着生命科学与技术进步,20世纪80年代以来,  相似文献   
7.
对枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)转录调控网络的全局连接性质进行分析之后,基于一种自上而下的思路,将重点放在最大弱连通体,提出了基于距离的分解方法,并对得出的模块进行了明确的生物学功能定义。研究结果表明基于距离的分解方法对于标识转录调控网络中的生物学功能模块十分有效.  相似文献   
8.
由基因芯片检测正常大鼠、模型大鼠和服用安佳欣胶囊进行治疗后的大鼠各8例的基因表达谱,在正常组和模型组之间,筛选得到207个差异表达基因和25个差异表达基因功能模块,在模型组和给药组之间,筛选得到860个差异表达基因和24个差异表达基因功能模块。比较两次结果,得到信号传导通路、蛋白质转运等价相同的功能模块,预测此功能模块可能为安佳欣胶囊发挥抗抑郁作用的一部分靶点。在这9个模块中寻找在模型组出现差异表达而在给药组表达趋于正常水平的基因,从基因水平分析药物的治疗机制。  相似文献   
9.
蔡娟  王建新  李敏  陈钢 《生物信息学》2011,9(3):185-188
生物网络中的聚类分析是功能模块识别及蛋白质功能预测的重要方法,聚类结果的可视化对于快速有效地分析生物网络结构也具有重要作用。通过分析生物网络显示和分析平台Cytoscape的架构,设计了一个使用方便的聚类分析和显示插件ClusterViz。这是一个可扩展的聚类算法的集成平台,可以不断增加其中的聚类算法,并对不同算法的结果进行比较分析,目前已实现了三种典型的算法实例。该插件能够成为蛋白质相互作用网络机理研究的一个有效工具。  相似文献   
10.
姚晨  张敏  邹金凤  李红东  王栋  朱晶  郭政 《中国科学C辑》2009,39(11):1092-1096
在应用基因芯片技术研究包括癌症在内的多因素疾病时, 筛选差异表达基因是最重要的问题之一. 然而, 目前基因芯片研究的样本量较小, 不能完全反映在癌症中广泛的基因表达改变的特点, 导致基于统计学方法筛选的差异表达基因在不同的研究中的重复性很低. 本文通过分析7套癌症数据, 发现每种癌症中都有大范围的功能模块发生了基因表达的改变, 因此这些模块有很强的疾病识别能力. 其中7个功能模块能够有效识别多种癌症的疾病样本, 提示在不同癌症的发生与发展过程中存在着共同的基因表达改变机制. 因此, 功能模块可以作为疾病的功能性的标记来取代在基因芯片应用中难以重复发现的单个基因, 用于研究癌症的核心机制和建立更稳定的诊断分类器.  相似文献   
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