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1.
喉癌相关基因LCRG1的克隆和表达分析   总被引:11,自引:0,他引:11  
喉癌是严重危害人类健康的一类恶性肿瘤。选用在mRNA差异显示研究中获得的在喉癌组织中表达显著下调且代表新基因的EST之一(AF10056),设计引物进行cDNA文库筛选,得到一全长为3448bp的cDNA序列,其开放读码框编码288个氨基酸,与已知蛋白质无明显同源性,属一新发现的基因,GenBank接受号为AF268387。与GenBank数据库匹配分析,发现该基因包含6个外子,基因组RT-PCR显示有40%(12/30)的喉癌组织表达下调,RT-PCR显示有54.5%(6/11)其他肿瘤细胞系表达缺失。把该基因命名为喉癌相关基因(laryngeal carcinoma related gene1,LCRG1)。这提示LCRG1可能与喉癌的发生发展相关。  相似文献
2.
水稻C2H2型锌指蛋白基因RZF71的克隆与表达分析   总被引:9,自引:3,他引:6       下载免费PDF全文
郭书巧  黄骥  江燕  张红生 《遗传》2007,29(5):607-613
利用生物信息学和RT-PCR方法从水稻幼苗组织中分离了1个新的C2H2型锌指蛋白基因RZF71, 该基因编码一条250个氨基酸残基的多肽, 含有两个典型的C2H2型锌指结构。半定量RT-PCR分析表明: RZF71在根、茎、叶和幼穗中呈组成性表达, 在根中的表达丰度略高; 在高盐和PEG6000胁迫的水稻幼苗组织中, RZF71的表达显著增强, 但低温和ABA处理对该基因的表达量影响不大。农杆菌介导的洋葱表皮细胞GFP瞬时表达实验表明: RZF71定位于细胞核内。讨论了RZF71可能作为一个转录调控因子在水稻耐高盐和渗透胁迫中的作用。  相似文献
3.
基因芯片分析技术(一)   总被引:8,自引:0,他引:8  
基因芯片技术是近年发展真情为的一项新技术。文中较详细地阐述了基因芯片的要领种类、操作过程和应用。  相似文献
4.
 在染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失 (lossofheterozygosity,LOH)高频区 ,应用EST介导的定位 侯选克隆策略 ,用RT PCR及Northern杂交检测了 2 2个表达序列标记 (expressedsequencetag ,EST)在鼻咽癌细胞株HNE1和原代培养的正常鼻咽上皮细胞中的表达差异 ,并对其中一个在鼻咽癌细胞株HNE1中表达下调的EST检测了在鼻咽癌活检组织中的表达 .用生物信息学方法获得其全长cDNA序列 ,GenBank登录号AF2 2 2 0 4 3.该基因cDNA全长 2 70 1bp ,其开放阅读框 (openreadingframe ,ORF)编码一个含 50 2个氨基酸、分子量为 55kD的碱性蛋白质 ,在蛋白羧基端含有 2个连续的重要UBA功能域 (ubiquitinassociateddomain) ,属于遍在蛋白相关蛋白家族的一个新成员 ,经国际人类基因命名委员会同意 ,将其命名为UBAP1 (ubiquitinassociatedprotein 1 ) .Northern表达分析显示UBAP1在所检测的人组织中广泛表达 ,但在人的心脏、骨骼肌及肝脏中的表达较强 .UBAP1基因在63 2 % ( 1 2 1 9)的鼻咽癌活检组织中表达下调 .UBAP1基因作为一个遍在蛋白相关蛋白家族的新成员 ,结合其在 9p的重要定位信息 ,有必要进一步研究其表达下调参与鼻咽癌发生发展的可能机制 .  相似文献
5.
柑橘果糖激酶基因的克隆及表达   总被引:8,自引:0,他引:8  
植物果糖激酶(FRK)在果糖磷酸化中起重要作用。通过PCR技术从温州蜜柑(Citrus unshiu Marc.)基因组中扩增得到编码果糖激酶基因的2个基因组DNA片段,分别命名为Cufrk1、Cufrk2,利用RT-PCR从果实中分离到了与Cufrk1外显子序列一致的cDNA序列,并通过RACE技术分离到这个基因的全长cDNA序列,命名为CuFRK1(GenBank号: AY561840)。Cufrk1与Cufrk2编码氨基酸序列相似性为68%。CuFRK1 cDNA全长为1 459 bp,5'端和3'端的非翻译区分别为167 bp和239 bp,该序列含有一个完整的开放读码框,编码350个氨基酸,蛋白质分子量约为37.5 kD,等电点为5.03,含有2个果糖激酶糖特异结合域及3个ATP结合域,其氨基酸序列与其他植物中已分离的果糖激酶基因相似性在62% ̄78%。Northern分析显示,CuFRK1(Cufrk1)与Cufrk2在柑橘幼叶、发育初期果实中表达量较高,在果皮和茎中不表达,在花瓣及成熟果实中表达模式有一定差异。酶活性分析表明,果实中的果糖激酶活性随果实的发育而降低,同时,果实中的果糖不断积累,在果实整个发育过程中果糖含量与果糖激酶活性呈极显著负相关。  相似文献
6.
根据已发表的几种藜科植物甜菜碱醛脱氢酶(BADH)基因的同源保守区设计了一对引物,采用RT-PCR方法从盐生植物盐爪爪(Kalidium foliatum)中扩增出BADH基因的1个开放阅读框架,其核苷酸序列长1503bp,推测的氨基酸序列全长为500个氨基酸残基。核苷酸序列与藜科几种盐生植物如滨藜、碱蓬、菠菜、山菠菜和甜菜等的同源性为81%,与甜土植物水稻的同源性为69%。氨基酸序列与以上两类植物(盐生植物和甜土植物)的同源性比对为80%和71%,说明BADH基因在藜科盐生植物中是一种较高保守的基因。BADH基因编码的多肽在高等植物中行使重要的功能。用不同浓度的NaCl胁迫处理盐爪爪植株,BADHmRNA的表达水平比对照植株高,说明盐爪爪BADH基因的表达受盐诱导,间接说明甜菜碱醛脱氢酶催化合成的甜菜碱作为渗透调节的小分子物质,它的积累与盐胁迫存在紧密关联,本研究为进一步从生理和分子水平阐明盐爪爪的耐盐机制提供一定的参考。  相似文献
7.
促性腺激素释放激素(GnRH)是一个保守的神经十肽家族, 在调节脊椎动物的性腺发育和控制性成熟中起至关重要的作用. 用RACE和RT-PCR方法, 从鲤鱼脑组织克隆得到两个差异的cGnRH-Ⅱ cDNAs序列, 其长度分别为622, 578 bp. 两个cDNA编码的cGnRH-Ⅱ前体均为86个氨基酸, 包括一个信号肽、cGnRH-Ⅱ十肽和一个由蛋白水解位点(Gly-Lys-Arg)连接的GnRH相关肽. 内含子捕获和Southern杂交证实鲤鱼基因组中有两个cGnRH-Ⅱ编码基因, 且两个基因都可能以单拷贝形式存在. 鲤鱼cGnRH-Ⅱ的多基因编码现象为“基因复制”理论提供了新的证据. 采用半定量的RT-PCR分析了两个cGnRH-Ⅱ基因在鲤鱼成熟个体的脑区、垂体和性腺中的表达及相对表达水平. 表达分析结果表明, 脑区、垂体和性腺都能检测到cGnRH-Ⅱ基因的表达, 但cGnRH-Ⅱ基因在卵巢没有表达是例外, 而表达水平在不同的脑区、垂体和性腺存在差异. 根据两个cGnRH-Ⅱ基因的广泛表达特性, 推测鲤鱼cGnRH-Ⅱ的功能可能主要起神经递质或神经调节剂作用, 同时对促进和调控促性腺激素释放起一定作用, 而在垂体和性腺合成的cGnRH-Ⅱ可能起自分泌和旁分泌调节因子的作用.  相似文献
8.
鲤鱼sGnRH基因克隆及其在成熟个体的表达分析   总被引:5,自引:0,他引:5  
采用RACE方法,从鲤鱼脑组织克隆了两个差异的sGnRH(salmon GnRH[Trp^7Leu^8]GnRH)cDNAs,即cDNA1和cDNA2,其长度分别为393和478bp。两个cDNAs都包括一个285bp开放阅读框,编码的sGnRH前体为94个氨基酸残基,由一个信号肽、sGnRH十肽和一个由蛋白水解位点(Gly-Lys-Arg)连接的促性腺激素释放激素相关肽共3部分组成。用内含子捕获得到相应的两个差异sGnRH基因,即sGnRH genel和gene2,其基本结构都包括4个外显子和3个内含子,3个内含子的核苷酸相似性分别为71.1%、76.1%和88.0%。鲤鱼sGnRH cDNAs及基因的基本结构和编码特点与已报道的不同形式GnRH cDNAs和GnRH基因相似,由此推测所有类型的GnRH可能来自一个共同的祖分子。Southern杂交进一步证实鲤鱼基因组存在两个不同的sGnRH基因座位。相对定量RT-PCR检测发现,两个sGnRH基因除在精巢的表达存在差异外,在脑区、垂体和成熟卵巢共表达。其中两个sGnRH基因在端脑和下丘脑的表达水平明显高于后脑区。根据sGnRH mRNAs在多个脑区、性腺和垂体的共存推测,sGnRH可能对鲤鱼下丘脑-垂体-性腺轴的调节有至关重要作用,同时可能起神经调节剂或自分泌和旁分泌调节因子的作用。  相似文献
9.
草莓APETALA2同源基因的克隆及表达分析   总被引:5,自引:1,他引:4  
利用同源克隆方法首次从草莓花芽cDNA中分离出APETALA2同源基因SAP2。SAP2全长182bp,编码435个氨基酸。序列分析表明,SAP2具有AP2家族典型的结构域。采用RT-PCR方法分析SAP2在不同组织中的表达情况,结果显示SAP2在草莓营养组织、花芽以及不同花器官中均有表达,与拟南芥AP2、矮牵牛PhAP2A的表达模式一致。以上结果说明SAP2是草莓的AP2同源基因。  相似文献
10.
茶树冷诱导基因RAV的克隆与表达特性分析   总被引:5,自引:0,他引:5  
对利用cDNA-AFLP技术所获得的茶树低温诱导差异表达片段TDF,通过RACE方法获得含完整编码区序列的茶树RAV基因cDNA克隆,其开放阅读框编码361个氨基酸,包含两个保守的结构域AP2和B3,与多种植物RAV蛋白具有高度同源性。qRT-PCR分析表明,茶树RAV基因受低温、乙烯、NaCl等上调表达,最大表达量分别是诱导前的5.8、10.0和1.9倍。在成熟叶片、芽、嫩茎中RAV基因表达量相近,花蕾和嫩根中表达较低,而在种子中不表达。推测该基因在组织中的表达受到严格控制以及在响应非生物胁迫中发挥重要作用。  相似文献
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