双重实时荧光PCR法检测食品和饲料中的鸡源性成分

根据鸡线粒体DNA细胞色素b基因序列和内参照基因PUC18质粒基因序列设计特异性引物和以不同荧光素标记的TaqMan探针。通过对反应条件的优化筛选,建立能同时扩增鸡源性成分和内参照基因成分的双重实时荧光PCR检测方法。设置内参照反应是为了监控反应体系中是否含有PCR反应的抑制物,避免出现假阴性结果。分别以鸡、鸭、鹅、火鸡、牛、羊、猪、鱼、兔、驴、鹿、狗、马、鸽子、大豆、玉米、小麦、大米、马铃薯及番茄的线粒体DNA作为模板进行特异性试验,结果表明该方法仅能特异性扩增鸡源性成分,而对其它物种未见有效扩增。通过灵敏度测试,该方法检出限达0.01%。所制定的方法特异性高,灵敏度好,可以作为食品和饲料中鸡源性成分的高效检测方法。     

基于Cyt b基因探讨羚羊亚科原羚属系统发生关系

原羚属物种在羚羊亚科中的分类地位尚存在很多争议。本文测定了原羚属的黄羊和藏原羚细胞色素b基因全序列(1140bp)，并与牛科其它属31个种的同源序列进行比较，对其碱基组成变异情况及核苷酸序列差异进行了分析。基于细胞色素b基因全序列，用简约法(MP)、邻接法(NJ)和似然法(ML)构建了系统进化树。结果表明：黄羊和藏原羚的序列差异为3．78％，颠换数目近乎为0，其突变远未饱和；原羚属内黄羊和藏原羚为不同种，单系发生；原羚属与赛加羚羊属、犬羚属及跳羚属等并系发生，原羚属隶属于羚羊亚科，应为独立属；羚羊亚科组成属间多为并系起源。根据序列差异值2％／百万年的细胞色素6分子钟，推测黄羊和藏原羚分歧时间大约为1～2百万年；原羚属与羚羊亚科其它属分歧时间大约在5．7～8百万年。     

DNA顺序的dd×TP链终止法测定

用Messing的M13克隆系统和sanger的ddxTP链终止法，测定了酵母线粒体DNA片段的核苷酸顺序。为了提高在一张x光胶片上的阅读水平，作者对sanger法的某些操作进行了适当修正。通过降低ddxTP／dxTP的用量比率、多次加样以及合理掌握两次加样的间隔时间和电泳结束时间、ss—DNA模板的筛选等措施，在一张17×80cm的x光胶片上的阅读水平达到394bp，从而测出了酵母线粒体DNA细胞色素b基因的一个大片段为709bp。     

突尼斯两种麦瘿蚊的遗传变异和相关性分析

小麦黑森瘿蚊Mayetiola destructor Say和大麦茎干瘿蚊M. hordei Kieffer是在突尼斯每年都可导致谷物重大损失的两个植食性姊妹种。通常认为为害小麦的瘿蚊是小麦黑森瘿蚊，但是不同谷类物种（小麦或大麦）与麦瘿蚊的这两个种（ destructor 或 hordei ）之间寄主关系并不很严格。提出有效的害虫管理方案首先要求对瘿蚊基因型进行精确分析。本研究应用随机扩增多态DNA（RAPD）技术，结合交配分析和线粒体DNA分型技术，对位于突尼斯北部的一个为害小麦的麦瘿蚊种群的遗传变异程度和分类关联性进行了评估。基于RAPD结果的系统发育分析表明，所研究的种群具有较大的遗传变异范围，这可能源于被分析的小麦样品有被两种瘿蚊共同侵害的复杂背景。虽然交配分析表明有少数不能成功产卵(2/14)，但是基于细胞色素b基因限制性酶切分析显示全部样品的线粒体分型均属M. destructor。本文结果进一步证明以RAPD可变性作为分类推断依据不可靠，还为突尼斯M. destructor和M. hordei属于异域分布的观点提供了补充证据。     

北部湾涠洲岛水域发现上颌和须板异常的布氏鲸：对保护的启示

2018年初以来，北部湾涠洲岛附近出现了布氏鲸（Balaenoptera edeni）的活动。一头上颌与须板异常的小布氏鲸个体引发热议，其视频在网络上广泛流传。我们在船只调查时，目击该个体10次，其以单独活动为主（90%），主要出现在涠洲岛到斜阳岛之间的水域，最小凸多边形家域面积为14km2，核心家域面积为166.9km²。然而，在 2019年3月30日我们发现该个体已死亡漂浮在海面，根据尸体腐烂状况来推测，该个体的死亡时间大约为3~5日，死亡原因不明。根据照片和现场解剖分析，推测该小布氏鲸的上颌和鲸须异常可能是被渔网或绳索缠绕导致的。由于无法从外形上确认属于哪一个亚种，因此我们测定了该个体的线粒体DNA D-loop（mitochondrial DNA, mtDNA）和细胞色素b（cytochrome b, Cyt b）基因，分别得到909bp和395bp的序列，经比对和系统发育重建，发现该个体属于近岸分布的小布氏鲸亚种（Eden’s whale, B. e. edeni）。由于小布氏鲸具有一定季节迁移特性，我们无法判断造成其上颌伤害的渔网或绳索是否在中国水域。尽管如此，仍然建议当地部门应加强宣传，减少渔网等海洋垃圾的丢弃和排放，为小布氏鲸营造一个安全的栖息环境。     

大林姬鼠两亚种线粒体DNA细胞色素b基因和控制区的序列多样性

为了研究大林姬鼠两亚种(韩国的指名亚种及中国东北和内蒙古地区的东北亚种)线粒体DNA的变异程度并确定朝鲜亚种的分类地位,我们分别将来自韩国和中国东北长白山地区的两亚种的线粒体DNA的细胞色素b基因和控制区进行了测序分析.我们将测序所得到细胞色素b基因序列与来自基因库的大林姬鼠5个亚种的相应的单倍型进行了分析,结果显示大林姬鼠可分为4个类群[类群1:韩国大林姬鼠指名亚种;类群2:中国长白山和内蒙古地区的东北亚种、俄罗斯外加贝尔的majuculus亚种;类群3:中国长春的东北亚种、俄罗斯Pri-morye(俄罗斯远东地区)rufulus亚种、俄罗斯库页岛(俄罗斯远东地区)和日本北海道地区的giliacus亚种;类群4:中国黑龙江海林地区的东北亚种].线粒体的控制区序列分析显示韩国指名亚种也不同于中国东北地区的东北亚种.本研究的类群1,2和3与Serizawa et al.(2002)的研究的K、S和R的分支相对应.这表明韩国指名亚种(类群1和分支K)的线粒体DNA与其他类群不同.另外,我们还发现在细胞色素b基因构建的系统树中,东北亚种可以与类群2(分支S)及类群3(分支R的不同亚种聚合在一起.我们认为线粒体DNA的母性遗传与两个相邻亚种的个体之间的种内杂交造成了基于细胞色素b序列对东北亚种的聚类分析结果与基于形态学特征的分类结果的不一致.因此,我们提出对这些显示出核苷酸序列多样性的东北亚种不能只用细胞色素b的数据进行亚种分类,还应该结合形态学和核DNA特征进行进一步分析.最后,我们还发现韩国的指名亚种的细胞色素b序列在平均距离16.93%的基础上不同于来自基因库的A.speciosus.Jones and Johnson(1965)指出了韩国的大林姬鼠在形态上的区别,所以我们认为韩国的大林姬鼠指名亚种A.p peninsulae是一种具有形态和遗传特异性的地方亚种.     

基于Cytb和COⅠ基因的猎隼分子鉴定

通过与从GenBank中下载的8种隼属鸟类的Cytb和COⅠ部分序列进行同源比对,并以最大简约法(MP)和贝叶斯推断法(BI)构建系统树,对1只涉案的隼科鸟类进行了分子鉴定。结果表明:样品与猎隼Cytb和COⅠ的序列同源性最高,分别为98.91%～99.41%和99.67%～100%,样品与猎隼Cytb和COⅠ序列的遗传距离最小,分别为0.003～0.007和0.000～0.003;同时,样品和猎隼在两种系统树上都始终聚在一起。由此可推断该样品为猎隼,为2010年5月四川省丹巴县森林公安局受理的非法盗猎和贩运隼形目鸟类一案的审理提供了有力的证据。     

基于线粒体Cyt b基因的雉鸡甘肃亚种的种群遗传结构

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序法分析雉鸡甘肃亚种的种群遗传结构。测序获得了8个种群79个样本的长819bp的线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列,发现7个变异位点,界定了6种单倍型(Haplotype),其中Hap-1是共享单倍型,占79.75%。在8个种群中,除ZJC和CHX种群外,其它种群的核苷酸多样性和单倍型多样性都很低,种群间遗传分化小,基因流大。ZJC种群由于亚种间的基因渗透,导致其遗传多样性最高。CHX种群受徽成盆地周边山地的森林隔离作用,单倍型最多。分子方差分析(AMOVA)表明,遗传变异主要发生在种群内,占86.44%。种群间和地理种群组间差异不显著。地理种群组的核苷酸多样性(π)同形态上的变异规律一致。FS值检测表明,雉鸡甘肃亚种曾发生过快速扩张。     

斑纹薄鳅(Leptobotia zebra)应该为斑纹沙鳅(Sinibotia zebra)

斑纹薄鳅(Leptobotia zebra)最初是由Wu(1939)描述的一个新种,当时定名为斑纹沙鳅(Botia zebra),后来Chen(1980)根据眼下刺不分叉将其改归为薄鳅属的物种。本研究通过对线粒体DNA细胞色素b基因序列的测定和分析,发现斑纹薄鳅和薄鳅属(除斑纹薄鳅)物种间的平均遗传距离为0.177,和中华沙鳅属物种美丽沙鳅(Sinibotia pulcher)的平均遗传距离仅为0.057。系统发育分析发现斑纹薄鳅并未和薄鳅属的物种聚在一起,而是和中华沙鳅属物种美丽沙鳅聚在一起形成姐妹群。进一步对斑纹薄鳅进行形态学特征检视,发现该物种具有颊部裸露无鳞、颏部具一对纽状突起等中华沙鳅属鱼类的特征,但又具有眼下刺简单不分叉的薄鳅属鱼类的特征。结合分子数据分析的结果,将斑纹薄鳅订正为中华沙鳅属的物种,其命名为斑纹沙鳅(Sinibotia zebra)。另外,对沙鳅科鱼类属的划分标准及形态特征的演化也进行了讨论。     

中华鳖太湖养殖种群和日本引进种群线粒体DNA Cyt b基因片段序列分析及分子进化初探

对中华鳖太湖养殖种群和日本引进种群共38个个体的线粒体DNA细胞色素b基因中间部分序列进行测定,比较其同源性,计算碱基组成,并用乌龟为外群构建不同单倍型的UPGMA和NJ分子系统树.在获得的408bp的序列中,A T约占58.8%,其中15个核苷酸位点存在变异(约占3.7%).两种群共有6种单倍型(haplotype),其中太湖养殖种群有4种单倍型,日本引进种群有2种单倍型.由系统树显示,中华鳖太湖种群的4种单倍型聚合成一大支,日本引进种群的2种单倍型以很高的置信度(99%)聚成一支.两种群序列上的差异,可以成为种群鉴别的分子标记.