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1.
水稻14-3-3蛋白家族的生物信息学分析   总被引:12,自引:0,他引:12  
金谷雷  汪旭升  朱军 《遗传学报》2005,32(7):726-732
通过隐马尔柯夫模型(Hidden Markov Model,HMM),对粳稻(Oryza sativa L.ssp.japonica)基因组的蛋白质数据库进行搜索,结果获得8个14—3—3蛋白的同源序列,其中发现4个新基因。通过对所有粳稻的14—3—3蛋白的DNA序列与各种表达序列标签(Expression Sequence Tags,ESTs)进一步比对,为14-3-3蛋白找到了ESTs的证据。结果说明这些基因在水稻不同的处理和不同的部位都有所表达,而且不同成员之间的表达模式存在较大的差异。蛋白质多序列联配分析结果表明,存在可能的功能多态位点。通过基因结构和染色体定位的分析,确认了水稻基因组中存在E样和非E样两类14-3-3蛋白。此外,对目前植物中的14—3—3家族作了初步的进化分析。  相似文献
2.
克隆家蝇幼虫抗菌肽Cecropin -His 6融合基因 ,构建其真核表达载体 ,为更深入的抗菌肽活性研究及制备新型肽类抗生素创造条件。该文从家蝇幼虫组织中提取总RNA ,RT -PCR扩增编码Cecropin开放阅读框cDNA序列 ,将其克隆至pUCm -T载体进行序列测定 ;然后用含 6×His标签序列的下游引物克隆Cecropin -His 6融合基因 ,并将其构建于真核表达载体pcDNA3.1( )中 ;同时应用生物信息学对融合基因的理化性质和二级结构进行预测分析。结果表明 ,RT -PCR扩增得到约 2 30bp的目的cDNA片段 ,与Genebank中报道的家蝇CecropincDNA序列存在一个无义变异差异 (Lys:AAG→AAA) ;6×His标签成功融合到Cecropin的C端。Cecropin -His 6融合基因的克隆和真核表达载体的成功构建 ,为进一步制备抗耐药菌的肽类抗生素奠定了基础。  相似文献
3.
 为探讨人高亲和力钠离子依赖性二羧酸转运蛋白 (humanhigh affinitysodium dependentdicar boxylatetransporter,hSDCT2orhNaDC3 )基因在人体内的生理功能及其与疾病的关系 ,借助生物信息学成功地从人肾中克隆了hSDCT2基因 (GenBank接收号 :AY0 72 810 ) .首先将大鼠SDCT2cDNA与人EST数据库进行同源性比较 ,获得具有高度同源性EST片段并用DNAstar软件将它们拼接成EST重叠群 .在重叠群上设计PCR引物从人肾总RNA中用RT PCR扩增出hSDCT2基因并测序 ,然后用软件对其结构特性、组织分布及基因定位进行分析 .序列测定结果显示 ,hSDCT2开放阅读框为180 9bp ,共编码 6 0 2个氨基酸 .蛋白同源性分析表明 ,其氨基酸序列与大鼠及小鼠SDCT2分别有85 %和 87%相同 .二级结构分析显示 ,该蛋白有 12个跨膜螺旋区 .Northern分析显示 ,该基因可在肾、肝、脑、胎盘等多种组织中表达 ,并定位于 2 0号染色体的q12~q13 1  相似文献
4.
WLL-1株博卡病毒(Bocavirus)全基因组序列分析   总被引:7,自引:1,他引:6  
儿童下呼吸道感染已成为当前儿科发病率最高的一种疾病,而病毒是小儿下呼吸道感染的重要原因。临床上有相当比例的小儿下呼吸道感染病因未能作出明确的实验室诊断,给临床诊断与治疗带来了较大的困难。小儿下呼吸道感染可以由不同病毒引起,其中包括呼吸道合胞病毒、流感病毒、腺  相似文献
5.
从UniGene库中选取编号为BG2 2 2 62 4来自人鼻咽组织的表达序列标签 (EST )序列 ,联网到NCBI调用Blast服务器分析 ,发现该EST序列是一个代表新基因的未知序列 .利用Blast检索GenBank的nr数据库和EST数据库 ,构建EST重叠群 ,联网到NCBI的ORFfinder服务器 ,分析发现该EST重叠群具有完整的阅读框架 .分别在cDNA序列阅读框架的起始密码子和终止密码子的两侧设计引物 ,以人胎脑cDNA文库为模板 ,进行PCR扩增 ,测序确定该基因的cDNA全长序列 .该基因cDNA序列全长为 1672bp ,阅读框架位于第 3 0 4~ 1557位之间 ,编码由 417个氨基酸组成 ,分子质量为 46 58ku的蛋白质 ,其理论 pI为 4 2 1.将蛋白质序列通过NCBI的Blast服务器进行序列相似性分析 ,发现该基因编码的蛋白质和成年小鼠视网膜未知蛋白 (BAB3 2 2 14 )同源 .经与国际人类基因组命名委员会协商定名为成人视网膜假定蛋白 (adultretinahypotheticalprotein ,ARHP) ,GenBank登录号为AY174896.生物信息学分析表明 ,该蛋白质可能为一参与转录调控的核蛋白 .ARHP基因定位在染色体 5q3 5,跨越 3 5163bp ,含 4个外显子和 3个内含子 .在基因的 5′非翻译区有 2个CpG岛  相似文献
6.
AP2/ERF转录因子家族广泛存在于植物中,参与植物细胞周期、生长发育以及生物和非晌镄财认喙鼗虮泶锏骺?本文利用油菜UniGene数据库.以拟南芥AP2/ERF-B3亚族转录因子保守序列为信息探针,分离得到2个油菜AP2/ERF-B3亚族的转录因子BnaERFB3-1和BnaERFB3-2.通过PCR和RT-PCR方法分别从双低甘蓝型油菜沪油15的DNA和cDNA中克隆了上述基因.序列分析显示.克隆的BnaERFB3-1-Hv15和BnaERFB3-2-Hv15转录因子与电子克隆的基因序列差异很小,均只有1个氨基酸位点不同.且都没有内舍子.从氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性等方面进行了预测和较为全面的分析.结果显示BnaERFB3-1-Hv15和BnaERFB3-2-Hv15是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与AtERF5相似,BnaERFB3-1-Hv15和BnaERFB3-2-Hv15蛋白无序化程度大于拟南芥AtERF5.通过分析EST丰度显示,BnaERFB3-1的表达集中在种子中,而BnaERFB3-2的表达则集中在根中.另外.将上述基因分别构建入酵母表达载体和植物双元表达载体,为深入研究该基因在油菜抗逆调控中的作用奠定了基础.  相似文献
7.
幽门螺杆菌(Helicobacter pylorl,Hp)感染是慢性活动性胃炎和消化性溃疡的主要病因,与胃腺癌、胃粘膜相关淋巴样组织(MALT)淋巴瘤的发生亦密切相关。其有效抗原成份过氧化氢酶可刺激机体产生保护性的免疫反应。用高保真PCR扩增系统扩增出过氧化氢酶基因片段,将其定向插入载体pET-22b( ),对其全序列进行了测定。并以生物信息学软件分析其生物学特性。克隆的过氧化氢酶基因序列与报道的序列完全一致,并显示出良好的抗原性和疏水性。这一研究获得了序列正确的过氧化氢酶基因,为将来以过氧化氢酶分子作抗原的Hp疫苗研制工作打下了良好基础。  相似文献
8.
刺参甘露糖结合凝集素的生物信息学分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
甘露糖结合凝集素(mannan-binding lectin,MBL)属于C型动物凝集素超家族,特异地结合甘露糖。MBL是宿主起始免疫系统一个重要成分,因此近年来逐渐成为研究的热点。采用生物信息学技术对刺参(Apostichopus japonicus)MBL(AJ-MBL)的两个基因编码的蛋白质结构和功能进行了分析,包括信号肽、分子量、等电点、跨膜结构域、糖基化和磷酸化位点、二级结构和三级结构等,旨在了解其结构特征,为动物免疫反应方面研究提供理论基础。  相似文献
9.
家蚕精巢蛋白质的双向电泳及质谱分析   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
 精巢是雄性家蚕Bombyx mori的生殖腺,它的主要功能是产生精子,全面检测和鉴定精巢器官的蛋白分布将为分析家蚕雄性个体的发育和繁殖奠定基础。本研究利用双向聚丙烯酰胺凝胶电泳和蛋白硝酸银染色技术对家蚕5龄第5天幼虫的精巢组织进行了蛋白检测,利用基质辅助激光解析质量飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)对表达量较高的蛋白点进行了肽质量指纹图谱鉴定。结果表明:家蚕精巢蛋白质可以检测出1 000个以上的蛋白点,这些蛋白点主要集中在分子量为15~90 kD区域,等电点3.5~9之间,其中60个蛋白点得到了成功鉴定,按照已知或推测的蛋白功能,将其分为8类,包括:细胞骨架和细胞结构蛋白,膜蛋白或信号相关蛋白,大量应激反应蛋白(伴侣蛋白),线粒体和能量产生相关蛋白,转录调控和翻译及DNA/RNA结合相关蛋白,酶和少量血液组成蛋白。其中很多蛋白可能在鞭毛形成、能量代谢及减数分裂过程中有重要作用。这些结果为进一步认识家蚕精子形成过程提供了重要的生物学信息。  相似文献
10.
巴马香猪Toll样受体4基因cDNA的克隆及生物信息学分析   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的研究TLR4在猪自然免疫中的作用及机制,为抗病育种及免疫佐剂的开发提供依据。方法利用NCBI公布的TLR4基因序列设计引物,RT-PCR技术克隆巴马香猪TLR4基因。结果所得基因序列提交GenBank,登录号:GQ304754。经序列分析,发现巴马香猪TLR4基因开放阅读框长2526 bp,编码785个氨基酸,该蛋白等电点为6.58,分子量为96.4×103;与普通猪比对发现巴马香猪TLR4基因有5个碱基发生突变;与小鼠、狗、鸡、牛、羊和人的同源性分别为71.9%、81.5%、54.2%、86.4%、85.5%和81.9%;TLR4膜外区蛋白为背侧多个α螺旋和内侧多个β折叠平行交替排列构成一个弯曲状螺旋结构;N末端存在信号肽,且可能在23~24位氨基酸处存在裂解位点;胞外区有13个明显的LRR,分别位于第53~74、77~100、101~124、149~173、174~192、201~225、372~393、398~429、446~469、470~494、495~518、519~541、543~566位氨基酸区;膜外区含8个N连接的糖基化位点。结论本研究成功克隆巴马香猪TLR4基因,为进一步研究该基因的功能和蛋白质的特性奠定了基础。  相似文献
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