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1.
虚拟筛选与新药发现   总被引:16,自引:0,他引:16  
虚拟筛选是创新药物研究的新方法和新技术,近年来引起了研究机构和制药公司的高度重视,并且已经成为一种与高通量筛选互补的实用化工具,加入到了创新药物研究的工作流程(pipeline)中。本文介绍国际上虚拟筛选及其在创新药物发现中应用的研究进展,特别介绍了我国这方面研究的状况。  相似文献
2.
分子对接在基于结构药物设计中的应用   总被引:8,自引:0,他引:8       下载免费PDF全文
分子对接是研究分子间(如配体如受体)相互作用,并预测其结合模式和亲合力的一种理论模拟方法。近年来,分子对接方法已成为计算机辅助药物研究领域的一项重要技术,在数据库搜寻,组合库设计及蛋白作用研究方面得到了广泛发展。  相似文献
3.
蛋白质-蛋白质分子对接方法研究进展   总被引:5,自引:0,他引:5       下载免费PDF全文
蛋白质分子间相互作用与识别是21世纪生命科学研究的前沿和热点.分子对接方法是研究这一课题有效的计算机模拟手段.通常,蛋白质-蛋白质分子对接包括四个阶段:搜索受体与配体分子间的结合模式,过滤对接结构以排除不合理的结合模式,优化结构,用精细的打分函数评价、排序对接模式并挑选近天然构象.结合国内外研究蛋白质-蛋白质分子对接方法进展和本研究小组的工作,对以上四个环节做了详细的综述.另外,还分析了目前存在的主要问题,并提出对未来工作的展望.  相似文献
4.
人白介素6与其受体结合特定结构域的预测   总被引:2,自引:0,他引:2  
借助人白介素6的核磁共振构象, 以人生长因子受体为模板同源模建的人白介素6受体空间构象, 通过表观静电势分析, 结合空间构象的互补性对人白介素6与其受体进行分子对接, 在分子力学优化、分子动力学动态模拟的基础上获得稳定的复合物结构, 从理论上预测人白介素6与其受体相互作用的结构域, 进一步确定影响人白介素6与其受体相互作用的特定位点, 为确定靶蛋白人白介素6的活性部位、利用计算机寻找和辅助设计新的拮抗剂提供理论依据.  相似文献
5.
同源建模在纤维素酶分子改造中的应用   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
同源建模技术(homology modeling)给蛋白质的研究带来了新的希望,在理论上解决了结构预测和功能分析以及蛋白质工程实施方面所面临的难题.纤维素酶(cellulase)是能水解纤维素生成纤维二糖和葡萄糖的一组酶的总称.对纤维素酶的研究目前已经发展到结构功能分析、理性设计等方面.由于实验方法不能胜任全部纤维素酶结构的测定工作,故以计算机为依托的同源建模技术便发挥着重要作用,它在纤维素酶分子改造中的应用主要有:家族同源分析、研究功能氨基酸的作用机理、基于分子结构的理性设计、预测突变体结构和新功能等.随着同源建模技术自身的不断完善,以及分子对接、分子动力学模拟等技术的发展,计算机模拟技术将在酶分子的改造过程中显示出巨大的生命力.  相似文献
6.
羟喜树碱结合肽的研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
酯化脱水法制备生物素化羟喜树碱,使用Resourse 15反相柱纯化,液质联用分析确证。磺酰罗丹明B染色法鉴定生物素化羟喜树碱的抗癌活性。采用噬菌体展示技术筛选得到14条羟喜树碱结合肽。构建并优化了羟喜树碱结构模型。构建并通过分子动力学优化了羟喜树碱结合肽结构模型。使用分子对接验证并分析了羟喜树碱结合肽与羟喜树碱的结合作用。  相似文献
7.
克氏肺炎杆菌NiFe-氢酶基因的克隆与序列分析   总被引:1,自引:0,他引:1       下载免费PDF全文
采用CLUSTAL-W软件对Swiss-Prot蛋白数据库中已报道的NiFe-氢酶大亚基氨基酸序列进行比对分析,找到保守区并根据此设计兼并引物。利用其中一对引物进行PCR得到一条大小约为1000bp的DNA序列,并根据此序列设计引物进行反向PCR得到整个NiFe-氢酶的序列。再利用生物信息学软件对此氢酶的序列进行二、三级结构预测及大小亚基的对接(docking)。结果表明克氏肺炎杆菌的NiFe-氢酶属于一类膜结合放氢酶(Ech氢酶)。  相似文献
8.
假设分子对接面的紧密堆积类似于蛋白质内部的紧密堆积,因此用于蛋白质内部的侧链构象预测方法,如死端排除法,可应用于分子对接面内的侧链构象预测。应用9个晶体结构对这一假设进行检验,结果表明假设基本正确。对2个蛋白酶与抑制剂的应用比较成功。9个配体中的7个有正确的均方根差的趋势。还发现受体结构的柔性较小,说明由于对接面的紧密堆积产生的侧链构象变化很小。根据这些结果,提出一个新的分子对接流程图,即在刚体对接后加入对接面中氨基酸残基的侧链构象预测。对一个蛋白酶与抑制剂的复合结构的应用表明对接中的正确解的信号与噪音比相对错误解增加了。  相似文献
9.
假设分子对接面的紧密堆积类似于蛋白质内部的紧密堆积,因此用于蛋白质内部的侧链构象预测方法,如死端排除法,可应用于分子对接面内的侧链构象预测。应用9个晶体结构对这一假设进行检验。结果表明假设基本正确。对2个蛋白酶和抑制剂的应用比较成功。9个配体中的7个有正确的均方根差的趋势。还发现受体结构的柔性较小,说明由于对接面的紧密堆积产生的侧链构象变化很小。根据这些结果,提出一个新的分子对接流程图,即在刚体对  相似文献
10.
乔静 《生物技术通讯》2006,17(5):744-746
目的:以血管紧张素转换酶(ACE)为受体靶蛋白,设计相应的抑制剂分子。方法:采用计算机辅助药物分子设计的方法,在分析已有的关于ACE及其抑制剂的基础上,确定分子设计软件LigBuilder中的相关参数。结果:设计得出了1500个配体分子,并从中筛选出了1个各项得分最高的新型血管紧张素转换酶抑制剂分子,其分子式为C27H36N2O3,分子量为436,logP值为4.95,与受体靶蛋白ACE的结合力得分为11.71。结论:从计算得分来看,所设计出的分子与ACE的亲和性好,且脂溶性高,为发掘高活性的降压药物提供了线索。  相似文献
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