病原菌与自然植物种群

在自然植物种群中，病原菌与寄主植物不仅在个体发育的水平上相互作用，而且在系统发育的水平上相互作用。这后一种相互作用的不是病原菌与寄主植物的共进化。本文论述了病原菌与寄主植物共进化的主要方面原菌的致病力和寄主植物种群的遗传结构。鉴于传媒方式在进化上具有重要意义，本文还简单介绍了媒体传布的菌病的种群模型。  

生命起源的现代探讨：基于磷酰化氨基酸的核酸和蛋白质共起源学说评这

先有核酸还是先有蛋白质，是当前生命起源研究中的难题。本文以讨论现代生物学和物理学对生命本质的认识后，评介了中国学者提出的一个基于Ｎ－磷酰化氨基酸自组装的蛋白持和核酸共进化的模型。  

自然植物种群中病原菌与寄主植物相互作用的遗传学

在农业种群中，作物和菌病相互作用的遗传学已为人们所广泛研究，但对自然植物种群中病原菌与其寄主相互作用体系的某些重要现象却缺乏足够的重视。本文主要论述寄主与病原菌相互作用的遗传学本质；寄主抗性基因和病原菌毒性基因的获得代价及对各自适应力的影响；简单介绍了寄主-病原菌作用体系在种群水平上的遗传学内容及共进化的意义。  

CRISPR-Cas系统与细菌和噬菌体的共进化

细菌在适应噬菌体攻击的过程中,进化了多种防御系统,噬菌体在细菌的选择压力下,也在不断进化反防御策略,双方的这种进化关系与发生机制一直尚不完全清楚。近年在细菌和古细菌中发现一种新的免疫防御系统,即CRISPR-Cas(clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR-associated system)系统。在对其功能和作用机制深入研究的同时,也不断地揭示了细菌和噬菌体之间的共进化关系。为此,文章在介绍原核细胞中CRISPR-Cas系统介导的免疫机制基础上,重点综述了CRISPR系统在细菌和噬菌体进化中的作用。  

蛋白质共进化分析研究进展

一些对蛋白质活性很重要的残基在进化过程中是高度保守的，另有一些残基通过共进化来维持蛋白质结构和功能上的稳定。由于共进化残基分析可在未知蛋白质结构时，仅依据序列推断残基间的相互作用，因此在蛋白质结构和功能预测上具有重要的研究意义。当前分析共进化残基的方法主要有基于相关系数的方法、基于微扰理论的方法、参数检验法等。然而，由于存在蛋白质系统进化的背景干扰，目前共进化残基分析的精度仍有待进一步提高。本文概述了蛋白质共进化分析的方法及其研究进展，并对其发展趋势进行了预测。  

生命起源的现代探讨──基于磷酰化氨基酸的核酸和蛋白质共起源学说评述

先有核酸还是先有蛋白质，是当前生命起源研究中的难题。本文在讨论现代生物学和物理学对生命本质的认识后，评介了中国学者提出的一个基于N－磷酰化氨基酸自组装的蛋白质和核酸共进化的模型。在有核畜存在时；磷酸化氨基酸自组装提供了一个能把蛋白质合成和核酸合成偶联起来的最小的分子模型。同其他生命起源学说相比，这一模型更符合生命的基本特征（自复制、生长、变异和进化），以及Eigen“超循环论”的自组织和进化的理论框架。  

病原菌与自然植物种群Ⅲ.病原菌与寄主植物的共进化及媒体传布的菌病的种群模型

在自然植物种群中，病原菌与寄主植物不仅在个体发育的水平上相互作用，而且在系统发育的水平上相互作用。这后一种相互作用的结果就是病原菌与寄主植物的共进化。本文论述了病原菌与寄主植物共进化的主要方面病原菌的致病力和寄主植物种群的遗传结构。鉴于传媒方式在进化上具有重要意义，本文还简单介绍了媒体传布的菌病的种群模型  

蕨类植物psbD基因的适应性进化和共进化分析

D2蛋白是植物光系统Ⅱ复合体（PSⅡ）核心蛋白之一，由叶绿体psbD基因编码。为了深入理解核心薄囊蕨类植物在阴生环境下的“辐射”式演化，我们对12种蕨类植物的psbD基因进行了克隆和测序，然后联合已公布的其他8种蕨类植物的psbD序列，基于ω值（非同义替换率ds和同义替换率ds的比值）探讨了该基因经受的选择压力。发现D2蛋白在大多数分支和位点受到强烈的负选择，但是树蕨类分支的psbD进化速率低且ω值较高。借助多种模型进行的共进化分析显示，树蕨类D2蛋白的168R、245H和272M两两组成具有共进化关系的氨基酸位点对。  

微生物多样性研究进展与展望

微生物是地球上出现最早、分布最广、多样性最为丰富的生物类群。在地球演化三十多亿年的历史长河中,微生物不断适应和改变着不同时期的地球环境,与地球环境共进化。微生物微小的个体和长期的进化,使它们形成了极高的多样性,可以适应几乎任  

昆虫RNA沉默抗病毒机制研究进展

 RNA沉默是昆虫用来抵御病毒入侵的一种普遍而又进化保守的防御机制， 而昆虫病毒也会相应地编码沉默抑制子来破坏宿主的防御功能。本文主要结合果蝇的相关研究成果对昆虫RNA沉默抗病毒机制、 RNA沉默抑制子的作用特征及宿主与病毒的共进化关系做一综述。研究表明， 由小干扰RNA (small interfering RNAs, siRNA)介导的RNA干扰在果蝇抗病毒防御机制中发挥重要作用。果蝇中Dicer-2（Dcr-2）， argonaute-2（AGO2）和双链RNA结合蛋白R2D2是siRNA干扰途径中的3个关键组分， 这3个基因的缺失或突变会显著提高果蝇对RNA病毒的感受性。此外， 果蝇中还鉴定了其他与RNA干扰密切相关的基因， 如vasa intronic gene, aubergine, armitage， rm62 和piwi， 它们在抗病毒感染中同样发挥重要作用。果蝇病毒中已鉴定出3种RNA沉默病毒抑制子（viral suppressors of RNAi, VSRs）， 分别为果蝇FHV病毒沉默抑制子FHV-B2、 果蝇C病毒沉默抑制子DCV-1A及果蝇CrPV病毒沉默抑制子CrPV-1A。FHV-B2和DCV-1A通过与dsRNA或siRNA结合抑制RNA沉默， 而CrPV-1A通过与AGO2结合阻止RISC的形成抑制RNA沉默。在漫长的进化过程中， 病毒和宿主相互博弈， 协同进化。昆虫抗病毒沉默途径中的关键组分通过保持持续和快速进化来对抗高度变异的VSRs。