染色质免疫沉淀-测序：全基因组范围研究蛋白质-DNA相互作用的新技术

染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)是近年来新兴的将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合,在全基因组范围内分析DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化的高通量技术．在新一代测序(NGS)技术的大力推动下,ChIP-seq提供了一种相对于ChIP-chip高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法．随着测序成本的降低,ChIP-seq逐步成为研究基因调控和表观遗传机制的一种常用手段．本文就该技术的最近研究进展进行综述,并着重介绍ChIP-seq数据分析过程及该技术的实际应用情况.     

免疫检查点疗法：战胜癌症的革命性突破 ——写在2018年诺贝尔生理学或医学奖颁布之际

美国免疫学家詹姆斯·艾利森(James P．Allison)与日本免疫学家本庶佑(Tasuku Honjo)因在免疫检查点治疗方面的贡献而获得了2018年诺贝尔生理学或医学奖．这一发现为免疫治疗开启了一扇新的大门．本文回顾了免疫检查点CTLA-4和PD-1的研究历史,免疫检查点药物的研发和应用进展以及免疫检查点疗法在国内的发展现况,提出了免疫检查疗法目前存在的局限性和解决方法．随着近年来我国在免疫治疗领域巨大的资金投入、一流基础研究平台的建设和优秀人才的回国使得我国在这一领域硕果累累,相信在不久的将来我国的免疫检查点抑制剂将会走出国门,为全人类的癌症事业做出贡献．     

LncRNA作为ceRNA调控肿瘤的发生发展

长链非编码RNA(lncRNA)是长度大于200 bp,不编码蛋白质的内源性RNA分子.近年来的研究表明,lncRNA可以作为一种竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)吸附miRNA,参与靶基因的表达调控,从而在肿瘤的发生发展中发挥重要的作用.本文从lncRNA作为ceRNA发挥生物学功能这一角度,概述了相关lncRNA在肿瘤发生发展中的作用及机制.揭秘lncRNA与miRNA在肿瘤发生中的相互作用,将为肿瘤的诊断和治疗提供新思路.     

肿瘤异质性：精准医学需破解的难题

肿瘤异质性是恶性肿瘤的重要特征,表现为同一种恶性肿瘤不同患者个体之间或者同一患者体内不同部位肿瘤细胞间从基因型到表型上存在的差异.这种差异可表现为不同的遗传背景、不同的病理类型、不同的分化状态、不同的基因突变谱和转录组、蛋白质组表达谱等,体现了恶性肿瘤在演进过程中的高度复杂性和多样性.肿瘤异质性给肿瘤的治疗带来极大的困难,一直是肿瘤发生发展机制研究领域重要的科学问题.本文综述了肿瘤异质性的生物学特征及其可能的形成机制,并对"精准医学"时代如何针对肿瘤异质性设计更为有效的个性化治疗方案进行了思考.     

天然免疫分子乳铁蛋白抑制鼻咽癌的发生发展

鼻咽癌是一种多基因遗传性肿瘤,其发病与遗传因素和环境因素密切相关,基因与环境因素间存在复杂的交互作用. 本课题组通过全基因组杂合性丢失扫描及比较基因组杂交,发现鼻咽癌中3号染色体短臂存在高频缺失,通过鼻咽癌家系连锁分析,发现染色体3p21区域为鼻咽癌易感基因区,随后通过表型克隆策略在该染色体区域分离鉴定了鼻咽癌候选易感/抑瘤基因LTF. LTF基因编码的乳铁蛋白是一种广泛分布于哺乳动物乳汁、鼻咽分泌物、泪液等分泌液中的天然免疫分子,在正常鼻咽部高表达而在鼻咽癌组织中表达显著下调,且与鼻咽癌的临床进展及侵袭转移密切相关. 病例-对照关联分析发现LTF基因中2个单核苷酸多态位点与鼻咽癌发病风险密切相关,且多态性改变可影响LTF基因的表达水平. 我们发现乳铁蛋白能与EB病毒在人B细胞表面的受体CD21结合,阻断EB病毒入侵宿主B细胞,并抑制EB病毒由B细胞向鼻咽上皮细胞的传递,在鼻咽上皮的癌变过程中起保护作用. 我们还发现LTF能通过MAPK和AKT等通路抑制鼻咽癌细胞的增殖和侵袭转移. 这些结果表明乳汁中的天然成份乳铁蛋白在鼻咽癌等EB病毒相关疾病的防治中具有重要的应用前景.     

致瘤性DNA病毒的整合机制及致瘤效应

恶性肿瘤是一种严重危害人类生命和健康的疾病,而致瘤性DNA病毒是多种恶性肿瘤的主要致病因子.致瘤性DNA病毒的整合可以使宿主细胞正常组织逐步向炎症组织转变,并可导致癌变.病毒整合可引起宿主细胞基因组不稳定和重排,产生新的融合基因,并导致宿主基因表达异常,也是病毒本身得以复制,逃避宿主免疫识别并长期维系自我生存的机制之一.本文综述了目前对致瘤性DNA病毒整合规律以及致瘤性DNA病毒整合致瘤效应的研究和进展,并展望致瘤性DNA病毒整合的研究方向以及在肿瘤发生、发展、诊断和治疗上的应用前景.     

综述:PLUNC蛋白家族在抑制鼻咽上皮“炎-癌”演进中的作用和机制

人类鼻咽黏膜表面的分泌物中富含天然免疫蛋白,腭、肺及鼻咽上皮克隆(palate,lung and nasal epithelium clone,PLUNC)蛋白家族成员SPLUNC1和LPLUNC1就是其中的重要组成部分,这两个蛋白在鼻咽上皮相对特异高表达,它们都具有杀菌/渗透增强蛋白(bactericidal/permeability-increasing protein,BPI)结构域,可通过BPI结构域与细菌脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)结合从而直接杀灭或抑制细菌生长,也可以有效抑制EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)等致癌微生物对鼻咽上皮的侵袭从而发挥其免疫防御功能．它们还可以通过抑制IL-6等炎症因子的分泌和NF-κB、STAT3等炎症相关通路的激活,阻止鼻咽部的慢性炎症反应及鼻咽上皮的恶性转化．在鼻咽癌细胞中重新表达PLUNC蛋白,可以通过促分裂素原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinase,MAPK)或miR-141-PTEN-AKT等信号通路抑制鼻咽癌细胞的增殖,促进鼻咽癌细胞的凋亡．进一步深入研究PLUNC蛋白家族在鼻咽癌发病中的作用机制,对指导鼻咽癌的防治具有重要的意义．     

中药芪莪合剂联合西药补救治疗H.pylori感染消化道疾病的临床疗效

观察中药芪莪合剂联合西药补救治疗幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)感染上消化道疾病的临床疗效,探讨其临床应用价值。对182例常规抗H.pylori治疗清除失败的上消化道疾病患者,随机分为单用西药组(14 d四联疗法)和中西药联合组(14 d四联疗法+中药芪莪合剂10剂),疗程结束后消化性溃疡患者继服埃索美拉唑14 d,并胃镜观察溃疡及糜烂愈合情况,随访症状缓解及不良反应情况;治疗结束后4周复查~(14)CUBT或~(13)C-UBT,观察H.pylori清除率。结果显示,H.pylori清除率按意向性治疗(ITT)和试验方案(PP)分析在中西药联合组分别为86.8%和89.8%,单用西药组分别为73.6%和78.8%,PP分析两组差异有统计学意义(P0.05);中西药联合组溃疡和糜烂治愈率分别为90.0%和80.6%,单用西药组分别为64.3%和48.5%(P0.05);中西药联合组的症状缓解率为97.7%,高于单用西药组(85.7%,P0.05);两组不良反应发生率无统计学差异(10.2%vs 15.3%,P0.05)。结果表明,采用中药芪莪合剂联合西药补救治疗能获得较高的H.pylori清除率,并能有效治愈溃疡和糜烂,缓解临床症状,且副反应发生率低。     

miRNA相关单核苷酸多态性

miRNA相关单核苷酸多态性(miRNA-related single nucleotide polymorphisms或mirSNP)是可以导致miRNA基因调控功能缺失或紊乱的一类功能型SNP的总称。不论是miRNA靶基因结合位点,还是miRNA基因或miRNA加工基因上的mirSNP,都有可能影响miRNA对靶基因的调控。miRNA基因及miRNA加工基因上的mirSNP主要通过阻碍miRNA的生物合成而发挥功能,而靶基因结合位点上的mirSNP主要通过导致自由能的改变或功能构象的消失,影响miRNA与靶序列结合而丧失其原有的调控功能。mirSNP大多位于人类基因组基因间区和内含子区,与包括肿瘤在内的众多复杂性疾病密切关联。mirSNP不论对于复杂性疾病发病机制研究还是诊疗预后分子标志的确定都具有极其重要的研究价值。     

一个肝癌相关长链非编码RNA的克隆及序列分析

最近我们利用新一代测序(next generation sequencing,NGS)技术对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者活检标本及正常对照肝组织样品进行高通量RNA测序(RNA-sequencing,RNA-Seq),在肝癌样品中染色体11q13.1区域检测到几个相邻的RNA-Seq信号峰,而在正常对照组织中没有检测到,且该染色体区域目前尚无已知基因登录,提示这几个RNA-Seq峰可能代表一个或多个未知的新基因.以此为线索,证实这几个RNA-Seq峰来自同一个新基因,并克隆了该基因全长序列,在克隆该基因全长序列时,发现该基因编码的RNA存在多种剪接形式,最长的转录本为3 562 bp.将该基因编码的12条代表性RNA转录本序列递交到美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的GenBank数据库中,GenBank ID号分别为KC136297~KC136308.该基因编码的RNA没有发现明显的开放阅读框(open reading fragment,ORF),提示该基因可能编码长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).为了探讨该lncRNA基因可能的转录调控机制,我们用生物信息学方法预测了该lncRNA基因潜在启动子区域,发现在其转录起始位点上游-719~-469 bp处有一个潜在的启动子,其中包含7个Sp1、1个STAT5和1个EGR1转录因子结合位点.该lncRNA在肝细胞癌发生发展过程中的作用机制值得进一步深入研究.