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1.
生物信息学及其在蛋白质组学中的应用   总被引:2,自引:0,他引:2  
随着基因组学和蛋白质组学的发展,生物信息学在数据处理中的应用已经越来越广泛。作为数据处理中越来越重要的分析手段,蛋白质组学数据库是蛋白质组学的主要内容之一。本文分别从生物信息学的蛋白质双向电泳数据库和基于蛋白质质谱结果的数据库两个方面,概述了发展中的蛋白质数据库的最新动态和有关信息,同时对主要的热门蛋白质组学数据库站点和资源进行了评价和分析。  相似文献   
2.
pi-hit-1基因是本实验室通过空间诱变找到的一个水稻新基因。为了对pi-hit-1基因启动子结构和功能进行研究,首先使用植物启动子分析数据库(PlantProm DB-TSSP,TFSEARCH,PLACE及PlantCARE)对该基因转录调控区序列进行预测分析,结果显示该基因上游调控区存在多个顺式元件,主要集中在翻译起始位点前300bp的区域,转录起始位点位于翻译起始位点前100bp,在转录起始位点前132bp存在TATA box元件。凝胶电泳迁移率实验(EMSA)发现翻译起始位点上游约300bp存在转录因子特异结合位点,为该基因的核心启动子,这与预测结果一致。采用系统生物学的方法研究水稻新基因pi-hit-1启动子结构,发现了该基因的核心启动子元件,为研究空间环境如何影响基因的转录调控提供了重要依据。  相似文献   
3.
利用微生物合成纳米金银合金(Au-AgNPs)具有操作简便、生态友好等特点,但目前利用真菌合成的相关研究较少。本研究利用真菌Mariannaea sp. HJ胞内提取物合成纳米金银合金,考察了不同的金银离子浓度比例对生物合成纳米金银合金特性的影响。实验表明,金银离子浓度比例对生物纳米金银合金的组成影响较大,随着银离子浓度比例的增加,反应体系颜色会由浅紫色逐渐变为棕色,紫外-可见特征吸收峰发生了明显的蓝移,合成的纳米金银合金中银的比例也会逐渐增加。透射电子显微镜表明纳米金银合金的形貌主要为球形和伪球形,在0.5∶0.5、0.5∶1.5以及0.5∶3.0三种金银离子浓度比例下,纳米颗粒的平均粒径分别为19.24 nm、15.99 nm和19.33 nm。X射线衍射光谱结果显示纳米金银合金的晶胞为面心立方结构。利用傅里叶转换红外线光谱表征推测参与纳米金银合金还原稳定的官能团可能为-OH、-NH_3、-COOH。此外,本研究以4-硝基苯酚为底物探究生物纳米金银合金的催化特性,结果表明纳米金银合金对4-硝基苯酚具有良好的催化活性,其催化反应速率常数为7.85×10–3 s–1。上述结果表明,真菌Mariannaea sp. HJ能够合成分散性较好的纳米金银合金,在催化还原硝基芳烃污染物方面具有潜在的应用价值。  相似文献   
4.
单链DNA纯化对变性PAGE凝胶银染片段回收效率的提高   总被引:1,自引:0,他引:1  
为了提高变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)银染后片段回收的效率,本实验在传统的煮沸法的基础上加入单链DNA纯化的步骤对水稻基因组CCGG为点甲基化敏感限制性酶切多态性(MSAP)分析片段进行回收,并对加入该步骤后的再扩增的效率与传统煮沸法进行了比较。实验结果显示,加入单链DNA纯化步骤后的回收效率比传统煮沸法提高了约6倍。改进后的方法可以有效地用于扩增片段长度多态性(AFLP)以及MSAP等差异显示PAGE凝胶银染DNA片段的回收。  相似文献   
5.
吲哚作为一种典型的氮杂环芳烃化合物,在自然界中广泛存在。近年来,越来越多的研究表明吲哚具有一定的生物活性,是一种新型种间及跨界的信号分子。研究发现,吲哚不仅可以调节微生物的毒性、耐药性、生物膜形成以及群感效应等生理生化行为,调控植物生长发育和防御系统的形成过程,还能够影响动物的肠道炎症、细胞氧化压力及荷尔蒙分泌等生理健康。因此吲哚在微生物代谢、动物健康和植物生长等多个方面扮演了重要角色,具有重要的生物学及生态学双重意义。文中综述了吲哚从生物代谢到信号传递的研究历史,及其在微生物种内或种间以及微生物-动植物之间跨界的信号传导与调控作用的研究进展,旨在为揭示复杂环境中吲哚生物代谢及信号调控的生物学意义与生态学机制提供重要的理论指导。  相似文献   
6.
郭建国  赵龙浩  徐丹  孙野青 《生态学报》2015,35(14):4777-4783
洪水是一种突发性强、破坏力大的自然灾害,它不仅造成巨大的经济损失,而且对生态环境也有严重危害。在地球生物化学过程中起重要作用的微生物是否也受到影响值得深入研究。2012年采集了洪水暴发前后辽宁省锦州段大凌河表层水样,利用DGGE技术,结合PCA和RDA分析研究了洪水对河流表层水中细菌群落的影响。结果表明:(1)洪水发生前后河流表层水中的细菌群落发生了改变:洪水发生前河流中细菌群落结构与河段所处的自然环境有很大的相关性,而洪水发生后这一现象消失。(2)洪水发生前,影响细菌群落结构的主要环境因素是pH和盐度,而洪水发生后,影响细菌群落结构的主要环境因素是总磷。这一研究结果提示洪水通过改变河流表层水环境特性对其中的细菌群落进行重塑。  相似文献   
7.
甲藻孢囊在长山群岛海域表层沉积物中的分布   总被引:1,自引:0,他引:1  
邵魁双  巩宁  杨青  李珂 《生态学报》2011,31(10):2854-2862
2007年10月,在大连长山群岛海域采集了25个站点的表层沉积物,研究了甲藻孢囊的水平分布。在沉积物样品中共检测出甲藻孢囊46种,其中Pentaphasodinium daleiWarowia rosea,在我国是首次报道。各站位孢囊种类数在7-20之间,平均14种;丰度在182-2960 个/g干重之间,平均为1201 个/g干重。香农-威纳指数(H')的变化范围为2.4-3.4。麻痹性贝毒藻--亚历山大藻的孢囊在调查海域分布广泛,最高密度达829个/g干重,可能是造成该海域虾夷扇贝贝毒超标的原因之一。  相似文献   
8.
生物芯片技术及其在后基因组学研究中的应用   总被引:1,自引:1,他引:0  
基因组学已经进入到后基因组学时代,破解基因功能是当前的主要任务。生物芯片技术具有高通量,并行性及自动化等特点,将在这一时期发挥重要作用。本文就生物芯片在后基因组学研究中的应用进展,及存在的尚待解决的问题作一综述。  相似文献   
9.
人工湿地处理造纸废水后细菌群落结构变化   总被引:4,自引:1,他引:3  
郭建国  赵龙浩  徐丹  孙野青 《生态学报》2014,34(8):2095-2101
人工湿地通过模拟自然湿地的生态系统,能够实现污染物的去除,是一种高效经济的污水处理手段,但是对人工湿地处理后污水中细菌群落的研究较少。采集了造纸厂排污口和人工湿地出水口的水样,检测了溶解氧、pH值和盐度等水质指标,对主要污染物的含量进行了测定和分析,并利用DGGE技术对细菌群落的变化进行了研究。结果表明:(1)造纸污水经人工湿地处理后水质有明显提高;(2)人工湿地处理后细菌群落结构发生变化,优势菌由γ变形菌和衣原体变为α变形菌,而且微生物多样性指数Shannon-Wiener's降低;(3)人工湿地处理前污水中存在着大量致病微生物和降解微生物,处理后以环境友好的固氮菌和少量致病菌为主。研究结果揭示了人工湿地不仅可以去除造纸废水中的污染物,改善水质而且可以大大减少向环境中排放的致病微生物,防止由致病微生物引起的生态灾难的发生,为将来人工湿地应用于工业污水处理和微生物生态安全评估提供有效可靠的依据。  相似文献   
10.
王巍  卢卫红  孙野青 《生物信息学》2010,8(3):228-232,236
基因本体论是关于基因和蛋白质知识的标准词汇,也是今后实现各种与基因相关的数据统一、数据转换、数据挖掘的基础。本文通过分子功能基因本体论比较了不同模式生物基因产物分子功能分布的异同。结果发现:在动物类、植物类以及真菌类模式生物中,大部分已知功能基因的分布比例是基本一致的,存在一定的同源性;但在动物中结合类基因数量较多而在植物与真菌中反而催化类基因数量较多,信号传导相关基因在动物中的分布数量多间接证明了动物在进化上的高等性,而植物中特有的大分子传递相关编码基因,可能与植物的养分、水分在机体种的传输相关。  相似文献   
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