基于太平洋甲胁虱裂化线粒体基因组推测甲胁虱属祖先线粒体核型

[目的]动物典型的单一染色体线粒体基因组在甲胁虱属Hoplopleura已裂化成多个线粒体微环染色体.本研究旨在通过测定太平洋甲胁虱Hoplopleura pacifica的线粒体基因组来推测甲胁虱属祖先线粒体核型.[方法]利用Illumina HiSeq X Ten高通量测序技术对太平洋甲胁虱裂化线粒体基因组进行测定...     

淋病奈瑟菌肽基脯氨酰异构酶的原核表达及其作为候选疫苗的初步评价

【背景】淋病是我国主要的性传播疾病之一,感染淋病奈瑟菌可促进人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus, HIV)的传播和感染。目前我国淋病发病人数呈上升趋势,随着多重耐药菌株的出现,亟须研发保护性疫苗来防治淋病的传播和感染。【目的】分析淋病奈瑟菌(Neisseria gonorrhoeae, NG)肽基脯氨酰异构酶(peptidyl-prolyl isomerase, PPIase)蛋白的高级结构和表位,探讨其作为疫苗和分子诊断靶点的潜力。【方法】利用生物信息学软件分析PPIase蛋白的极性、亲水性、柔韧性、表面可及性、二级和三级结构,以及T、B细胞表位等;用pET32a(+)质粒构建PPIase蛋白的原核表达系统并纯化蛋白,用纯化的重组蛋白和超声波破碎的NG全菌抗原分别免疫BALB/c小鼠,收获免疫血清;制备NG全细胞抗原,分别以全细胞抗原酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)和间接免疫荧光试验检测重组PPIase蛋白血清抗体与NG全细胞表面抗原的结合情况。【结果】生物信息学分析结果显示,...     

丰容对圈养雌性岩羊活动时间分配的影响

为了探究环境丰容和食物丰容对岩羊行为和活动节律的影响,于2017年3月—7月,以上海动物园的5只雌性岩羊(Pseudois nayaur)为研究对象,设计环境丰容和食物丰容试验,利用瞬时扫描法对岩羊进行行为学观察,分析岩羊丰容前后昼间行为的变化。结果表明:经过环境丰容,岩羊的运动行为和反刍行为显著增加,卧息行为和其他行为显著减少,取食行为无明显变化。在环境丰容基础上,开展食物丰容后,运动行为明显减少,取食行为明显增加。卧息行为有所减少、反刍行为和其他行为有所增加,但变化均不明显。丰容后岩羊的昼间活动节律也发生了变化。取食行为呈现2个高峰期(8:00—11:00和15:00—18:00),取食行为普遍提高;运动行为在13:30—17:30时段较丰容前提前一个小时左右发生;卧息行为有相似的波动规律,但丰容后其昼间发生频次在16:00之前均降低;反刍行为波动最大,呈现出明显的2个高峰期(6:00—9:00和10:00—15:00)。试验表明,在进行环境和食物丰容后,岩羊的活动增加,优化了时间分配,福利状况得到了有效改善。     

基于生态位理论研究群落构建的方法进展

理解群落构建过程可以解释生物多样性格局的形成和维持,对于生物多样性保护起到关键作用。生态位理论是群落构建研究的核心框架之一。该理论认为群落构建是生物作用和非生物作用将区域物种库中的物种选入局域群落的确定过程。近年来,随着该领域受到的关注越来越多,研究者不但从物种、谱系或功能等生物多样性维度来研究群落构建,所使用的多样性指数、零模型算法和物种库界定方式等也多种多样。本文回顾了从生物多样性不同维度研究群落构建的优势与局限,总结了群落构建过程中构建零模型和界定物种库时需要注意的一些问题,介绍了部分群落构建研究的最新方法学进展和研究成果。最后,结合近年来的研究案例提出了对未来群落构建研究的一些建议。     

紫水鸡非繁殖期日节律与时间分配

2011年1月至11月使用瞬时扫描法及焦点动物取样法对云南省大理市洱源县西湖湿地(26°00′~26°01′N,100°02′~100°03′E,平均海拔1 970 m)的紫水鸡(Porphyrio porphyrio)行为进行了观察,将行为定义为取食、寻食、休息、修饰、警戒、位移和其他共7类,扫描时将取食和寻食合并为觅食,分析非繁殖期的日节律和时间分配特点。觅食高峰出现在早晨和傍晚,低谷在秋季为下午14:30时(占所有行为类型56.56%)、冬季12:30时(55.61%)、春季11:00时(55.80%)。休息高峰秋季出现在12:30时(26.79%),冬季一日内呈上升趋势,春季呈双峰型,低谷在13:30时(14.64%)。从时间分配来看,寻食、取食、修饰等行为在不同季节间存在显著差异,寻食时间从高至低依次为冬季、春季、秋季,分别占总活动时间的19.87%、9.36%、3.03%;取食时间则相反,依次为秋季(72.54%)、春季(56.78%)及冬季(44.59%);与新西兰Pukepuke Lagoon种群相比,西湖湿地紫水鸡种群在秋季大量取食,在冬季增加寻食和休息时间,以应对高原湿地的温度和食物变化。修饰行为在繁殖期前(春季)最多(15.84%),繁殖期后(秋季)减少(11.10%)。以上结果说明,为适应气候、食物等条件的年周期变化,紫水鸡行为策略在不同时期和地点具有可塑性,这可能是该物种在滇西北地区得以繁衍及扩散的原因之一。     

云南省两种兽类新纪录——藏鼩鼱(Sorex thibetanus Kastschenko,1905)和甘肃鼩鼱(Sorex cansulus Thomas,1912)

目前对藏鼩鼱（Sorex thibetanus）和甘肃鼩鼱（Sorex cansulus）的分布范围和生物学资料了解较少。2017年,在云南省西北部的高山区域采集了48号鼩鼱属（Sorex）动物标本。用形态学和基于Cyt b基因的分子系统学对采集标本进行了物种鉴定。结果显示来自4个地点的27号标本形态上与藏鼩鼱相符,来自2个地点的21号标本与甘肃鼩鼱相似,但存在一定差异。基于Kimura-2-parameter的遗传距离显示,藏鼩鼱组内遗传距离为0.46%,甘肃鼩鼱组内遗传距离为0.42%。它们与其它鼩鼱属物种的组间遗传距离分别为10.76%~17.04%和6.59%~14.52%。最大似然（Maximum likelihood）树结果显示,来自云南省西北部的两种鼩鼱动物分别与藏鼩鼱（BS=71%）和甘肃鼩鼱（BS=100%）构成单系。上述结果支持这两种鼩鼱属动物分别为藏鼩鼱和甘肃鼩鼱,均为云南省兽类新纪录。     

植绥螨科线粒体基因组研究进展

植绥螨科属于囊螨总科,大部分植绥螨为害螨、害虫的重要天敌,在农业生产上具有重要的应用价值。其线粒体基因组具有独特特征,引起了生物学家的广泛关注。本文就植绥螨科线粒体基因组的结构、非编码区、碱基组成、基因重排和tRNA的特征进行综述,其特征有:(1)植绥螨科中发现了螯肢动物最大的线粒体基因组;(2)植绥螨科线粒体基因组非编码区的AT含量差异大,编码区的AT含量差异小;(3)植绥螨科线粒体基因组均发生了不同程度的的基因重排;(4)已测定的植绥螨科部分物种tRNA基因二级结构出现了截短和碱基错配的现象,部分物种的线粒体基因组出现反密码子突变的情况。在今后的研究中应进一步测定植绥螨科关键类群的线粒体基因组,深入分析植绥螨科出现大量基因重排的原因,以期能反映植绥螨科的真实进化历程。     

云南省短尾鼩体表螨类感染及相关生态分析

根据2001至2015年对云南省30个县(市)的现场调查,本文对短尾鼩(Anourosorex squamipes)体表螨类(革螨和恙螨)的感染状况和相关生态规律进行了初步分析。常规统计短尾鼩体表螨类的构成比(C_r)、感染率(P_M)、平均多度(M_A)和感染度(M_I)。用Jaccard相似性系数(J)比较螨类物种相似度。用Margalef指数(M_f)测定螨类物种丰富度,同时计算螨类科属级物种多样性(D_F、D_G、D_(G-F))。用聚块指数(m*/m)和负二项分布的K参数(k)测定优势螨种的空间分布型。用协调系数(V)测定革螨和恙螨两大类群之间的协调关系。在所调查的30个县市中,从10个县市累积捕获到348只短尾鼩,采集到螨类15541只,分类鉴定为10科24属103种,恙螨物种丰富度(M_f)高于革螨,但革螨科属物种多样性各指标(D_G=2.80,D_F=2.32,D__(G-F)=0.17)均高于恙螨的相应指标(D_G=1.43,D_F=1.26,D_(G-F)=0.12)。短尾鼩体表螨类感染普遍,总感染率(P_M=80.75%)、总平均多度(M_A=44.66螨/鼩)和总感染度(M_I=55.31螨/鼩)均较高,革螨的这三项指标明显高于恙螨(P_M:χ~2=182.580,P 0.001;M_A:Z=-12.495,P 0.001;M_I:Z=-0.371,P 0.05)。两大螨类之间呈较低程度正协调(V=0.18,P 0.001)。短尾鼩地厉螨(Dipolaelaps anourosorecis)是短尾鼩体表的优势革螨(C_r=92.79%),密点纤恙螨(Leptotrombidium densipunctatum)是优势恙螨(C_r=23.10%),两种优势螨种在短尾鼩不同个体间呈聚集分布(m*/m 1,k 0)。不同性别和不同年龄短尾鼩体表螨类感染存在差异,螨类更倾向于感染雌性和成年短尾鼩。雌雄短尾鼩体表恙螨种类相似度较低(J=0.31),革螨种类相似度相对较高(J=0.65)。不同年龄短尾鼩体表恙螨种类相似度很低(J=0.17),革螨种类相似度也较低(J=0.28)。结果表明,云南省短尾鼩体表螨类感染普遍,感染程度重,螨类物种多样性很高。密点纤恙螨是优势恙螨,短尾鼩地厉螨是优势革螨,两种优势螨种均呈聚集分布。不同性别和不同年龄短尾鼩体表螨类感染存在性别偏倚和年龄偏倚。     

云南省锡金小鼠体表革螨感染分析

为了解云南省锡金小鼠(Mus pahari)体表革螨的感染情况及分布规律,本研究基于1990至2015年云南省39个县(市)的调查数据,统计分析锡金小鼠体表革螨的基本感染情况和感染差异。使用聚块指数测定革螨空间分布型,用Jaccard指数计算革螨物种相似性。从捕获的720只锡金小鼠体表共采集到革螨14 098只,鉴定为2科12属37种。贵州厉螨(Laelaps guizhouensis)、贫毛厉螨(L. paucisetosa)和兴义厉螨(L. xingyiensis)是优势革螨,其在不同个体的锡金小鼠体表均呈聚集分布。不同地理景观中采集的锡金小鼠体表革螨的种类和数量相差大,山区景观中采集的锡金小鼠体表革螨的感染率Pm、平均多度MA和感染度MI均明显高于坝区景观中采集的个体(P0.05)。不同性别的锡金小鼠体表革螨物种中度相似,雄鼠的平均多度和感染度高于雌鼠(P 0.05)。种-样方关系图显示革螨物种数随宿主抽样量的增加而增加。结果表明,锡金小鼠体表革螨感染普遍,三个优势螨种在不同个体的宿主体表呈聚集分布,采自不同地理景观的锡金小鼠体表革螨构成差异较大。     

三江并流区树线生境小型兽类多样性多维度评价及其保护启示

三江并流区具有极高的环境异质性和丰富的生物多样性, 树线以上的高山生境是该地区的核心景观之一。本研究拟通过物种、系统发育和功能多样性对高山小型兽类多样性进行评价, 并从保护生物学的角度讨论生物多样性多维度评价的意义。2013年9月至2018年11月对三江并流区树线区域展开规范化野外调查, 收集小型兽类群落信息。从野外采集的组织样品中提取、扩增、测定线粒体CYTB基因序列, 构建小型兽类物种系统发育树。通过α多样性的不同维度以及功能冗余度评价了三江并流区树线生境小型兽类多样性。结果显示, 使用不同数据类型(出现/缺失数据和多度数据)的结果并不一致, 说明仅使用传统的丰富度指数对于描述多样性分布存在较大局限。物种和系统发育多样性在不同地点间的分布相似, 但功能多样性的分布与这两者有所差异, 从另一角度说明综合评价生物多样性的不同维度对于全面保护演化历史和生态功能的必要性。与高黎贡山、云岭相比较, 怒山山脉在5个样带尺度的多样性指数上呈现最高水平, 且具有最低的功能冗余度, 说明怒山的研究和保护力度均亟待加强。