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1.
文本挖掘技术在整合蛋白与疾病关系资源中的应用   总被引:3,自引:0,他引:3  
为了整合文献中大量的人类蛋白质与疾病相互关系的信息,通过文本挖掘和通路分析的方法从PubMed中的摘要提取出对应关系后,利用KEGG中的通路信息构建出人类蛋白质和疾病相互的一个网络效应,并构建了查询数据库,用户可以根据蛋白质名称、疾病名称、通路名称来进行多方面的查询。  相似文献
2.
人群中流行的H1N1病毒按其来源可分为两类:人感染的猪H1N1病毒与人类季节性H1N1流感病毒。这两类病毒在流行频率、易感性和致病性等方面存在明显差异。文章收集了1918~2009年间17株人感染的猪甲型H1N1毒株以及21株季节性H1N1毒株,通过序列比对、氨基酸残基保守性分析及3D结构对比等生物信息学方法,揭示造成这两类病毒流行病学和感染性差异的机制。研究发现这两类病毒HA蛋白的进化路径并不相同,且两者具有不同的突变特征,人感染的猪H1N1病毒中,Ca1、Ca2、Sa和Sb四个位点均较为保守,仅Cb位点的突变较快;季节性H1N1病毒仅有Ca1位点较为保守,其他四个抗原性位点均具有较快的突变速率,且较多的突变为新类型的氨基酸。另外,对受体结合位点的研究也显示,这两类病毒的该区域存在5个氨基酸水平的差异(ALA138SER、GLN192LYS、GLN196HIS、ALA198GLU和ALA227GLU),这些位点的差异使得人感染的猪H1N1流感病毒比人类季节性H1N1病毒的易感性更强。这些研究结果可为阐明两类H1N1流感病毒感染性及致病性差异提供更多的信息,并有助于进一步认识H1N1流感病毒的进化机制。  相似文献
3.
目的 通过Bio-HBV生物数据库,针对乙型肝炎病毒(HBV)聚合酶蛋白序列进行多态性分析。方法 构建Bio- HBV生物数据库,获得国际基因序列库中所有完整的聚合酶蛋白并进行比对,采用信息熵评价序列位点的保守性,结合BLOSUM 90评分系统和PAML方法,寻找选择压力下的理化性质异常的氨基酸替换模式。结果 rt266-271内频发理化性质异常的氨基酸替换,并且具有高度的统计学意义。此外,还用生物信息学的方法分析了聚合酶蛋白的TP、RT和RH功能域的保守性。结论 用生物信息学验证了功能域内已知生物学特性位点的保守性,还从结构生物学出发,推测潜在的功能位点及其意义。  相似文献
4.
为了系统地研究卵巢癌病变过程的信号转导模式,综合多种信息构建了完整的人类信号转导网络,发现卵巢癌相关基因在网络中的拓扑学性质与其它基因存在显著差异。将正常、早期卵巢癌和晚期卵巢癌三种状态下的基因表达谱数据映射到信号转导网络中,利用基于共表达改变量的方法,筛选出正常与早期卵巢癌、正常与晚期卵巢癌、早期卵巢癌与晚期卵巢癌间的显著差异模体。通过对显著差异模体进行功能和模式的分析,发现卵巢癌的发生发展主要和信号级联模式的异常相关。另外,还发现AR、PAK6和KPNB1三个基因间信号转导模式的异常和卵巢癌的恶化相关。  相似文献
5.
细胞色素P450(cytochrome P450,CYP)酶存在于所有哺乳动物中,它们从共同的祖先通过基因倍增进化而来,以一种"爆炸性"的趋势形成了庞大的超家族。除代谢脂质等内源性物质外,部分CYP酶还在药物等外源性物质的代谢方面起到重要作用。通过收集和注释哺乳动物CYP酶的序列发现,家族规模发生显著变化的七个活跃亚家族均属于CYP1~4家族,相比之下,非CYP1~4家族的家族规模则基本保持稳定。基于二级结构的预测结果,六段底物识别位点(substrate recognition sites,SRSs)的进化速率在CYP1~4家族中,特别是活跃的亚家族中,也显著快于非CYP1~4家族。同时,SRS1~3的进化速率显著快于SRS4~6,说明SRS1-3在更大程度上决定了CYP酶在进化过程中所获得的新功能。  相似文献
6.
如何防治肝纤维化是目前备受关注的问题,活血化瘀类中药治疗肝纤维化有良好的效果。研究发现,虽然活血化瘀类中药有效组分结构相似性不高,但是理化性质比较相似。与实验阶段药物和中药数据库中全部活性成分相比,活血化瘀类中药有效组分的化学空间分布更接近已知药物,约90%的有效组分符合Lipinski五规则。基于靶点蛋白作用通路的研究发现,活血化瘀中药通过直接作用或间接影响纤维化相关蛋白,并且多靶点多通路协同作用于多条生物路径,直接抑制TNF或间接调控NF-kappaB是其中典型的两条途径。这些研究结果可为阐明活血化瘀类中药的作用机制提供更多信息,有助于进一步筛选抗肝纤维化作用药物。  相似文献
7.
李泽  赵晓飞  沈翔  张国庆  郭景康  王健 《生物信息学》2010,8(4):347-349,355
利用Java AWT和JAI技术绘制生物图像的方法可以使在实验室中得到的生物实验数据自动转化为需要的图谱,并且图像的精确度高。绘制成的图像既可以保存在本地硬盘中,也可以在浏览器中以网页的形式展示出来供研究人员分析使用。该方法目前已在上海生物信息技术研究中心开发的可视化工具MapViewer和主题数据库H2H,SRA中得到应用。  相似文献
8.
目的:针对下一代测序数据,尤其是单端测序数据,研究快速、准确查找Indel的方法。方法:先与全基因组参考序列进行快速比对,筛选出包含Indel的序列;再对这些序列进行双向的二次比对,确定Indel长度;最后借助长度信息在锁定范围内查找Indel的确切位置和相关信息。结果:本文成功构建FIND(Fast INDel detection system)系统,用于从单端测序数据中查找Indel信息。以模拟测序数据作为测试数据,在12X测试数据情况下,FIND的灵敏度和特异性分别为87.71%和99.66%,而且该性能还随着测序倍数的增加而提升。结论:充分利用比对过程获取的信息,在确定Indle长度的同时也确定出其大致位置,最终在局部范围内实现对单端测序数据中Indle的快速而准确的查找。  相似文献
9.
人乳头瘤病毒58型(HPV58)是具有高度致癌危险性的HPV型别之一,在亚洲和非洲等地呈现出特殊的流行状况.由于全球HPV58数据分布零散,加之一些高发地区(如中国内地)数据缺乏,迄今为止尚未有对世界范围内HPV58地理分布的全面分析.本研究对中国内地妇女宫颈癌组织标本进行了HPV58检测,共获得14条HPV58-E6,L1基因序列.对GenBank收录的自1985年起分离的HPV58序列进行了系统地理学分析.结果表明,在上海、江苏和四川等地检出的HPV58-E6,L1序列均与以往来自中国香港、西安和日本等HPV58亚洲株同源.HPV58毒株可能由非洲西部起源,而中国内地及东南亚地区则在接受“根部”来源的变异株之后,成为毒株播散源“中转站”和新的策源地.HPV58型可能与HPV16,HPV18相同,也是宫颈癌发生和散播的主要HPV型别.  相似文献
10.
由于生命科学研究的复杂性,以及系统生物学的面向多个生物学水平进行研究的特点,对大规模、分布式应用资源进行整合是生命科学信息资源建设中面临的主要问题,分布式技术的应用使生物信息资源建设实现了高度的自动化,并行化。本文对分布式集成技术在生物学领域的应用和未来发展做了简要综述。并结合当今技术趋势给出了生物信息学项目进行分布式资源整合的解决方案。  相似文献
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