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1.
文本挖掘技术在整合蛋白与疾病关系资源中的应用   总被引:3,自引:0,他引:3  
为了整合文献中大量的人类蛋白质与疾病相互关系的信息,通过文本挖掘和通路分析的方法从PubMed中的摘要提取出对应关系后,利用KEGG中的通路信息构建出人类蛋白质和疾病相互的一个网络效应,并构建了查询数据库,用户可以根据蛋白质名称、疾病名称、通路名称来进行多方面的查询。  相似文献
2.
蛋白质翻译后修饰对蛋白质成熟、结构和功能多样性有决定性的作用。但蛋白质翻译后修饰的多样性、普遍性、动态性,使传统的生物化学方法在全局水平上理解翻译后修饰非常有限,对它们的研究、特别是大规模的研究长期发展缓慢。现在,在实验研究基础上,借助多方面的生物信息学方法,可以快速高通量的预测和鉴定蛋白质翻译后修饰。一方面,可以从序列角度出发,基于酶识别底物的特异性,用位点权重矩阵、支持向量机等算法,从底物蛋白质序列提取修饰相关的保守序列,并用于预测翻译后修饰位点。这种方法相对成熟,能够取得较理想的预测准确性,但不能反映不同时间不同细胞的翻译后修饰状态。另一方面,可从质谱数据分析出发,有望捕获细胞内翻译后修饰的动态特性。质谱分析的高灵敏度、高准确度和高通量的能力已使建立在质谱基础上的蛋白质组学成为研究翻译后修饰的重要工具,生物信息学方法和质谱蛋白质组学的结合则更可以加速研究翻译后修饰的进程。本文从序列和质谱分析两个角度总结评价了各种翻译后修饰相关生物信息学方法的研究近况,重点讨论利用质谱数据鉴定翻译后修饰的新思路。  相似文献
3.
转录调控是生物学过程中最关键的环节之一,其中顺式调控元件在基因表达调控中发挥了极其重要的作用.本研究通过对公共顺式调控元件的活性和行为进行分析,从而推断"头对头"基因对共表达的原理.用网络组分分析法估测顺式调控元件在不同条件下对基因启动子及其活性的影响.结果揭示了生物系统如何利用这些调控元件调控"头对头"基因对的表达模式和整个转录调控系统.  相似文献
4.
郝沛  余曜  张晓艳  屠康  范海威  钟扬 《中国科学C辑》2008,38(11):1007-1012
转录调控是生物学过程中最关键的环节之一, 其中顺式调控元件在基因表达调控中发挥了极其重要的作用. 本研究通过对公共顺式调控元件的活性和行为进行分析, 从而推断“头对头”基因对共表达的原理. 用网络组分分析法估测顺式调控元件在不同条件下对基因启动子及其活性的影响. 结果揭示了生物系统如何利用这些调控元件调控“头对头”基因对的表达模式和整个转录调控系统.  相似文献
5.
罗若愚  李亦学 《生命科学》2007,19(3):301-305
系统生物学倡导利用系统论的思想和方法,从整体的高度分析、研究生命的复杂特性。这一点与实验生物学仅关注某一个或者某一些生物大分子是迥然不同的。系统生物学既要同时考虑多个层次、多种类型的生物信息,还要考虑时间因素。由于系统特性是由于不同组成部分、不同层次间相互作用而“涌现”出的新性质,因此,如果只是针对组成部分或单一层次的分析并不能真正准确地预测整体或高层次的行为。如何通过研究和整合去发现和理解“涌现”出的新的系统性质,是系统生物学面临的一个根本性的挑战。为了应对这一挑战,系统生物学,特别是计算系统生物学必须建立有效的方法,通过整合系统各个层次的信息,建立可反映该系统目前已知或已可测量的性质的物理、数学模型,并通过这样的模型来研究或预测目前还未知晓的系统性状。可以说:建模是系统生物学的最重要的研究手段之一。目前,生命科学的研究正逐步由对单一现象、单一过程的机械论式的描述型研究转向运用高通量实验技术获取海量生物信息,并在这些生物信息基础上建立物理、数学模型,最终通过建模与实验相接合的研究手段来定量阐述生命现象的本质规律。由于建模方法在系统生物学研究中的重要性,本文将对一些主要的建模类型,如定性建模方法;基于约束的建模方法;基于常微分/偏微分方程的定量建模和基于随机微分方程的定量建模方法等等分别予以简要介绍。  相似文献
6.
基因芯片是目前十分重要的分子生物学研究工具,但不可否认,作为一项新兴的技术,基因芯片正处于不断探索和改进的过程中。本文以Affymetrix基因芯片为例,分析了基因芯片探针注释中存在的探针错配以及探针非特异性两个主要问题。针对这两个问题,本文分Affymetrix官方和其它研究机构两方面对改进措施进行综述,其它研究机构的解决措施又从基因、转录本和外显子三方面展开叙述。最后,本文指出了目前研究的发展趋势,就今后的相关研究提出了一些建议。  相似文献
7.
目的 通过Bio-HBV生物数据库,针对乙型肝炎病毒(HBV)聚合酶蛋白序列进行多态性分析。方法 构建Bio- HBV生物数据库,获得国际基因序列库中所有完整的聚合酶蛋白并进行比对,采用信息熵评价序列位点的保守性,结合BLOSUM 90评分系统和PAML方法,寻找选择压力下的理化性质异常的氨基酸替换模式。结果 rt266-271内频发理化性质异常的氨基酸替换,并且具有高度的统计学意义。此外,还用生物信息学的方法分析了聚合酶蛋白的TP、RT和RH功能域的保守性。结论 用生物信息学验证了功能域内已知生物学特性位点的保守性,还从结构生物学出发,推测潜在的功能位点及其意义。  相似文献
8.
针对现有相关文献中离子通道电生理数据繁多且分散的特点,开发了一套电压门控离子通道电生理实验数据库。数据库中目前主要包括钠离子通道序列数据、调制剂分子结构和序列数据,并收集整理了文献中调制剂和通道相互作用时的电生理学数据和药理学数据。系统实现了数据的收集、录入、存储和查询,为后期进行数据挖掘奠定了基础。用户可以通过网址http://biodb.sgst.cn/DICE对数据库进行访问。  相似文献
9.
基因调控网络模型为深入理解生命本质提供了一个新的研究框架和平台。作为基因调控网络模型的其中一种,互信息关联网络模型使用熵和互信息描述基因和基因之间的关联。本文描述了用互信息度量基因表达相似性的方法,提出基于Bootstrap的互信息估计算法,并对产生的偏离现象提出了改进策略。实验结果表明,改进的互信息估计方法可以有效提高基因表达相似性估计的精确度。  相似文献
10.
由于生命科学研究的复杂性,以及系统生物学的面向多个生物学水平进行研究的特点,对大规模、分布式应用资源进行整合是生命科学信息资源建设中面临的主要问题,分布式技术的应用使生物信息资源建设实现了高度的自动化,并行化。本文对分布式集成技术在生物学领域的应用和未来发展做了简要综述。并结合当今技术趋势给出了生物信息学项目进行分布式资源整合的解决方案。  相似文献
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