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1.
张德礼  季梁  李衍达 《遗传学报》2004,31(5):431-443
采用生物信息学分析与实验确认相结合的技术路线,通过所识别的基因在非冗余数据库比对发现了网上公布的计算机注释人类基因组编码序列存在各种类型的多处错误,包括cDNA水平的一个或一段碱基插入、缺失或突变,或是这些错误的不同排列组合,其中以错误插入为多,往往导致编码氨基酸的移码突变。最先举证了NCBIGENOME Annotation Project预测人类新基因的下列错误类型:(1)开放读码框架(0RF)中错误插入一个碱基造成编码氨基酸移码;(2)错误拼接;(3)开放读框中错误插入一个或一段碱基造成该读框提前终止。只编码N-端氨基酸的cDNA序列而不完整;(4)只有编码c一端氨基酸序列的cDNA而不完整;(5)只是正确基因0RF中间的一段编码蛋白cDNA序列而不完整,缺N-端与C-端氨基酸序列,并且将不完整蛋白氨基酸序列的第一个非起始码氨基酸错误地预测为起始码氨基酸,如将L错误地预测为M;(6)开放读框中错误插入一个或一段碱基造成前面出现不该有的终止码,因而编码蛋白缺开头部分氨基酸;(7)可能将污染基因组序列当作完整基因cDNA序列对待而预测出所谓单一外显子基因。即便真是基因,也只是较长单一外显子mRNA中有一小0RF,而0RF起始码上游同一相位确实存在终止码,无其他特点符合基因条件;(8)所预测基因只有0RF,而0RF两端没有任何EST证据,可据此0RF拼接出受EST和人类基因组双重支持的完整基因cDNA(开放读框上游同一相位有终止码),预示所预测0RF参考序列可能不正确;(9)有EST实验证据支持存在基因的人类基因组序列范围内又被预测出一条相似但更小的蛋白编码基因,因而新预测基因有可能是错误的。  相似文献
2.
张德礼  李衍达  季梁 《遗传学报》2004,31(4):325-334
采用生物信息学分析与实验确认相结合的技术路线,通过所识别的基因在非冗余数据库比对发现了网上公布的计算机注释人类基因组编码序列存在各种类型的多处错误。该策略既有助于发现更多的人类新基因,又有助于纠正美国国家生物技术信息中心(NCBI)基因组注释项目公布的参考序列(REFSEQs)中所存在的错误。比如他们采用基因预测方法通过自动计算分析从NCBIcontig NT_010808预测到两个模式参考序列LOC124919和LOC147007,本该都是C17orf32,但却都是C17orf32的不同错误形式,分别为第1和2类型错误;再如,他们采用基因预测方法通过自动计算分析从NCBIcontig NT_004511预测到3个模式参考序列LOC14907、LOC200084和LOC91126,实际上都是.ZNF362一种基因,却提交了ZNF362的3种不同错误形式,分别为第4、5和7类型错误。本研究利用计算机识别并结合实验验证能够纠正或避免现有的人类基因组编码序列错误。以前公开发表的文献没有明确指出NCBI人类基因模式参考序列存在错误,因此直当慎重看待计算机注释的可能存在各种类型错误的人类基因组编码序列。人类新基因的正确识别和注释仍是一项长期而繁重的任务。  相似文献
3.
雨强和土地利用对黄土丘陵区径流系数及蓄积系数的影响   总被引:2,自引:0,他引:2  
利用人工降雨模拟器,设计不同降雨强度和土地利用方式的区组实验,定量研究了黄土丘陵区雨强和土地利用对降雨产流和蓄积的影响.结果表明:不同雨强对土地利用平均径流系数呈极显著的正效应,雨强与径流系数呈负指数函数关系;不同雨强对土地利用平均蓄积系数也有显著的影响,雨强为1.97、2.14、2.46、2.94和3.75 mm·min-1条件下,土地利用平均蓄积系数分别为0.73、0.62、0.58、0.55和0.44;不同雨强平均径流系数为林地>耕地>栽培草地>天然草地;林地、天然草地、栽培草地和耕地的降雨蓄积系数分别为0.44、0.68、0.66和0.55.在黄土丘陵生态脆弱区草地具有良好的降雨蓄积效果,同时表明林冠层、灌木层和枯枝落叶层对降雨的截留、阻滞和削弱具有显著功效.  相似文献
4.
光合性能选种法研究   总被引:1,自引:0,他引:1  
生物良种的选择,历来是人类最关心的事,本文讨论的是植物的选种方法,我们在品质基本相同的几个品种中选择最优品种.这里最优品种指的就是产量最高者.植物的产量是由光合作用所产生的生物量,所以,光合性能强的物种常为最优品种.本文所介绍的选种方法,就是根据不同品种的光合性能的强弱来研究品种的优劣,而植物光合性能强弱可以通过植物的光合总量来确定.本文计算了三个猕猴桃品种的光合总量,其中光合总量最高者为最优品种(产量最高),这与生产实践完全一致,所以光合性能选种法得到了生产实践的验证.  相似文献
5.
支持向量机在害虫发生量预测中的应用   总被引:1,自引:0,他引:1  
害虫发生量与其影响因子之间具有复杂的非线性和时滞性关系,传统方法不能很好的分析和拟合高度非线性的害虫发生量变化规律,导致预测精度不理想。为了有效构建害虫发生量与其影响因子之间复杂的非线性关系模型,提高害虫发生量预测精度,提出一种基于支持向量机的害虫发生量预测方法。该方法首先通过F测验对害虫发生量的最佳时滞阶数进行确定,并利用最佳时滞阶数对样本进行重构;然后利用前向浮动因子筛选法对害虫发生量的影响因子进行筛选,筛选出对预测结果贡献大的影响因子;最后采用10折交叉验证得到害虫发生量的最优预测模型。采用粘虫的幼虫发生密度数据在Mat-lab7.0平台下对该方法进行测试与分析,实验结果表明,相对于其它预测方法,支持向量机提高了害虫发生量的预测精度,克服了传统方法的缺陷,更适合于非线性、小样本的害虫发生量预测。  相似文献
6.
生产疫苗用细胞系可能具有致瘤性,一些常用的细胞系需要检查不同代次有无致癌性。在建立传代细胞种子库与工作库基础上,对研制生产病毒活疫苗所用8株VERO细胞系在219只裸鼠进行了致癌(瘤)实验。本研究结果表明,VERO细胞染色体核型可发生变异,亚四倍体JA株与超二倍体KA株具有强的致癌性,不能用于致弱活病毒疫苗制备,但可替代HeLa细胞系用作恶性肿瘤阳性对照细胞。筛出无致瘤性的YB、dC、M和JB株亚二倍体VERO细胞系,可替代BHK-21细胞用于狂犬病减毒活疫苗制备。VERO细胞系染色体遗传相对稳定。不同代次变化不大。研究发现细胞染色体遗传特征决定致瘤性质并具有种属特异性,不同核型细胞致瘤性不同,细胞染色体数目变异大小和致癌性成正相关,通过体内外交替选育可在裸鼠体内快速选育成功高变异率肿瘤细胞系。高变异率HeLa或VERO细胞系移植于裸鼠可能产生恶性横纹肌样瘤。因此,应当强调疫苗生产用细胞系致瘤性评价的重要性。  相似文献
7.
采用表达序列标签(EST)介导的基因克隆和表达谱分析,从小鼠心脏克隆了一个cDNA为2 348 bp,主要在心脏表达的新基因Srd5α2l2(GenBank Acc No.AF548365).该基因由12个外显子组成,3′非翻译区富含ATTTA序列,最大开放阅读框编码一个由361个氨基酸组成的假定蛋白,该蛋白质C端含有类固醇5-α还原酶的保守结构域(3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase,STEROID_DH).生物信息学分析表明,人cDNA 克隆DKFZp313D0829(AL833108)是Srd5α2l2的人同源基因.经同源性检索,支持Srd5α2l2的全部41条EST中25条来自小鼠心脏组织.RT-PCR检测初步证实,该基因主要在心脏中表达,而在其他组织中不表达或弱表达.综合考虑Srd5α2l2的序列特征和表达谱,Srd5α2l2可能在心脏组织中发挥重要作用.  相似文献
8.
研究具有迁移效应的Hassell-Varley-Holling功能性反应的捕食者-食饵模型,得到了系统耗散性和持续生存的条件.  相似文献
9.
探究稻曲病菌(Ustiloginoidea virens(Cooke.) Takahashi)黑色(休眠)与黄色(非休眠)厚垣孢子中的环磷酸腺苷(cAMP)最佳提取条件,为进一步的研究cAMP功能奠定基础.采用超声-水浴法对cAMP进行浸提,按3因素3水平正交设计,用高效液相色谱法检测cAMP含量;在设定V(甲醇)∶V(0.05 mol/L KH2PO4)=20∶80、流速为0.8 mL/min、检测波长为254 nm、进样量为20 μL的条件下,以黄绿色厚垣孢子为提取样品,其提取cAMP效果最佳组合条件:超声破碎时间10 min(功率400 W、间歇时间2 s),水浴温度80℃,物料比为1∶100,提取的cAMP为6.827 6 μg/mL.在此最佳条件下,测定出黄色厚垣孢子的cAMP为12.805 0±0.533 2μg/mL,黑色厚垣孢子的cAMP为4.171 7±0.097 1μg/mL.此结果表明,由黄色转换为黑色,其厚垣孢子的cAMP含量显著降低.  相似文献
10.
随着深度测序和基因芯片技术的不断发展,基因组、转录组、表达谱数据大量积累。目前,至少有10多个昆虫的基因组已被测序,30多个昆虫的转录组数据被报道。显然,传统的生物统计学方法无法处理如此海量的生物数据。量变引发质变,生物数据的大量积累催生了一门新兴学科,生物信息学。生物信息学融合了统计学、信息科学和生物学等各学科的理论和研究内容,在医学、基础生物学、农业科学以及昆虫学等方面获得了广泛的应用。生物信息学的目标是存储数据、管理数据和数据挖掘。因此,建立维护生物学数据库、设计开发基于模式识别、机器学习、数据挖掘等方法的生物软件,以及运用上述工具进行深度的数据挖掘,是生物信息学的重要研究内容。本文首先简要介绍了生物信息学的历史、研究现状及其在昆虫学科中的应用,然后综述了昆虫基因组学和转录组学的研究进展,最后对生物信息学在昆虫学研究中的应用前景进行了展望。  相似文献
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