尿蛋白膜保存法与直接冻存法的成本效益分析

为了比较尿液蛋白PVDF膜富集保存法(尿膜)和尿液直接冻存法两种方法的优缺点。通过比较两种方法在时间、所占空间、费用、蛋白降解程度及大样本临床实践性方面的区别。发现在所占空间、电费方面及临床实践性方面尿膜保存法优于直接冻存法,而在时间及耗材花费方面直接冻存法优于尿膜保存法。因此尿蛋白的尿膜保存法比直接冻存法有更强的实际应用价值。     

尿液蛋白生物标志物验证时要考虑的因素

生物标志物是和疾病相关的可监测的变化.尿液因其不受人体稳态调节而比血液更富于变化,是早期、敏感的生物标志物来源.尿液由于受到的各种因素的影响,变化极其复杂,一个排除这些影响的方法就是在动物模型上控制其他影响因素,单独观察每个应用因素的作用,找到与疾病直接相关的尿液变化,并且在选择需要验证的疾病候选标志物时应该考虑是不是已经被发现受到一些常见因素的影响,最后再在临床样本上验证找到的尿液标志物线索与人类疾病的关系.本文拟通过列表形式展示疾病候选标志物受影响因素(生理因素、药理因素)影响的情况,提示验证疾病候选标志物时应该慎重考虑这些蛋白,减少验证的成本和精力,以期更有效地建立起人类疾病与其尿液标志物的相对特异的关系.     

不同微生物大鼠腹腔注射模型尿液蛋白组学的比较

不同的微生物都可以引起腹腔感染,文中尝试利用尿液来区分不同的微生物感染。通过在大鼠腹腔内分别注射大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和白色念球菌建立3种模型,收集感染后0、12、36、72 h的尿液,并使用液相色谱串联质谱技术 (LC-MS/MS) 对尿蛋白进行分析。与感染前相比,在大肠杆菌腹腔注射模型中共鉴定到69个差异蛋白,在金黄色葡萄球菌腹腔注射模型中共鉴定到31个差异蛋白,在白色念球菌腹腔注射模型中共鉴定到38个差异蛋白。结果表明,腹腔注射不同的微生物时尿蛋白质组不同,提示尿液可能对不同的腹腔感染有鉴别诊断的潜能。     

尿液作为新型生物标志物来源的探索

机体各种变化是生物标志物研究的核心内容.因为机体固有的稳态调控机制,在血液中早期产生的变化容易被清除.而在尿液中不存在稳态调控机制,允许容纳更多的变化因素存在.尤其在疾病发生的早期阶段,从尿液中更有可能发现新型的早期生物标志物.在尿液生物标志物研究中,亦应当考虑药物的影响.使用尿液生物标志物研究路线图,能够有效规避各种影响因素对于尿液生物标志物研究的干扰;同时,结合膜处理新技术,有利于经济、高效地大规模收集尿液样本,促进尿液生物标志物的大规模研究.另外,本文介绍了最容易在尿液中体现出变化的肾脏疾病生物标志物的研究进展.尿液生物标志物的研究,将赋予人类在疾病预防、诊断、治疗及预后监测等诸多方面实现更多进步的可能性.     

尿蛋白质组学在肾脏疾病研究中的应用

长期以来,肾脏病的治疗进展一直十分缓慢,这是因为目前一些肾脏病在诊断分型上存在很多缺陷,分型通常只能依靠细微的组织病理学差异,这使早期诊断、预后追踪以及疗效观察都十分困难。如果能发现像肌钙蛋白一样特异的生物学标志物,将有助于提高肾脏病的诊疗水平。由于尿液与泌尿系统之间存在着天然的联系,这使得尿液在反映泌尿系统功能方面具备"地理"优势。因此,尿蛋白质组学的兴起和发展为肾脏病及其他泌尿系统疾病的研究开启了一扇新的大门。该文综述了尿蛋白质组学技术的发展及其在各种泌尿系统疾病研究中的应用。     

泛素连接酶LNX1的表达、活性测定和功能初探

目的:在大肠杆菌中表达重组人泛素连接酶LNX1,并研究其对钾离子通道蛋白Kv1.4的泛素化作用。方法:构建人LNX1重组蛋白原核表达载体pGEX-LNX1,在大肠杆菌中通过IPTG诱导表达重组蛋白,表达产物经GSTrap FF纯化,并通过体外泛素化(in vitroubiquitination)方法测定其泛素连接酶活性,同样用体外泛素化方法研究其对含有Kv1.4的C端的人工底物的泛素化。结果:获得了纯化的有泛素连接酶活性的重组人LNX1蛋白,重组LNX1可以在体外泛素化体系中泛素化含有Kv1.4的C端的人工底物。结论:重组人LNX1原核表达成功,具有泛素连接酶活性,并催化Kv1.4的泛素化。     

尿液有可能成为生物标志物的金矿吗?

生物标志物的研究没有像很多人预想的那样很快地取得很多成果.人们主要关注的还是血液中的标志物,毕竟血液和所有的器官都联系的那么直接和紧密.有可能寻找标志物的地方不合适吗?有可能有更好的生物标志物金矿吗?稳定的内环境是高等生物的生存优势.血液更倾向稳定,而尿液是血液经过肾脏而生成,尿液完全没有稳定的必要性和机制.一个被引入到血液的变化,会被肝肾等器官利用各种机制把血中的这个变化缩小,所以尿液有可能比血液更能体现这个引入的变化.当然这也决定了影响尿液的因素会很多.除了所研究的疾病的标志物,还有很多可能的干扰因素.影响     

通过筛选随机多肽文库研究ZO-1中PDZ1结构域的配体结合特点

选择ZO-1的PDZ1结构域作为研究对象,以酵母双杂交为筛选系统,筛选随机多肽文库和与其它PDZ结构域的配体进行相互作用,阐明ZO-1 PDZ1的配体结合特性.ZO-1 PDZ1识别配体C末端保守的氨基酸序列通式可以表示为：［S/T］［F/Y/W］［V/I/L/C］-COOH、［S/T］［K/R］V-COOH、V［F/Y/W］［L/C］-COOH、EYV-COOH.研究发现ZO-1 PDZ1的配体同时具有3种传统PDZ结构域配体的特点,不同的是其结合配体-1位对芳香族氨基酸具有强烈的偏好性.并且某些PDZ结构域配体的-1位和-3位对结构域与配体相互作用的特异性和亲和力有重要的作用.随后通过生物信息学的方法在Swiss-Prot数据库找到与此识别规律相符合的天然人类蛋白质.根据蛋白质的功能和细胞定位等性质选择10个配体用酵母双杂交验证相互作用.证实的相互作用配体有4个.本研究希望用这样的研究策略建立一种有效的研究蛋白质相互作用的方法,通过在全蛋白质组规模上对含有结合配体保守氨基酸序列的蛋白质的查询,理论上可以找到现有数据库中所有可能与目的结构域结合的潜在配体蛋白,特别是那些筛选cDNA文库不容易获得的低丰度配体.     

利用随机多肽文库研究ZO-1中PDZ3结构域的配体结合特点

建立一种研究PDZ结构域配体结合特点的简单方法 .利用酵母双杂交技术从随机多肽文库中寻找所有可能与ZO 1中PDZ3结构域结合的C末端序列 ,从现有蛋白质数据库中检索所有具有该C末端蛋白 .利用液体培养物 β 半乳糖苷酶检测实验 ,比较文库中筛选的C末端序列和已知的PDZ3结构域结合配体———JAM的C末端 (SFLV)与PDZ3结构域结合的强弱 .共筛选到 3个阳性克隆 ,其C末端序列分别为 LGWV、 LVWV和 DEWV .前 2者属于第二类PDZ结构域 ,后者属于第三类 .蛋白质数据库检索结果表明 ,有多个蛋白质具有 LGWV、 LVWV末端 ,没有检索到任何具有 DEWV末端的蛋白质 .结合强度实验结果表明 ,它们与PDZ3结构域结合强度依次为 DEWV > LGWV > LVWV > SFLV ,说明筛选的 3个C末端除了反映ZO 1中PDZ3结构域可能的潜在结合配体外 ,也有可能成为JAM蛋白阻断性试剂甚至药物的重要组成部分之一 .利用随机多肽文库 ,可以尽可能寻找所有可能与PDZ结构域结合的C末端序列 ,大大提高了基因文库筛选的效率     

几种肿瘤生物标志物研究方法及结果的比较

在肿瘤的预防、诊断和治疗中,生物标志物有着极其重要的作用。生物标志物的研究可以通过人或者动物模型的体液、组织或细胞等进行。体液包括血液与尿液等,研究者们主要关注血液,对于尿液不够重视,但理论上尿液不受机体稳态机制的调控,应该可以更早更敏感地反映机体因疾病所产生的变化,是生物标志物更为理想的来源。研究者们也直接从细胞培养的条件培养基、组织或者器官灌流液等处寻找差异蛋白质作为候选标志物。本文试图通过对肿瘤细胞的条件培养基、大鼠模型肝脏灌流液、尿液筛选差异蛋白质作为生物标志物的结果和方法进行比较,分析三者的优缺点,为以后的标志物研究提供线索。