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随着流感病毒基因组测序数据的急剧增加,深入挖掘流感病毒基因组大数据蕴含的生物学信息成为研究热点。基于中国流感病毒流行特征数据,建设一个集自动化、一体化和信息化的序列库系统,对于实现流感病毒基因组批量快速翻译、注释、存储、查询、分析具有重要的应用价值。本课题组通过集成一系列软件和工具包,并结合自主研发的其他功能,在底层维护的2个关键的参考数据集基础上另外追加了翻译注释信息最佳匹配的精细化筛选规则,构建具有流感病毒基因组信息存储、自动化翻译、蛋白序列精准注释、同源序列比对和进化树分析等功能的自动化系统。结果显示,通过Web端输入fasta格式的流感病毒基因序列,本系统可针对参考序列片段数据集(blastdb.fasta)进行Blast同源性检索,可以鉴定流感病毒的型别(A、B或C)、亚型和基因片段(1~8片段);在此基础上,通过查询数据库底层用于翻译、注释的基因片段参考数据集,可以获得一组肽段数据集,然后通过循环调用ProSplign软件对其进行预测。结合精细化的筛选准入规则,选出与输入序列匹配最好的翻译后产物,作为该输入序列的预测蛋白,输出为gbk,asn和fasta等通用格式的文件,给出序列长度、是否全长、病毒型别、亚型、片段等信息。基于以上工作,另外自主研发了系统其他的附加功能如进化树分析展示、基因组数据存储等功能,构建成基于Web服务的流感病毒基因组自动化翻译注释系统。本研究提示,系统高度集成系列软件以及自有的注释翻译数据库文件,实现从序列存储、翻译、注释到序列分析和展示的功能,可全面满足我国高通量基因检测数据共享化、本土化、一体化、自动化的需求。 相似文献
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MicroRNAs(miRNAs)是一类约20~25nt的小分子核苷酸,在细胞内的多种生物学过程,如细胞增殖、凋亡、生长、分化和代谢等过程中具有重要的功能。已知miR-27在脂肪细胞和肌肉细胞的发育过程中起了重要作用,其在神经细胞中的表达调节至今仍不清楚。在本研究中,通过miRBase和TargetScan数据库分析了miR-27的靶基因,构建了miR-27的真核表达载体,改造了萤火虫荧光素酶和海肾荧光素酶报告载体,将miR-27的靶基因Bmi1的3′-UTR融合到报告载体中,转染神经胶质瘤细胞,利用双荧光素酶检测系统分析荧光素酶的活性。研究发现miR-27a和miR-27b共同的靶基因主要调节发育过程。MiR-27真核表达载体能产生成熟态的miR-27。MiR-27a、miR-27b或miR-27a和miR-27b联合与Bmi1的3′-UTR的正义序列共转染U343细胞能明显降低萤火虫荧光素酶的活性(分别P0.05,P0.05,P0.01),这提示了Bmi1可能为miR-27的靶基因。 相似文献
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正常草原兔尾鼠的血象 总被引:3,自引:1,他引:3
草原兔尾鼠是一种新开发的实验动物。本文首次报道了在人工驯养和繁殖条件下,测定了119只该鼠正常血象值及血细胞大小。血象结果,性别间、不同采血时间亦无显著性差异;不同年龄组,仅血小板值有显著性差异,高年龄组稍有增加。 相似文献
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SD大鼠体外受精与早期胚胎体外培养体系的初步建立 总被引:3,自引:2,他引:1
目的改造IVF-30和HTFplus培养液,观察在改造后培养液里卵的受精和早期胚胎的发育状况,寻找适合SD大鼠体外受精和早期胚胎培养的实验体系。方法采用两种方法(超数排卵及体内成熟)采集成熟卵母细胞用于体外受精。选择两种商品化的培养液IVF-30(Vitrolife),HTFplus(Lifeglobal)。分别在以上的培养基中增加10、20、30mmol/L的NaCl,将培养液的渗透压提升至325~355mOsM之间,观察在改造前与改造后的培养液内SD大鼠卵母细胞受精率和囊胚发育率等指标。结果经改造的培养液HTFplus和IVF-30,体外受精率分别从13%、15%提升至70%、67%。改造后的IVF-30和HTFplus的2细胞,大于4细胞及囊胚的发育率分别为85%,74%,22%;96%,75%,32%。HTFplus,IVF-30经过改造后更适合于SD大鼠的体外受精及早期胚胎培养。与超排相比较更多的在自然周期的体内成熟卵母细胞(16%,28%)发育到了囊胚。结论成功建立了SD大鼠的体外受精和体外培养系统。 相似文献
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目的:探讨吻合器痔上黏膜环形切除术治疗混合性痔的远期临床疗效。方法:选取我院收治的混合性痔患者90例,随机分为对照组及实验组,对照组以传统痔体剥离结扎术方案治疗,实验组以吻合器痔上黏膜环形切除术治疗。比较两组患者手术时间、出血量、住院时间、止痛药量、术后出血量、瘢痕增生、肛门功能及术后6到12个月的复发率等情况,其数据结果应用统计学软件SPSS 17.0处理。结果:与对照组比较,实验组术中时间、出血量、住院时间、止痛药量、瘢痕增生及复发率均低于对照组(P0.05),实验组肛门功能高于对照组(P0.05)。结论:吻合器痔上黏膜环形切除术对肛管黏膜损伤小,痔体切除完全,愈合迅速,吻合钉固定可靠,瘢痕规整,愈后康复痛苦小,远期复发率低,临床疗效理想,可作为临床治疗的首选方案。 相似文献
6.
流感传播速度快,病原变异频繁,影响范围广,对其快速反应与防范对全球来说仍然是一个严重的挑战。医疗卫生和高通量测序技术的组合产生了非常复杂可变的海量的异质异构数据集,对其实现整合挖掘分析是个重要任务。现有逐级上报方式的流感监测体系存在分析结果滞后(1~2周)的问题,与流感病毒变异和传播速度快形成尖锐矛盾。因此,实时而全面的了解其流行动态非常必要。基于以上原因,建立统一的大数据平台,整合不同来源、不同结构的监测数据和特定算法及模型,对信息加以分析利用,并对病毒的流行、发展、变异、控制和反馈进行全生命周期的监控,通过时间、地域、环境和病毒之间的关联性等综合分析,形成一个高效安全、快速稳定,且准确及时的流感地理信息图谱预测预警系统,成为提升流感中心信息管理水平的必由之路。 相似文献
7.
人绒毛膜滋养层细胞(HTR8/SVneo)是胎盘建立血液循环的重要组成部分,过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα)是调节脂代谢的关键转录因子亚型,本研究旨在研究PPARα对人绒毛滋养层细胞功能的影响。将构建的PPARα表达载体和PPARα小干扰RNA分别转染HTR8/SVneo细胞,检测细胞功能的变化。本实验采取EdU法和MTT法检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞凋亡,transwell小室法检测细胞迁移和浸润能力。结果显示,PPARα过表达能抑制滋养层细胞增殖、迁移和浸润能力,促进细胞凋亡能力;敲低PPARα能促进细胞的增殖、迁移和浸润能力,抑制细胞凋亡能力。PPARα表达水平与其对细胞生长和迁移的影响负相关。 相似文献
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近年来, CRISPR/Cas9技术被迅速应用于生物学研究的各个领域。miRNA-125a已被证实与生殖密切相关,研究者在自然流产的患者中发现了异常的miRNA-125a。该研究利用CRISPR/Cas9技术在人绒毛膜滋养层细胞HTR8-S/Vneo中对miRNA-125a进行了定点编辑。对于定点敲除,我们首先在pX458表达载体的基础上额外引入一组启动子和sgRNA骨架序列用于片段敲除,此后分别设计用于单点敲除和片段敲除的sgRNA进行表达载体的构建,表达载体转染HTR8细胞后通过流式分选和T7EI酶切鉴定阳性单克隆;对于定点敲入,我们在体外构建供体载体,与CRISPR表达载体共转染HTR8细胞,通过流式分选和PCR鉴定阳性单克隆。DNA测序结果显示,敲除及敲入阳性单克隆细胞系在指定区域的碱基序列发生了改变; RT-qPCR结果显示,阳性单克隆细胞系中mi RNA-125a-5p和mi RNA-125a-3p的表达量较野生型也发生了相应变化;体外实验还显示, miRNA-125a有抑制HTR8-S/Vneo细胞系增殖及迁移的功能。研究证实, CRISPR/Cas9技术在细胞系中编辑mi RNAs是有效可行的,且对于miRNA-125a的定点敲除,片段敲除的效果要好于单点敲除。 相似文献
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考察了渤海海域表层沉积物中砷的含量、分布及赋存形态,评估了沉积物中砷的生态风险,初步探讨了影响沉积物中砷分布的环境化学因子。结果表明,渤海海域表层沉积物中总砷浓度变化范围为9.77~20.60 mg·kg-1,平均浓度为13.33±2.55 mg·kg-1。表层沉积物中总砷的空间分布呈现出由近岸向中部逐渐递减趋势,具有西部高,东部低的特点;各个海区之间总砷含量差异显著,渤海湾和莱州湾海区表层沉积物中总砷含量相对较高。渤海表层沉积物中砷的主要形态为挥发性硫化物、碳酸盐或与无定型铁锰氧化物结合态;沉积物中砷具有一定的生态风险。渤海表层沉积物中砷含量与水体温度、磷浓度、溶解氧含量、pH、沉积物中铁含量和有机质含量呈显著的相关关系。水环境因子和沉积物的理化性质可能对沉积物中砷的分布具有重要影响。 相似文献
10.
从淡水食毒藻鱼类鲢鱼(Hypophthalmichthys molitrix)肝脏,通过简并引物克隆解偶联蛋白2(uncoupling protein 2,UCP2) cDNA核心序列,应用5′RACE和3′RACE技术分别扩增该序列的5′末端和3′末端序列,最后通过序列拼接获得鲢鱼肝脏UCP2 cDNA全序列。序列分析结果表明,鲢鱼肝脏UCP2 cDNA全长1 452 bp,其中5′-UTR长337 bp,3′-UTR长182 bp,编码区933 bp,编码310个氨基酸,推测的氨基酸序列包含线粒体内膜载体蛋白3个特征结构及解偶联蛋白(UCPs)的特征序列。对鲢鱼不同组织UCP2的表达调控研究发现,鲢鱼组织UCP2基因在肠道、肝脏、肌肉、脂肪组织均大量表达,而在脑组织表达量较低,这与鲢鱼体内微囊藻毒素在这几个组织的分布完全一致,表明UCP2的功能可能与抑制微囊藻毒素引发过量活性氧(ROS)生成有关。 相似文献