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1.
糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ~2-pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ~2-pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景.  相似文献   
2.
摘要 目的:探讨血清肿瘤异常蛋白(TAP)、三叶因子3(TFF3)与晚期胃癌患者应用含奥沙利铂化疗方案敏感性和预后的关系。方法:选择2017年1月至2020年1月河北大学附属医院收治的115例晚期胃癌患者,所有患者接受含奥沙利铂化疗方案治疗,根据疗效分为敏感组(47例)和耐药组(68例)。化疗前检测血清TAP、TFF3水平,受试者工作特征(ROC)曲线分析TAP、TFF3预测晚期胃癌患者接受含奥沙利铂化疗疗效的价值。治疗后随访,Wilcoxon检验不同血清TAP、TFF3表达下晚期胃癌患者中位OS时间差异。结果:耐药组血清TAP、TFF3水平高于敏感组(P<0.05)。TAP、TFF3预测晚期胃癌患者含奥沙利铂化疗耐药的曲线下面积分别为0.717、0.690,联合TAP和TFF3预测晚期胃癌患者含奥沙利铂化疗耐药的曲线下面积为0.801,高于单独TAP、TFF3单独检测。随访期间失访2例,死亡54例,高水平TAP、高水平TFF3晚期胃癌患者中位OS时间短于低水平TAP、低水平TFF3晚期胃癌患者(P<0.05)。结论:对含奥沙利铂化疗耐药的晚期胃癌患者血清TAP、TFF3水平显著增高,高水平TAP、TFF3晚期胃癌患者中位OS时间较短,联合检测血清TAP和TFF3可预测晚期胃癌患者化疗反应性和预后。  相似文献   
3.
基于机器学习的高精度剪接位点识别是真核生物基因组注释的关键.本文采用卡方测验确定序列窗口长度,构建卡方统计差表提取位置特征,并结合碱基二联体频次表征序列;针对剪接位点正负样本高度不均衡这一情形,构建10个正负样本均衡的支持向量机分类器,进行加权投票决策,有效解决了不平衡模式分类问题. HS~3D数据集上的独立测试结果显示,供体、受体位点预测准确率分别达到93.39%、90.46%,明显高于参比方法.基于卡方统计差表的位置特征能有效表征DNA序列,在分子序列信号位点识别中具有应用前景.  相似文献   
4.
陈渊  丰锋  袁哲明 《昆虫学报》2011,54(5):609-614
昆虫自动识别是重要的新兴研究领域, 其中特征筛选与恰当地将多分类转化为二分类是两个关键步骤。本文基于支持向量分类, 提出了一种新的多类昆虫自动鉴别方法: 先以初始样本互作转换将多分类转化为二分类, 再以可交换核函数消除互作样本中初始样本排列顺序不同的影响, 继以非线性筛选去除无关特征与冗余特征并给出各保留特征相对重要性排序, 最后以简单投票决策校正独立预测结果。新方法应用于2科7种蝶类自动鉴别, 以前翅9个翅脉交叉点距离为初始特征, 种、科阶元26、24个随机初始测试样本均获得了100%的准确鉴别。新方法在昆虫自动识别等多分类领域有广泛应用前景。  相似文献   
5.
采用结扎SD大鼠左冠状动脉前降支模型,术后一周开始应用人参与电针治疗2周,大鼠的室颤阈(VFT)明显升高。证明人参与电针均可有效防治心梗后期实验性心律失常。通过受体药理分析发现:人参与电针均明显降低缺血性心肌对异丙肾上腺素(ISO)致颤的敏感性。人参与电针防治心梗后期心律失常的机制可能系通过对β受体的调节作用  相似文献   
6.
盐分、温度及其互作对羊草种子发芽率和幼苗生长的影响   总被引:13,自引:2,他引:11  
马红媛  梁正伟  孔祥军  闫超  陈渊 《生态学报》2008,28(10):4710-4717
羊草是多年生优质牧草,也是中国松嫩平原的优势建群植物。研究了羊草种子在8种浓度(0、50、100、150、200、300、400和500mmol/L)NaCl胁迫及将胁迫解除后在3种变温(16/28℃、5/28℃和5/35℃)条件下的发芽率以及幼苗的生长变化。双因素方差分析表明,NaCl胁迫解除前后盐浓度、温度及其互作均极显著影响羊草种子萌发和幼苗生长。胁迫解除前,在3种温度下,羊草种子发芽率最高出现在没有盐胁迫的条件下,随着NaCl浓度的增加,发芽率呈下降趋势。5/28℃下,NaCl溶液对种子萌发抑制最小,浓度达到200mmol/L时,仍有25.3%的种子萌发;在5/35℃下,对种子萌发抑制作用最大,浓度超过100mmol/L时,种子萌发被完全抑制;16/28℃的处理介于二者之间。胁迫解除后,羊草种子在3种温度下发芽趋势不同。16/28℃下表现为NaCl浓度较大的处理发芽率较高,5/28℃下则呈先上升(0~150mmol/L)后基本保持不变趋势;5/35℃下则呈先上升后下降趋势。盐胁迫下,羊草幼苗在16/28℃变温下生长最好,其次为5/28℃,5/35℃生长最差。盐胁迫解除后,16/28℃和5/28℃下,0~100mmol/LNaCl处理的幼苗根长和苗长随浓度增加而显著上升,大于此浓度变化较小;在5/35℃下,100mmol/LNaCl处理的幼苗根长和苗长最大,而浓度大于100mmol/L时,则随着NaCl浓度增加呈下降趋势。  相似文献   
7.
Pannexin1 (PANX1)是一个可以通透包括ATP在内的多种化合物以及离子的离子通道蛋白.它可以在细胞凋亡、炎症等多种生理现象中起到重要的作用,被认为是一个具有潜力的治疗靶点.若要将其当作治疗靶点,需要对其作为离子通道的特性有较为深刻的认识.此前针对该离子通道的研究有诸多限制,随着近几年冷冻电镜技术的发展,对离子通道的研究发展到了一个新的阶段.受益于冷冻电镜技术,PANX1蛋白的结构被解析出来,包括激活机制、离子通路以及小分子抑制剂的阻断机制在内的多个问题有了阶段性的解答.本文旨在从结构生物学的角度,介绍该离子通道的一些基础特性,并分析目前该蛋白质研究上所遇到的问题,为将来的工作提出重点研究目标.  相似文献   
8.
磷酸化是蛋白质翻译后的主要修饰,可分为激酶特异性和非激酶特异性两种类型.以非激酶特异性磷酸化位点Dou数据集为基础,本文发展了一种基于位置的卡方差表特征χ2-pos,融合伪氨基酸序列进化信息PsePSSM表征序列,构建正负样本均衡的支持向量机分类器,S, T, Y独立测试Matthew相关系数、ROC曲线下面积分及准确率分别达到了(0.59、0.87、79.74%),(0.55、0.85、77.68%)和(0.50、0.81、75.22%),明显优于文献报道结果. χ2-pos、PsePSSM两种特征的融合在蛋白质磷酸化位点预测中有广泛应用前景.  相似文献   
9.
四种沙埋深度对羊草种子出苗和幼苗生长的影响   总被引:5,自引:0,他引:5  
马红媛  梁正伟  闫超  陈渊  黄立华 《生态学杂志》2007,26(12):2003-2007
模拟羊草种子自然埋藏深度状况,设计了0、1、2和3cm共4种沙埋深度实验,研究了其出苗率及幼苗生长对沙埋深度的响应。结果表明,羊草种子出苗率随埋深的增加呈下降趋势,0cm时出苗率最高为89.3%,1和2cm时分别为81.5%和78.5%,3cm时最低(73.5%),与前三者具有显著差异。埋深对地上株高生长动态的影响主要表现在,播种后25d,0~2cm处理的羊草幼苗地上株高均高于3cm处理;播种后36d,4种处理的地上株高没有显著差异。此外,随着埋深的增加,羊草幼苗的根长、根数、根冠比呈先上升后下降趋势,叶片数呈下降趋势,绝对株高则呈上升趋势。表明1~2cm沙埋深度更适宜于羊草种子出苗及幼苗生长,而0或3cm埋深不利于其出苗和幼苗生长。  相似文献   
10.
医学图像的三维可视化可以通过可视化工具包(VTK)提供的API实现。VTK是医学图像可视化的开法工具包,它把可视化的算法封装起来,利用简单的代码生成所需图形。基于VTK的医学图像三维可视化系统阐述了如何借助VTKAPI读入二维医学图像序列、操作二维图像、重建三维图像以及进行三维图像可视化的全套方案,为临床医生的诊断、治疗提供了有益的途径。  相似文献   
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