人工辅助投食对滇金丝猴肠道微生物群落的影响

【背景】肠道菌群与宿主的消化吸收、免疫抵抗和行为等息息相关,并受宿主的饮食、生活环境等因素影响。【目的】人工辅助投食能增加野生动物的营养摄入,但对其肠道菌群影响的研究较少。【方法】以云南白马雪山国家级自然保护区内的野生和人工辅助投食滇金丝猴群的新鲜粪便为材料,通过高通量测序探究人工辅助投食对猴群肠道菌群的影响。【结果】人工辅助投食的猴群肠道菌群丰富度、均匀度及谱系多样性更高,并且个体间群落组成差异更小。通过多级物种差异判别分析(linear discriminant analysis effect size, LEfSe)分析发现,人工辅助投食对20种不同分类水平的细菌相对丰度有影响,包括提升了厚壁菌门(Firmicutes)等8种类群的相对丰度,降低了变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)等12种类群的相对丰度。通过构建微生物相关网络发现,野生猴群肠道菌群网络结构更加复杂,鲁棒性更高。京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)功能预测结果表明,人工辅助投食降低了猴群肠...     

细菌高通量数据荟萃分析的可行性研究

细菌作为重要的分解者，对于生态系统功能至关重要，其群落多样性一直是生态研究的热点。通过荟萃分析，整理已发表的细菌高通量数据，已经取得一些重要的全球性研究结果。这些荟萃分析的核心是将不同引物来源序列提取统一区段，进行细菌群落分析，但该方法的可行性和准确性还一直未被探究。本研究使用了含有三种引物扩增的同一细菌16S rRNA高通量数据，分析了不同引物和提取统一区段后细菌群落情况。结果显示，不同引物以及提取统一区段后，得到细菌群落组成和多样性显著不同，且提取同一区段后的群落主要受原始引物的影响较大。该研究表明，细菌高通量数据荟萃分析中，引物差异会影响其统一分析的群落结果，荟萃方法需要慎重使用。