青鱼野生与养殖群体遗传变异的微卫星分析

研究利用自主开发的12个微卫星标记, 对来自于长江水系4个野生群体(湖北石首、湖南湘江、江苏邗江、浙江嘉兴)和1个养殖群体(江苏吴江)青鱼(Mylopharyngodon piceus)进行遗传多样性和遗传结构分析。遗传多样性分析结果显示这12个位点多态信息含量(PIC)介于0.660—0.923, 表明这12个位点均具有高度多态性(PIC>0.5)。5个群体的平均等位基因数(N_a)介于7.917—11.667, 平均有效等位基因数(N_e)介于4.837—6.035; 平均观测杂合度介于0.713—0.861; 平均期望杂合度介于0.749—0.819; 平均多态信息含量介于0.711—0.788, 表明这5个群体均具有较高的遗传多样性。遗传距离分析结果表明4个野生群体之间遗传距离较近, 养殖群体与这4个野生群体遗传距离均较远。UPGMA系统进化树显示, 湘江群体和石首群体首先聚为一支, 然后与邗江群体和嘉兴群体聚为一支, 最后与吴江养殖群体聚为一支。这12个微卫星位点具有较为丰富的遗传多样性特征, 可以用于青鱼不同群体的种质资源的评估和遗传多样性的分析。     

青鱼微卫星标记的开发与特性分析

青鱼(Mylopharyngodon piceus)是中国最为重要的淡水养殖鱼类。开发青鱼的微卫星标记能为青鱼的遗传多样性分析提供更多工具。本研究使用磁珠富集法,利用生物素探针(CA)10和(GACA)6,富集得到青鱼基因组微卫星片段,进一步通过设计微卫星引物检验其在青鱼原种群体中的有效性和多态性水平。结果显示,所构建文库中849个克隆含有微卫星序列,通过利用PCR技术在吴江原种青鱼36个个体中进行多态性筛选,获得了25个多态性微卫星位点。其平均等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne)分别为7.08和3.526,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.602和0.619,平均多态信息含量(PIC)为0.568。其中,Mp23、Mp27和Mp35这3个位点极显著偏离哈迪-温伯格平衡(P 0.01)。本研究开发的微卫星标记能为青鱼种质资源的评价和保护等研究提供工具。     

草鱼野生群体遗传变异的微卫星分析

利用12个微卫星标记,对来自长江水系(邗江、吴江、九江、石首、木洞和万州)、珠江水系(肇庆)和黑龙江水系(嫩江)的8个草鱼野生地理群体进行了遗传多样性及遗传结构等分析。遗传多样性分析显示,12个微卫星位点均为高度多态位点(PIC=0.755~0.930),8个草鱼野生群体显示出较高的遗传多样性水平(Ho=0.839~0.893),其中长江水系的6个群体和肇庆群体的多样性水平高于嫩江群体。瓶颈效应分析显示,嫩江、肇庆群体及2个长江上游群体(木洞、万州)近期出现了瓶颈效应,群体数量发生下降。群体间遗传分化指数FST及AMOVA分析显示,群体间出现极显著遗传分化(P<0.01),整体分化水平较低(FST<0.05)。遗传距离分析结果显示,长江水系的6个群体与肇庆群体遗传距离较近,与嫩江群体较远;基于此的UPGMA聚类树显示,长江水系下游、中游和上游的群体依次聚类,然后与肇庆群体聚类,最后与嫩江群体聚类,遗传距离与地理距离呈现出较强的正相关性。遗传结构分析显示,所有样本被划分为5个理论群,肇庆和嫩江群体中个体的遗传结构相对独立,而长江上游、中游和下游群体中个体的遗传结构则存在一定程度的混杂。综上所述,中国草鱼野生资源具有较高的遗传多样性,地理群体间存在遗传分化,具有进一步遗传改良的潜力;但部分群体出现的瓶颈效应也需要引起重视。     

我国草鱼野生群体D-Loop序列遗传变异分析

利用线粒体DNA的D-Loop区序列,对来自长江水系(邗江、吴江、九江、石首、木洞和万州)、珠江水系(肇庆)和黑龙江水系(嫩江)的8个草鱼野生群体开展了遗传变异分析。在424尾鱼中检测到34个变异位点,34个单倍型,单倍型多样性介于0.474—0.708。群体间Kimura双参数遗传距离介于0.0020—0.0049。长江下游3个群体间遗传距离最近,遗传分化不显著(P0.05);肇庆群体与长江上游3个群体遗传距离较近,与九江群体遗传分化不显著(P0.05);嫩江群体与长江上游2个群体遗传距离较近,与万州群体遗传分化不显著(P0.05)。遗传距离与地理距离存在极显著正相关(R=0.61,P0.01)。分子方差分析显示,不同流域间遗传变异占总变异26.24%,差异极显著(P0.01)。34个单倍型分为2个分支,分化极显著(FST=0.644,P0.01),推测分化时间为第四纪更新世纪晚期。