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【背景】植物乳植杆菌(Lactiplantibacillus plantarum) P-8是一株具有优良益生特性的乳酸菌,探究其短期连续传代过程中的遗传稳定性对评估其加工生产的稳定性有着重要的指导作用。【目的】研究植物乳植杆菌P-8在37℃恒温环境下、MRS培养基中连续传代100代过程中的遗传稳定性。【方法】在MRS培养基、37℃恒温环境下将植物乳植杆菌P-8连续传代100代,测定不同代菌株(第0、25、50、75和100代)的菌体形态和碳水化合物利用能力,并利用二代、三代测序相结合的技术完成不同代菌株全基因组测序,通过比较基因组学综合分析其在连续传代100代过程中的遗传稳定性。【结果】植物乳植杆菌P-8在连续培养100代过程中,其菌体形态和碳水化合物利用能力均无明显变化。以植物乳植杆菌P-8的原始菌株基因组作为参考,比较分析了不同代菌株的基因组稳定性,发现菌株均有单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点存在,但数量较少(SNP位点<21个)。不同代菌株基因组共线性良好,具有极高的相似性,且不同代菌株碳水化合物活性酶注释结果无显...  相似文献   
2.
【目的】副格氏乳杆菌(Lactobacillus paragasseri)作为格式乳杆菌(Lactobacillus gasseri)的近源物种,是肠道、生殖道重要菌种之一。本研究团队前期发现L. paragasseri IMAU FB017具有良好的胃酸和胆盐耐受性,拟从基因组水平解析IMAU FB017的遗传背景和功能基因特征,并挖掘潜在益生特性基因,为其开发利用奠定遗传学基础。【方法】采用Nanopore和Illumina两种测序技术完成了IMAUFB017全基因组测序及完成图组装,并结合NCBI已公开的18株L.paragasseri基因组序列进行比较基因组学分析。利用Roary软件识别核心基因集与泛基因集;采用Rapid Annotation using Subsystem Technology (RAST)网站对基因组进行功能注释,以探究IMAU FB017基因组特征。【结果】结果显示IMAU FB017基因组包含1条环状染色体和1个质粒,其中环状染色体大小为1 880 023 bp,GC含量为34.90%,包含1 851个蛋白质编码区(protein-coding seq...  相似文献   
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盐孢菌属(Salinispora)作为首个被报道的专性海洋放线菌,主要分布于热带和亚热带海洋沉积环境中,在海绵、海鞘中也有发现。与其他大多数放线菌一样,盐孢菌属的菌株可以产生大量具有抗细菌、抗病毒、抗肿瘤细胞活性、结构新颖的次级代谢产物且表现出物种特异性。全基因组序列分析显示,盐孢菌属菌株基因组中超过10%的基因序列与次级代谢产物合成相关,但绝大多数生物合成基因簇编码的产物未被发现,表明盐孢菌属还存在巨大的生物合成潜能,有待深入发掘。目前新的培养方法、测序技术及生物信息学、基因组发掘技术、合成生物学技术的发展对提升盐孢菌属菌株新型药物的生产潜力发挥重要作用。本文对盐孢菌属的物种多样性、系统分类与化合物发现等方面的研究进行了系统综述。  相似文献   
4.
海洋沉积环境蕴含丰富的微生物资源。对深海难培养微生物的分离培养,不仅有利于深海微生物资源的挖掘与利用,也有利于对深海微生物学的研究。本研究采用多种培养基分离获得细菌菌株纯培养,并通过16S r RNA基因序列鉴定,对我国南海海域1个4 000 m水深的深海表层沉积物样品的可培养细菌多样性进行初探。共设计23种分离培养基,经过选择性分离培养最终获得612株细菌菌株,分别隶属于厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)的9目10科27个属级类群,可培养优势类群为厚壁菌门,占所有分离物种数量的85.8%,包含13个16S rRNA基因序列相似性低于98%的潜在新物种。海洋琼脂类培养基适合培养不同种类的海洋细菌类群,放线菌选择性分离类合成培养基对放线菌类群的分离效果较好。最终获得一些与具有产抗生素、细胞毒素、高效酶活、耐受不良环境、降解污染物等特殊功能微生物相近的菌株。研究结果表明,该深海沉积物样品的可培养微生物资源、潜在新物种和微生物生理特性丰富多样,研究深海环境难培养微生物的分离策略及其微生物适应生理特性对研究极端环境微生物打下了基础。  相似文献   
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目的:探讨中性粒细胞与淋巴细胞比值(neutrophil to lymphocyte rate,NLR)在急诊老年社区获得性肺炎(community acquired pneumonia,CAP)患者中的应用价值。方法:选择2018年10月到2019年10月首都医科大学宣武医院急诊观察室收治的130例老年CAP患者,检测其入院后血常规,血清C反应蛋白(C-reactive protein,CRP)、降钙素原(Procalcitonin,PCT)水平,血气分析,生化全项,胸部X线,并给予痰细菌学检查等辅助检查,进行急性生理及慢性健康状况评分(Acute Physiology and Chronic Health Evaluation,APACHEⅡ)。入院72h后,再次给予血常规、PCT等检查,比较2组NLR和PCT的差异。随访28天后,根据老年CAP患者的临床转归分成死亡组和生存组,比较2组白细胞(WBC)、NLR、CRP、APACHEⅡ评分和PCT及NLR、PCT、APACHEⅡ预测老年CAP患者死亡的ROC曲线下面积(AUC)。结果:死亡组CAP患者血清CRP、PCT水平、NLR和APACHEⅡ评分均显著高于生存组(P<0.05),2组患者WBC比较差异无明显统计学意义(P=0.341)。APACHE II评分预测老年CAP患者死亡的AUC为0.741(95%CI:0.647~0.836),PCT预测老年CAP患者死亡的AUC为0.723(95%CI:0.610~0.835),NLR预测老年CAP患者死亡的AUC为0.709 (95%CI:0.602~0.815),NLR预测老年CAP患者死亡的AUC与PCT和APACHE II评分比较无统计学差异(P=0.848,0.662);入院72h死亡组NLR和PCT入院时无明显变化(P>0.05),而生存组NLR和PCT较入院时比较显著降低(P<0.01)。结论:NLR对急诊老年CAP患者的预后预测价值与PCT及APACHE II评分相当,NLR持续高水平状态提示急诊老年CAP患者的预后不良。  相似文献   
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