湖栖鳍虾虎鱼微卫星DNA标记的 开发与群体遗传多样性分析

为研究雷州半岛湖栖鳍虾虎鱼(Gobiopterus lacustris)遗传多样性,对湖栖鳍虾虎鱼雌雄性腺进行转录组测序,采用MISA软件进行微卫星分析,共获得25 452个微卫星标记,其中包含14 708个单碱基重复类型,6 175个2碱基重复类型,3、4、5和6碱基重复类型数目分别为4 223、327、15和4。随机选取50个微卫星位点设计引物,能够扩增出清晰稳定条带的有39对,其中,11个位点表现出不同程度的多态,28个位点呈现单态。利用11个具有多态性的微卫星位点分析湖栖鳍虾虎鱼在廉江市高桥镇红树林保护区、湛江东海岛、雷州市附城镇和雷州市九龙山红树林国家湿地公园4个野生群体中的遗传多样性及遗传结构,11个微卫星位点呈现出不同程度的多态性,等位基因数(Na)2～15,平均等位基因为(6?3.9)个,有效等位基因数(Ne)、平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别在1.919～2.485、0.343～0.465和0.381～0.483之间,平均多态信息含量(PIC)为0.348～0.465。Hardy-Weinber平衡分析显示,4个群体的大部分位点未偏离平衡。在每个群体中进行连锁不平衡分析,有18对位点间显著(P 0.05)或者极显著(P 0.01)偏离连锁平衡。遗传分化系数在0.107～0.216之间,表明4个群体的遗传分化达到了中等水平以上。分子方差分析(AMOVA)显示,湖栖鳍虾虎鱼大部分的差异来自于群体内而非群体间。     

笛鲷属鱼类DNA 分子条码、系统进化和成种机制

对20 种笛鲷鱼类的72 条DNA 条码进行聚类分析, 筛选出采自南海的13 种笛鲷鱼
类的典型样本; 利用这13 个典型样本的线粒体DNA 的3 个基因(COⅠ, COⅡ和Cytb)全序列
和核DNA 的2 个基因(RAG1 和RAG2)的部分序列组合而成的5389 bp, 对这13 个物种进行了
系统进化关系的推测. 数据表明, 分子进化关系与基于Allen 的形态学分类系统所强调的体
色、体侧带型特征相关性明显. 分布在浅水的黄体笛鲷(Lutjanus kasmira, L. bengalensis 和L.
quinquelineatus)和分布在深水的红体笛鲷(L. malabaricus, L. erythropterus 和L. sebae)分别聚在
一起, 因此推测, 作为缺乏地理隔离的岩礁鱼类, 笛鲷的成种机制可能是通过体色与视觉系
统同步分化驱动物种分化.     

吉富罗非鱼群体遗传多样性的AFLP分析

为了分析吉富罗非鱼的遗传多样性,为其育种提供理论依据,本实验利用5对引物组合(E-AGG/M-CTT, E-AGG/M-CTG, E-AAC/M-CAG, E-ACA/M-CTG, E-ACA/M-CAG)对广东省化州光辉养殖场有限公司新选育的吉富罗非鱼第16代群体(F16)进行遗传多样性的AFLP分析.27个个体共检出187个扩增位点,其中多态位点163个,平均每对引物扩增出32.6个位点,多态位点比例87.17%;平均Nei's基因多样性0.2886;平均Shannon's指数0.4339.结果说明实验群体存在较丰富的遗传多样性且保持有较高的遗传杂合度,具有进一步育种和开发的价值.     

军曹鱼线粒体DNA全序列与鲹鱼宗系的系统进化

通过长距PCR法测得军曹鱼（Rachycentron canadum）全长16758 bp的mtDNA基因组全序列（GenBank登录号:FJ154956和NC₀11219）,结构组成与其他硬骨鱼类基本一致。Blast获取GenBank数据库的高相似度（score=10055—30213）全序列数据,运用最大简约法、邻位连接法、最大似然法和贝叶斯法重建了军曹鱼与其他鱼类的系统发育关系,并采样用松散分子钟（Uncorrected relaxed lognormal clock）对军曹鱼的起源时间进行了估算,结果表明:（1）军曹鱼与鲯鳅科的亲缘关系较参与分析的其他鱼类更为密切（后验概率为0.997）,推测军曹鱼大约起源于56百万年（Million years ago,Ma）前的古新世塔内特阶（Thanetian）时期;（2）军曹鱼科、鲯鳅科和印鱼科聚为一支,但其置信度较低（后验概率为0.593）,且丝帆鱼科、鲹科分别与鲭科和鲀科鱼类聚为不同分支,因此不支持鲹鱼宗系（Carangoid lineage）为单系群。     

勒氏笛鲷微卫星位点的筛选及特征分析

采用PCR法快速筛选勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)基因组文库, 以获得(CA)_n微卫星位点。勒氏笛鲷基因组DNA经限制性内切酶HaeⅢ+ DraⅠ双酶切后, 连接T-载体克隆, 构建基因组文库。以通用引物M13+/-与重复序列引物(CA)15对基因组文库进行筛选, 二次筛选后得到121个可能含有微卫星位点的阳性克隆。进行序列测定, 共获得53个CA(n≥7)重复序列, 重复次数主要分布于7~15(80.77%)。在所得微卫星序列中, 重复单元除CA外, 还观察到单碱基、三碱基、四碱基、五碱基重复单元。根据侧翼序列设计48对引物, 通过优化PCR反应条件, 可获得清晰可重复的目的条带。研究旨在为勒氏笛鲷遗传多样性研究及遗传图谱的构建等奠定基础, 为勒氏笛鲷资源的合理开发利用提供参考。     

孟加拉笛鲷线粒体基因组序列结构及其进化

采用Long-PCR扩增线粒体全基因组方法得到了孟加拉笛鲷线粒体基因组全序列.序列分析结果表明,孟加拉笛鲷线粒体基因组序列全长16 511 bp,共有13个编码蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个D-loop区.在编码蛋白质基因中,除COⅠ是以GTG作为起始密码子外,其它均是以ATG起始,NDⅠ、COⅡ、ND3以TAG作为终止密码子,而ND4、Cyt b则以不完全的T为终止密码子,其余8个蛋白质基因的终止密码子均为TAA.孟加拉笛鲷线粒体基因组各基因长度、位置与典型的脊椎动物相似,其编码蛋白质基因和rRNA基因与其它硬骨鱼类具有很高的同源性.基于14种笛鲷线粒体区段COⅠ、COⅡ和Cyt b基因的全序列合并成的一个组合数据集构建系统进化树,显示孟加拉笛鲷与四带笛鲷关系最为密切.