陕北地区苹果树根内细菌多样性分析

以延安市4个不同县区苹果树根为研究对象，分析苹果树根内生细菌的群落组成和多样性，揭示内生细菌的群落结构及多样性差异。采用高通量测序技术分析4个不同县区苹果树根内生细菌16S rRNA基因V3~V4 变异区序列，使用生物信息学方法分析其内生细菌的群落结构及多样性。结果表明，测序共获得994 571条有效序列，在97%一致性下共产生1 559个有效的操作分类单元(operational taxonomic uunits，OTUs)。在门水平上，4个样地苹果树根内生细菌群落组成中共有的优势类群分别为放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)，其相对丰富度分别为33.1%~60.7%和30.9%~61.6%；属水平上的优势菌属为假单胞菌属(Pseudomonas)、节杆菌属(Arthrobacter)、链霉菌属(Streptomyces)、诺卡氏菌属(Nocardioides)、叶杆菌属(Phyllobacterium)、黄杆菌属(Flavobacterium)、农杆菌属(Agrobacterium)和贪噬菌属(Variovorax)。Alpha多样性和Beta多样性分析表明，宜川县(YC)的Chao1指数(433.54)和Shannon指数(6.45)最大，基于韦恩图分析4个样地苹果树根内生细菌群落存在354个共有OTUs，延长县(YS)、宝塔区(BT)、宜川县(YC)、洛川县(LC)独有苹果树根内生细菌群落的OTUs分别为378、430、486和477。典范对应分析(Canonical Correlation Analysis, CCA)结果表明，土壤pH是影响4个样地苹果树根内生细菌的群落多样性变化的主要因素。4个样地苹果树根内生细菌种类丰富，但群落结构组成和丰富度的差异不明显，功能预测分析表明无论是Level 1还是Level 2，均未发现显著性差异的代谢通路，此结果表明苹果树根系招募了特异型有益的内生细菌菌群。本研究可为苹果树根内生细菌菌种资源的开发和应用提供参考。     

不同年期发酵床垫料细菌群落多样性及功能

探究不同年期发酵程度对发酵床垫料细菌群落多样性及功能的影响，探究其中的有益微生物，开发适合陕北地区的发酵床专用菌剂。以铺设1、2、3和4年的发酵床垫料为研究对象，新铺设的发酵床垫料作为对照（CK），采用MiSeq 高通量测序技术分别测定不同年期发酵床垫料细菌群落16S rRNA 基因 V3~V4 区序列并进行生物信息学分析。不同年期发酵床垫料获得V3~V4区924 008条有效序列，聚成686种操作分类单元 (operational taxonomic unit，OTU)，分属于15个门，30个纲，55个目，65个科和224个属，其中厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为发酵床垫料的主要优势菌门，其占比为40.88%~98.40%，其次为拟杆菌门（Bacteroidetes）和放线菌门（Actinobacteria），其占比分别为3.55%~17.54%和1.29%~3.00%。Shannon指数和Simpson指数分别在3.599~4.737和0.787~0.891之间，不同年期发酵床垫料细菌群落的丰度和多样性指数均高于对照，且随着发酵年限的增加，多样性与生长年期呈正相关，致病细菌埃希氏菌属(Escherichia) 及肠杆菌属 (Enterobacte) 丰度和多样性指数下降趋势明显。优势细菌属数目、组成及其丰度随发酵年限的不同而有所差异。短波单胞菌属 (Brevundimonas) 和芽胞杆菌属 (Bacillus)的总丰度最高，分别在 0.06%~43.63%和0.74%~49.35%之间，且优势细菌属中存在具有有益功能性状的微生物类群。群落功能预测分析初步显示不同年期的发酵床垫料细菌群落功能有所差异，其中年限为4年的发酵床垫料微生物群落的功能信息最为丰富，主要涉及到转运蛋白及磷酸转移酶系统功能，其他年期主要体现在ABC转运蛋白、细菌分泌系统、细菌毒素类及调控系统等功能方面。不同年期发酵床垫料细菌群落组成和功能存在较大差异，且发酵年限影响了发酵床垫料细菌群落多样性、群落结构及功能，随着发酵年限的增加，有益菌属丰度增加，致病菌属丰度下降。