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1.
目的 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)变体往往具有更强的感染力与免疫逃逸能力,目前出现的SARS-CoV-2变体种类繁多,疫情评估与防控形势严峻。本文希望通过建立模拟病毒传染的理论模型,对SARS-CoV-2及其变体引起的疫情进行追踪与预测,并对它们的综合传染性进行评估。方法 根据方格传染病模型,对传染持续时间和群体免疫作用的相互关系进行推导,并在此基础上建立了新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情感染传播的普遍理论模型,提出感染力参数A和免疫作用参数B,将传染时间与感染人数的复杂关系公式化,用于预测感染日变曲线。还引入了突变株综合传染性参数,用以定量比较各突变株的综合传染能力,并对感染参数AB不与地域因素相关的猜想进行了验证。结果 通过COVID-19疫情传播的理论模型,对病毒步行次数与传染时间做出了较为精准的预测。通过对突变株感染能力与电性变化的分析,指出了突变株传染性和突变残基电性变化的内在联系。分析了突变株的参数变化,定量比较了各突变株的综合传染能力,得出了综合传染性排行。还验证了参数AB只与病毒自身性质、病毒与人体共存的性质相关,而与地域无关的猜想,并对各爆发地域的防疫水平进行了评估与比较。结论 本文建立了COVID-19疫情传播的理论模型,在预测疫情持续时间、每日新增感染人数与评估病毒感染力、免疫逃逸能力、综合传染性、地域防疫水平方面具有一定作用,还根据病毒变异可能导致的参数变化给出了防疫注意事项与相关对策的建议。  相似文献   
2.
NLRP基因家族广泛分布于哺乳动物基因组中,在先天免疫反应和生殖发育过程中起着重要作用。本研究以小鼠Nlrp基因家族20个成员为研究对象,通过生物信息学方法对该基因家族成员在基因结构、保守结构域、蛋白质理化性质、亲水和疏水性、潜在磷酸化位点和基因表达等方面进行系统分析,并绘制系统进化树。研究表明,小鼠Nlrp家族基因序列结构差异较大,内含子数量变化较大,基因结构中有一个明显保守的CDS区域;基因家族序列保守性较好,有4个保守区域,序列长度分别为50、34、37、29,亚家族间保守性更高,其中Nlrp10没有亮氨酸重复结构域;基因同源性高,系统发生分析显示免疫相关基因与生殖发育相关基因在进化中已经分开,NLRP2和NLRP7可能起源同一祖先。所有蛋白质均有多个磷酸化位点,脂肪族系数介于82.54~100.33之间,GRAVY值均小于0,蛋白质表现为亲水性,无跨膜结构;亚细胞定位方面NLRP1A位于细胞核、NLRP1B位于质膜、NLRP5位于高尔基体,其它均位于细胞质;各蛋白质PI值均不相同,可用等电聚焦电泳区分各家族成员。所有Nlrp家族成员在配子发生和胚胎发育过程中均有不同程度的表达。本研究结论不仅丰富了NLRP基因家族信息,同时为进一步过渡到体外实验水平和实验研究方案的制定提供理论依据。  相似文献   
3.
DHA和EPA对心脑血管疾病以及癌症等疾病的防治有着重要的作用,其中ω-3和ω-6脂肪酸脱氢酶是合成多不饱和脂肪酸DHA和EPA过程中的两个关键的去不饱和酶,由于缺乏这两种酶的基因,高等动物无法自发合成多不饱和脂肪酸,为了得到可以生产多不饱和脂肪酸的转基因动物,本研究计划将大豆的这两个去饱和脂肪酸作为目的基因,但由于不同物种之间的密码子使用具有偏爱性,会严重影响到目的基因在宿主体内的表达水平,为了解决这一问题,提高目的基因在宿主体内的表达水平,同时采用Jcat在线软件和手动替换密码子两种方法对大豆的ω-3和ω-6脂肪酸脱氢酶基因进行了优化,然后选出最优的优化方法,为后期进一步的实验提供目的基因。最后本文预测了两种优化结果的RNA二级结构和CAI、CBI、Nc值和GC含量,比较得出手动替换的结果优于在线优化的结果。  相似文献   
4.
高通量数据背景下,生物信息学已成为解决生物问题一门必备知识和工具,本文从生命科学的现实背景出发,探讨了高通量测序时代关于生物信息学课程的教学内容、教学方式和教学目的方面的一些建议。期望通过现代生物信息学课程的设计和讲授,使学生及时掌握利用生物信息学处理前沿问题的能力,强化生物信息学实践教学中技能的培养,培养在获取、处理、开发和利用等方面有较强的研究能力和实践能力的生物信息技术人才,提高生命科学相关专业学生的社会就业竞争力。  相似文献   
5.
动物早期胚胎发育始于分化成熟的雌雄配子经受精后重编程为全能性合子。在胚胎发育的初期,合子基因组的转录水平处于静默状态,母源物质调控占据主导地位。随着胚胎发育的进行,母源物质会经历分阶段的降解,合子基因组开始逐渐激活转录,标志着早期胚胎发育从母源性调控向合子基因组调控的转变,也称为母源-合子转换(maternal-zygotic transition,MZT)。其中一个关键的转折性事件就是合子基因组激活(zygotic genome activation,ZGA),ZGA的正确发生对于早期胚胎发育和细胞命运决定至关重要。然而,目前对于ZGA的调控因子和具体的分子机制仍知之甚少。研究表明,ZGA在不同物种中存在较大差异,可能受到DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA、染色质重塑以及ZGA相关因子等多种调控因素的影响。本文探讨了上述几种调控因素影响合子基因组激活的研究进展,对进一步研究早期胚胎ZGA的相关机制具有借鉴意义。  相似文献   
6.
基于序列和结构特征分析植物TATA和TATA-less启动子   总被引:3,自引:0,他引:3       下载免费PDF全文
分析启动子区域内调控元件是阐明基因转录起始机制的重要前提.利用从PlanPromDB数据库下载的植物Pol-ⅡTATA和TATA-less启动子数据,深入分析了两类启动子GC偏好、位点结构保守性、序列碱基组分、保守模体分布、TATA box位点分布及关联位点保守性等特点,统计出两类植物启动子许多特有的序列组分和结构规律,这些规律对进一步揭示植物Pol-Ⅱ启动子的转录调控机制有一定的帮助.通过构建能够同时考虑位点保守性和关联性的位点关联性权重矩阵扫描模型(PCWM), 利用相应打分函数(Score)对两类启动子进行区分,得到了较好结果, 说明PCWM的预测性能要优于单碱基的位点权重矩阵(PWM).  相似文献   
7.
鸟类作为色彩最丰富的陆生脊椎动物,其体表覆盖着颜色多样的羽毛,在伪装、择偶、信号识别等多方面具有重要功能,因此羽毛颜色引起了研究者的极大兴趣。羽毛颜色总体分为由化学物质产生的色素色和由物理结构产生的结构色,其中常见色素有两大类。根据近年来对羽毛色素的研究进展,本文总结了黑色素和类胡萝卜素的类型、合成途径、获取途径以及相关基因,为深入研究羽毛色素合成、代谢的分子调控机制提供科学依据。  相似文献   
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