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【背景】候选门级辐射类群(candidate phyla radiation, CPR)和DPANN是与绝大多数已知细菌和古菌具有显著差异的独特类群,因发现较晚,人们对其认识还非常有限。已知二者类群庞大、存在广泛,但在不同生境中的多样性研究还较少,生态功能尚属未知。【目的】分析不同地下水中CPR和DPANN的多样性,探讨不同方法对CPR和DPANN检出及富集的影响。【方法】采用0.1μm滤膜收集菌体和宏基因组测序的方法分析呼和浩特市周边4个不同地下水中CPR和DPANN的多样性。比较宏基因组测序与16S rRNA基因扩增子测序对CPR和DPANN检出的影响,以及不同过滤方式和不同滤膜组合对CPR和DPANN富集的作用。【结果】4个地下水样品CPR类群检出33-64个菌门,相对丰度在0.17%-1.67%之间;DPANN检出1-7个菌门,相对丰度在0.00093%-0.07100%之间。对于CPR和DPANN,16SrRNA基因V3-V4区扩增子测序仅检出了纳古菌门(Nanoarchaeota)。1.2μm与0.1μm滤膜组合具有最好的CPR和DPANN富集效果,在及时更换滤膜的过滤方式...  相似文献   
2.
摘要 目的:探究外周血中性粒细胞胞外诱捕网(NETs)、TP53、信号转导与转录因子3(STAT3)表达与弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)临床病理及预后的关系。方法:选取2020年3月-2021年12月收治的71例DLBCL患者作为研究对象,抽取患者外周静脉血,采用R-CHOP方案进行治疗,记录患者外周血NETs、TP53、STAT3表达情况并分析DLBCL患者外周血NETs、TP53、STAT3表达与其临床病理及预后的关系。结果:髓细胞组织增生蛋白(MYC)阳性在TP53阳性中的占比显著高于TP53阴性,差异有统计学意义(x2=28.844,P<0.001);Hans分型生发中心B细胞(GCB)在STAT3阳性中的占比显著高于STAT3阴性(x2=4.331,P=0.037),其余差异无统计学意义(P>0.05);随访截止至2022年6月,随访时长8~28个月,71例患者中共53例缓解DLBCL患者,其余18例为R/R DLBCL患者;NETs阳性、TP53阳性、STAT3阳性患者无进展生存期(PFS)显著低于NETs阴性、TP53阴性、STAT3阴性患者,差异有统计学意义(P<0.05)且NETs阳性、TP53阳性、STAT3阳性患者存活率均低于NETs阴性、TP53阴性、STAT3阴性患者(P<0.05);单因素分析结果显示Ann Arbor分期、NETs、TP53、STAT3为DLBCL患者的影响因素(P<0.05);以患者预后情况(R/R DLBCL=1,缓解DLBCL=0)为因变量,将Ann Arbor分期、NETs、TP53、STAT3单因素分析有统计学意义的因素纳入COX回归模型中,结果显示:NETs、TP53、STAT3为DLBCL患者预后的危险因素(P<0.05)。结论:TP53、STAT3表达与DLBCL临床病理存在一定相关性,临床应对DLBCL患者TP53、STAT3表达情况引起重视;NETs、TP53、STAT3表达为DLBCL预后的危险因素,可作为DLBCL患者不良预后的预测指标。  相似文献   
3.
由于生长速率高, 耐旱性强, 银合欢(Leucaena leucocephala)被广泛应用于世界各地退化热带亚热带森林的修复, 但它也是一种全球性的外来入侵植物。已经有研究发现高生长速率可以帮助银合欢成功入侵亚热带森林, 但是目前还不清楚高生长速率和强耐旱性是否能帮助银合欢成功入侵热带森林。该研究以位于中国三亚抱坡岭被银合欢入侵的热带雨林先锋群落为研究对象, 通过t检验比较干季和湿季银合欢和8个热带雨林先锋群落的本地优势种与快速生长(光合速率、气孔导度和蒸腾速率)和耐旱性(叶片膨压丧失点)紧密相关的功能性状的差异, 并利用主成分分析(PCA)研究这些功能性状是否能很好地区分银合欢和其他8个本地优势种。结果表明: 银合欢在干湿季均能快速地生长(比本地物种显著更高的光合速率、气孔导度和蒸腾速率), 且在干季拥有更强的耐旱性(比本地物种显著更低的叶片膨压丧失点)。PCA结果表明这些功能性状能够显著区分银合欢和其他8个本地优势种。因此干湿季的稳定的快速生长和干季的强耐旱性使银合欢成功入侵热带雨林先锋群落。未来可利用这些功能性状筛选合适的本地物种对入侵其他热带森林的银合欢进行有效的生物防治。  相似文献   
4.
候选门级辐射类群(candidate phyla radiation, CPR)细菌和DPANN超门古菌是重要的微生物暗物质,约占地球细菌和古菌多样性的一半。目前对于CPR和DPANN的研究处于起步阶段,仅获得了少数的实验室培养菌株,代表着丰富的菌种资源和基因资源的潜力;同时其生态功能还未知,预示着未来新发现的巨大机遇。本文在总结现有微生物分离培养方法以及CPR和DPANN菌株共性特征的基础上,对已实现实验室培养的CPR和DPANN菌株进行归纳和分析,提出该类群菌株分离培养的几点建议,以期为今后对该类群菌株的分离培养提供参考。CPR细菌和DPANN古菌的可培养研究有助于加深对该类群菌的认识,阐明其生活方式、进化及演变规律并揭示其独特的代谢途径及功能基因,发现新的天然活性产物,具有重要的科学意义及应用价值。  相似文献   
5.
嗜碱芽孢杆菌(Bacillus sp.)N16-5是本实验室从内蒙古乌都淖湖沉积物中分离的嗜碱菌,含有丰富的多糖水解酶,能够利用广泛的单糖和多糖。实验室前期转录组研究发现其基因组上存在一个21 kb大小的木聚糖利用相关基因簇,其中包括xyn EFG基因簇编码的ABC转运蛋白。【目的】生物信息学分析预测xyn E编码转运蛋白的底物结合蛋白,通过敲除xyn E基因研究它对菌株N16-5利用木聚糖的影响。【方法】利用温敏型载体p NNB194介导的同源交换重组的方法构建了xyn E基因敲除菌株N16-5(Δxyn E),并通过基因回补对敲除菌株表型进行验证。通过检测菌株在木聚糖培养基中的生长情况及培养基中还原糖含量的变化来分析xyn E基因对菌株利用木聚糖的影响;通过HPLC检测分析不同培养时间点木聚糖培养基的组分,结合缺失菌株和野生型菌株在以木糖为唯一碳源的培养基中的生长情况来分析Xyn E所属ABC转运蛋白的底物特异性。【结果】相比野生型菌株,缺失型菌株N16-5(Δxyn E)在木聚糖培养基的生长曲线对数期明显延迟,最大生物量略低,且培养过程中出现了明显的还原糖的累积与消耗过程;回补菌株恢复了野生型表型,且最大生物量比野生型略高。HPLC检测分析显示,相比野生型菌株,缺失菌株培养过程底物消耗速度较慢,且16 h后出现明显的木四糖、木三糖和木二糖的累积,直至60 h后仍有较大量木二糖的存在;在木糖培养基中培养时,缺失型菌株和野生型菌株的生长趋势较一致。【结论】Xyn E蛋白特异性结合木寡糖,其所属ABC转运蛋白在嗜碱芽孢杆菌N16-5降解利用木聚糖过程中发挥着重要作用。  相似文献   
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