基于COⅢ和HNF-1α序列研究龟鳖类的系统进化特征

用PCR扩增和测序的方法,获得小鳄龟(Chelydra serpentina)的COⅢ和HNF-1α序列,并分别结合NCBI中其他龟鳖的同源性序列进行比对分析。比对后得到757 bp的COⅢ一致序列和769 bp的HNF-1α一致序列。其中,COⅢ一致序列含有可变位点324个,序列总变异率为42.8%,简约信息位点230个;T、C、A、G的平均含量分别为27.5%、26.6%、30.8%、15.1%,A+T含量(58.3%)高于G+C含量(41.7%),转换/颠换比率(R)为2.62。HNF-1α一致序列有变异位点112个,变异率为14.6%,简约信息位点67个;T、C、A、G的平均含量为26.1%、23.1%、28.3%、22.6%,A+T含量为54.4%,G+C含量为45.7%,转换/颠换比率(R)为1.42。基于Kimura双参数模型计算龟鳖类种间、属间、科间遗传距离,并采用邻接法、最大简约法和最大似然法构建分子系统进化树。结果显示:基于COⅢ序列的淡水龟科4个属间的遗传距离为0.090～0.153,平均遗传距离为0.129;曲颈龟亚目5个科之间的遗传距离为0.150～0.207,平均遗传距离为0.177;基于HNF-1α序列的龟科9属间的遗传距离为0.003～0.051,平均为0.016;鳄龟科、龟科、淡水龟科3科间的遗传距离为0.044～0.067,平均为0.053。由遗传距离和构建的系统进化树可知,淡水龟科与陆龟科具有较近的亲缘关系,而与龟科的亲缘关系较远;支持龟科重新划分为两个分支;鳄龟科和海龟科亲缘关系较近,大鳄龟(Macroclemys temminckii)和小鳄龟可能同为一属。