龟嗜皮菌的快速鉴定及其在鳄蜥 皮肤病原检测中的应用

龟嗜皮菌(Austwickia chelonae)感染爬行类、鸟类、哺乳类等,造成野生动物和家养动物患皮肤病甚至死亡,近年来这种病原体在Ⅰ级保护动物鳄蜥(Shinisaurus crocodilurus)的救护种群中暴发。传统的病原检测方法费时耗力。本文基于龟嗜皮菌全基因组序列开发了特异性高、方便快捷的龟嗜皮菌检测方法,并应用于鳄蜥的皮肤病风险预测。本研究开发的3对检测龟嗜皮菌的特异引物中,AC3引物的使用效果最好。     

不同地理种群鳄蜥tlr4基因遗传多样性及SNPs分布特点分析

Toll样受体(TLRs)是一类识别病原体中高度保守的病原相关分子模式(PAMPs)的蛋白家族,在启动先天性免疫中具有重要作用。人类toll样受体4基因(toll4)的点突变与许多疾病有关,如呼吸道合胞病毒感染、动脉粥样硬化、疟疾等,并且这种点突变往往具有种族分布特异性。鳄蜥(Shinisaurus crocodilurus)是一种古老的爬行动物,属于国家Ⅰ级保护野生动物,由于其遭受非法捕杀、栖息地破坏等人为干扰,目前数量极其稀少。近年来,鳄蜥因疾病造成大量的死亡,且这种疾病的分布具有种群差异性,不同种群往往疾病症状也不同,可能是因不同的病原体感染引起的。我们设想toll4基因的点突变在鳄蜥种群之间可能具有分布的差异性,以适应不同的当地病原体。因此,本文利用PCR产物直接测序和生物信息学分析法初步探索鳄蜥toll4基因的遗传多样性以及单核苷酸多态性(SNPs)的分布特点,验证该基因的点突变是否具有种群特异性分布特点,以及预测其氨基酸替换是否对蛋白质结构和功能产生影响。结果获得的扩增片段长为1 694 bp,在5个种群52条序列中(登录号MN380726～MN380777),共发现27个突变位点,导致9个氨基酸替换,其中3个氨基酸替换被预测为影响蛋白质的结构和功能。27个点突变中有12个只分布在单个种群,4个分布无种群特异性,即每个种群中均有野生型和突变型,其余11个点突变的突变型分布在2或3个种群不等。研究表明,鳄蜥toll4基因遗传多态性在各种群间不一致,且点突变具有种群特异性分布特征,反映不同地理种群遭受不同的病原压力。