健康儿童与发育不佳儿童肠道菌群结构的比较研究

目的对健康儿童与发育不佳(FTT)儿童肠道中微生物区系的ERIC-PCR指纹图谱异同进行研究。方法根据美国疾病预防控制中心(CDC)对儿童生长发育的评价指标对某幼儿园200例4～6岁儿童进行评价,筛选出16例健康儿童和13例FTT儿童,每周1次连续3周跟踪取样,提取粪便样品中细菌总DNA,获得其ERIC-PCR指纹图谱,再将其中一个样品的ERIC-PCR产物作为混合探针通过杂交对指纹图谱上DNA条带序列的异同进一步比较。结果同一个体的肠道菌群结构在取样期间稳定性较好;虽然健康儿童间的肠道菌群结构也有一定差异,但它们却有着共同的结构特征;而健康儿童与FTT儿童的肠道菌群结构差异较大。结论儿童发育状况与肠道菌群结构有一定的关系。     

腹泻儿童肠道菌群结构特征的ERIC-PCR指纹图分析

目的 :了解以粪检有无白细胞区分的两类腹泻儿童肠道菌群结构的特征及其与健康儿童的差别。方法 :提取健康儿童 (H)、临床门诊粪检无白细胞的腹泻儿童 (L )和粪检有白细胞的腹泻儿童 (L +)(各 11例 )粪便总DNA作模板 ,获得反映肠道菌群组成特征的ERIC PCR指纹图谱。结果 :以H、L 和L +为序 ,每类样品以独特的ERIC条带为代表的操作分类单元 (OTU)的总数分别为 5 4∶4 7∶2 6 ;每类样品ER IC图谱多样性指数范围分别为 :2 4 5± 0 14 ,2 11± 0 18和 1 76± 0 19。组内成对相似性系数累积曲线分析 :小于 0 6的CS 值在L 组占到总Cs值个数的 70 % ,在H组占 5 0 % ,而在L +组只占 30 %。结论 :腹泻儿童肠道的菌群结构多样性降低 ,粪检有白细胞腹泻个体较之粪检无白细胞腹泻个体肠道菌群结构偏离健康个体更远。     

从粪便样品中检测动物冠状病毒的分子技术研究

目的 感染冠状病毒的动物向环境排毒主要是通过粪便,建立直接从粪便样品对动物冠状病毒进行检测的分子技术具有重要的公共卫生学意义。方法 通过计算机模拟和实验方法对已报道的2对针对冠状病毒pol基因的通用引物的通用性进行了验证。不经传统的病毒分离．直接从环境样品中提取病毒RNA,通过一步法RT-PCR进行检测,并通过分子杂交和Nested PCR扩增结合TaqMan探针实时荧光检测的PCR技术．提高对冠状病毒检测的灵敏度和准确度,并对猪、禽冠状病毒感染的临床样品进行分析检测。结果 2对引物可以覆盖所有已知的冠状病毒,包括SARS,RT-PCR产物通过测序可以确定冠状病毒种类;实时荧光定量NestedPCR有很高的灵敏度,可以灵敏地检出所有供试的阳性样品,而荧光增量实时监测可以排除凝胶电泳检查的假阳性。结论 该研究为从环境中普查和鉴定冠状病毒提供了可靠的技术方法。     

软腐欧氏杆菌的Ⅲ型分泌系统对harpin蛋白的识别与分泌

本文研究软腐欧氏杆菌分泌致病蛋白的Ⅲ型分泌系统的组分是否能识别梨火疫欧氏杆菌存在于mRNA上的分泌识别信号。用PCR的方法,将带有上游75bp可以在其mRNA的5′端形成一个典型的作为Ⅲ型分泌识别信号的茎环结构的梨火疫欧氏杆菌的诱导植物过敏反应的harpin的基因hrpN,从带有hrp基因簇的质粒pCPP430上克隆到pGEM\|T载体上,获得重组质粒pWGF1,经化学法转化到hrpN基因的转座突变体DH5α(pCPP430hrpN-)中,同时将pWGF1电击转化到胡萝卜软腐欧氏杆菌Se9R中,转化子的无细胞抽提物(CFEP)经Western\|blot检测到harpin蛋白已被表达;带有双重质粒的DH5α(pCPP430hrpN-/pWGF1)在番茄植物上可以引起过敏反应,Se9R(pWGF1)在大白菜上的致病力明显低于Se9R,初步表明一种植物病菌的harpin蛋白可被另外一种病菌的Ⅲ型分泌系统所识别、分泌并保持生物活性。     

应用PCR与温度梯度凝胶电泳分析龈上菌斑微生物群落

目的应用PCR与温度梯度凝胶电泳(PCR—TGGE)分子技术对成年健康口腔的龈上菌斑中微生物群落组成进行分析。方法8例成年个体包括4男4女,年龄19～29岁,分别采取每例个体上下颌牙周龈上菌斑样品,共18份(个体Subl间隔10天采集2次样品)。提取菌斑DNA,PCR扩增16SrDNAV3可变区,产物经TGGE后进行相似系数分析。结果同一个体的上下颌微生物群落组成相似性系数为81％～95％,而不同个体的龈上菌斑微生物群落组成相似性系数,均在60％以下。结论不同个体具有其独特的牙周微生物群落,而且在一定时期内组成稳定。     

用ERIC-PCR结合分子杂交监测焦化废水处理系统(A2/O)中微生物群落结构的变化

建立一种不依赖纯培养 ,可以在废水处理工业现场使用的监测微生物群落结构变化的分子技术。以处理焦化工业废水(A2 /O生物膜工艺 )不同构筑物中的悬浮污泥的微生物群落为研究对象 ,每周采样 1次 ,连续 4周。获得悬浮污泥总 DNA的ERIC- PCR指纹图谱 ,结合分子杂交进一步区分相同条带间的不同序列信息。结果表明 ,在缺氧池 (A2池 )和好氧池 (O池 )之间 ,各个采样点的 ERIC- PCR图谱差异不大 ,悬浮污泥在各构筑物之间交流充分 ;同一采样点的图谱在不同采样时期具有明显差异 ,显示了在此期间微生物群落的连续动态变化过程。通过对生物膜系统中悬浮污泥的微生物群落结构的指纹图谱分析 ,可开发出对该系统微生物群落结构动态变化进行检测的技术     

ERIC-PCR分子杂交技术分析大熊猫肠道菌群结构

目的了解大熊猫肠道微生物区系结构的相似性和稳定性,并找出大熊猫肠道微生物群落结构的变化与健康状况的关系。方法对上海动物园及上海野生动物园所饲养的3只大熊猫2次采集的粪便样品进行微生物群落总DNA的抽提,并以此为模板获得反映肠道微生物群落结构特征的ERIC—PCR和Southern杂交指纹图谱,比较各DNA样品指纹图谱的相似性指数。结果除国庆(大熊猫)的第1次采集的样品(当时处于腹泻状态),其他各DNA样品的ERIC-PCR及Southern杂交指纹图谱的相似性都达到85％～100％;佳斯及川川(大熊猫)2个个体2次采集的样品之间ERIC指纹图谱的相似性分别为93％和87％,而国庆腹泻时的样品与健康时的样品之间则为71％。结论大熊猫不同个体之间肠道微生物群落结构比较相似,而且同一个体在不同时期表现出比较高的稳定性,但当个体的健康出现问题时肠道优势菌菌群结构有一定波动。所采用的DNA提取方法、ERIC—PCR和Southern杂交指纹图谱的高度重复性证明了之一分子生态学技术在大熊猫肠道微生物区系动态监测中的可行性。     

用PCR指纹图技术分析焦化废水接触氧化池中悬浮污泥和生物膜的微生物种群组成

目的:应用分子生物学方法,以处理焦化工业废水(A2/O生物膜工艺)中的悬浮污泥和生物膜的微生物群落作为研究对象,分析不同环境微生物群落的组成差异.方法:首先提取群落的总DNA,获得ERIC-PCR和LP-RAPD指纹图谱并进行对比分析,然后结合群落探针杂交的技术,检查同样迁移率的条带的序列同源性,运用UVIBAND/MAP软件比较所得群落指纹图谱的相似性指数,从而可以得到群落差异的量化结果.结果:焦化废水接触氧化池中,悬浮污泥和生物膜的微生物群落组成存在相当大的差异.结论:通过这种差异的比较分析,有可能让我们更准确地了解氧化池中微生物的群落组成情况,有利于分析其与系统功能的关系.     

应用TGGE技术分析人肠道中双歧杆菌的组成

用温度梯度凝胶电泳(TGGE)技术结合16SrDNA克隆、测序,对健康人肠道中双歧杆菌的组成进行了分析。10例健康人肠道双歧杆菌的TGGE分析显示:人肠道内双歧杆菌的组成具有宿主特异性,不同人肠道双歧杆菌种的多样性和种类不同。通过对一健康儿童肠道双歧杆菌属特异性PCR扩增产物的测序及TGGE电泳行为的分析发现,该个体双歧杆菌TGGE图谱中的条带分别代表Bifidobacteriumbifidum、B.infantis、B.longum、B.adolescentis、B.pseudocatenulatum等种和一新种,其中B.pseudocatenulatum(假小链双歧杆菌)是大多数个体共有且较优势的种类。用传统培养方法只检出B.pseudocatenulatum和B.longum两种。基于双歧杆菌属特异性PCR基础上的TGGE方法结合16SrDNA克隆文库分析可较灵敏、直观地反映人肠道中双歧杆菌的组成。