基于质谱技术筛选差异表达蛋白的统计学策略研究进展

随着质谱技术的快速发展,蛋白质组学已成为继基因组学、转录组学之后的又一研究热点,寻找可靠的差异表达蛋白对于生物标记物的发现至关重要.因此,如何准确、灵敏地筛选出差异蛋白已成为基于质谱的定量蛋白质组学的主要研究内容之一.目前,针对该问题的研究方法众多,但这些方法策略的适用范围不尽相同.总体来说,基于质谱技术筛选差异蛋白的统计学策略可以分为3类:基于经典统计学派的策略、基于贝叶斯学派的统计检验策略和其他策略,这3类方法有各自的应用范围、特点及不足.此外,筛选过程还将产生部分假阳性结果,可以采用其他方法对差异表达蛋白的质量进行控制,以提高统计检验结果的可靠性.     

非限制翻译后修饰鉴定方法的研究进展

蛋白质翻译后修饰在真核生物细胞内广泛存在,对蛋白质的结构和功能有着十分重要的影响.串联质谱技术的快速发展为翻译后修饰鉴定提供了高通量、高灵敏度和高分辨率的分析平台,但传统搜索引擎鉴定修饰的方法无法满足数据分析的需求,非限制翻译后修饰鉴定已成为目前蛋白质组修饰分析的重要手段之一.非限制翻译后修饰鉴定不需要在分析前指定修饰类型,可以直接从样品中找出大量已知或未知的修饰,对提高质谱图谱解析率以及揭示蛋白质的生物学功能具有十分重要的意义.本文首先介绍了非限制翻译后修饰鉴定的定义和发展历程,然后从序列匹配和谱图匹配两个方面详细综述了目前非限制翻译后修饰鉴定的主流算法,分析了非限制翻译后修饰鉴定的质量控制问题,最后结合非限制翻译后修饰鉴定的实际应用讨论了修饰鉴定算法的不足和发展方向.     

蛋白质组学中新蛋白质鉴定的研究方法和策略

当前,基于生物质谱进行蛋白质鉴定的技术已经成为蛋白质组学研究的支撑技术之一.产生的数据主要使用数据库搜索的方法进行处理,这种方法的一大缺陷是不能鉴定数据库中未包含的蛋白质,因此如何充分利用质谱数据对蛋白质组研究的意义很大,而新蛋白质鉴定更是其中一个重要的内容.新蛋白质鉴定是蛋白质鉴定的一个方面,新蛋白质的定义按照序列和功能的已知程度分为3个层次;以蛋白质鉴定的方法为基础,目前新蛋白质鉴定的方法可分为denovo测序和相似序列搜索结合的方法以及搜索EST、基因组等核酸数据库的方法2大类;两者各有利弊.存在各自的问题和相应处理的策略.不同的研究者可以根据具体目的应用和发展不同的鉴定方法,同时新蛋白质的鉴定也将随着蛋白质组学研究的发展而更加完善.     

目标?鄄诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展

基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质．对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的质量控制尤为重要,而基于目标-诱饵库(target-decoy)搜索策略的质量控制是目前应用最为广泛的方法．本文首先介绍了基于目标-诱饵库搜索策略搜库和质量控制的实施流程,然后综述了基于目标-诱饵库搜索策略的质量控制工具,并提出了目标-诱饵库搜索策略的不足及改善方法,最后对目标-诱饵库搜索策略进行了总结与展望．     

NaHS对ATP诱导大鼠小胶质细胞P2X受体表达的影响

目的：观察硫化氢（H₂S）供体硫氢化钠（NaHS）对ATP致伤的大鼠小胶质细胞细胞活力、细胞膜通透性及P2X7受体表达的影响。方法：实验取对数期形态结构及生长分化良好的大鼠小胶质细胞,随机分4组,每组设3个复孔。①正常对照组：常规培养,不进行ATP处理。②ATP组：接种细胞24 h后ATP处理。③NaHS+ATP组：NaHS预先孵育30 min后再用ATP处理,并且NaHS始终存在于反应体系中。④KN-62（P2X₇受体阻断剂）+ATP组：KN-62预先孵育30 min,其余同NaHS+ATP组。MTT检测各组细胞活力,荧光染料YO-PRO-1检测各组相对荧光单位（RFU）反映膜的通透性,Western blot检测各组P2X₇受体表达水平。结果：①与对照组相比,不同浓度的ATP （1、3、5、10 mmol/L）作用3 h均可明显降低大鼠小胶质细胞活力,NaHS （200 μmol/L）干预后大鼠小胶质细胞活力较ATP组明显增加（P<0.01）,但NaHS达400 μmol/L浓度时,其保护作用未进一步增加。②随着ATP浓度的增加,大鼠小胶质细胞内YO-PRO-1的荧光强度显著增加,NaHS预处理可明显减少细胞对YO-PRO-1的摄取（P<0.01）。③ATP （3 mmol/L）能上调P2X₇受体蛋白表达水平,而NaHS （200 μmol/L）预孵育则可明显抑制ATP引起的P2X₇受体蛋白表达的上调（P<0.01）。结论：NaHS可减少ATP致伤的大鼠小胶质细胞的P2X₇受体表达、降低通透性、增加细胞活力,提示调控P2X₇受体的表达和功能可能是H₂S神经保护作用的重要环节。     

盐地碱蓬的化学成分研究

采用硅胶、聚酰胺、Sephadex LH-20等色谱方法从盐地碱蓬乙醇提取液中分离得到6个化合物,分别鉴定为β-谷甾醇(1)、胡萝卜苷(2)、没食子酸(3)、槲皮素(4)、槲皮素-3-O--β-D-吡喃葡萄糖苷(5)和苯甲醇-β-D-吡喃糖苷(6).以上化合物均为首次从碱蓬属植物中分离得到.     

利用串联质谱鉴定氨基酸突变的生物信息学算法

氨基酸突变能够改变蛋白的结构和功能,影响生物体的生命过程.基于串联质谱的鸟枪法蛋白质组学是目前大规模研究蛋白质组学的主要方法,但是现有的质谱数据鉴定流程为了提高鉴定结果的灵敏度往往会有意压缩数据库中的氨基酸突变信息.因此,如何挖掘数据中的氨基酸突变信息成为当前质谱数据鉴定的一个重要部分.当前应用于氨基酸突变鉴定的串联质谱鉴定方法大致可以分为3大类:基于序列数据库搜索的方法、基于序列标签搜索的算法以及基于图谱库搜索的算法.本文首先详细介绍了这3种氨基酸突变鉴定算法,并分析了各种方法的特点和不足,然后介绍了氨基酸突变鉴定的研究现状和发展方向.随着基于串联质谱的蛋白质组学的不断发展,蛋白序列中的氨基酸突变信息将被更好地解析出来,从而得以深入探讨由氨基酸突变引起的蛋白结构和功能改变,为揭示氨基酸突变的生物学意义奠定基础.     

恐龙的墓地——二连浩特

二连浩特地处祖国北部边陲,起于内蒙集宁、经蒙古首都乌兰巴托至俄罗斯乌兰乌德的国际铁路从这里通过。它也是驰名中外的恐龙墓地。近年来,中外学者在这里发现了巴克龙、古似鸟龙、阿莱龙及各种吃肉和吃植物恐龙２００多个个体。其中有幼年的也有成年的,常常看到“一家子”惨死在一起的情景。大量的恐龙化石产于距二连浩特东南１０公里的二连诺尔。这里过去曾是一个盐湖,露出地面的是以灰绿色泥岩和浅黄色、红色砂岩为主的河湖相沉积。科学家把这种河湖相地层叫二连达巴苏组,这专指中亚白垩纪晚期（距今６５００万年以前）的河湖相沉积…     

河南禹县山西组中麟木属( Lepidodendron )的两个新种

本文对华夏植物群鳞木属植物的研究现状进行了综述,讨论了华夏木属是否废除的问题。根据华夏木属与鳞木属基本特征相同,只是叶座形态、叶痕形态与鳞木属不同,这些特征只能作鳞木属分种的依据,同意《中国古生代植物》的处理意见。本文还描述了河南禹县山西组鳞木属的两个新种,即:Lepidod endron huayanense Ma(spnov.), L. yuxianense. Ma(sp. nov.).