基于深度卷积神经网络识别可变剪接位点

可变剪接源于多外显子基因生成多个转录本的调控过程。随着高通量测序,尤其是RNA-seq的研究进展,剪接序列和剪接位点可以通过挖掘海量的测序数据进行预测。可变剪接现象拓宽了人们对基因结构和蛋白质亚型的知识。然而现有的短序列比对软件受到随机性比对的影响,产生很多假阳性剪接位点,干扰下游数据分析。本研究发现,可变剪接位点周边序列的结构特征可被深度学习模型提取,并利用深度卷积神经网络识别剪接位点。本研究的模型具有识别率高、计算速度快,模型泛化能力强、鲁棒性高等优势。     

柑橘木虱成虫趋光行为反应

柑橘木虱Diaphorina citri Kuwayama是柑橘黄龙病(huanglongbing,HLB)的重要传播媒介。为了利用灯光诱控技术防治柑橘木虱,本实验于室内条件下研究柑橘木虱对波长为360 nm、400 nm、440 nm、480 nm、520 nm、560 nm和600 nm的LED光源和不同光照强度趋光行为反应。结果表明:柑橘木虱对7种单色光都有正趋向性。其中雌雄混合存在时对400 nm的紫光趋向性最强,其次是560 nm的绿光;单独处理时,雌成虫对400 nm的紫光趋性最强,其次是520 nm的绿光,雄成虫则是对520 nm的绿光趋性最强,其次是400 nm的紫光。在200μw/cm 2到1000μw/cm 2的光照强度范围内,随着光照强度的增大,柑橘木虱雄成虫趋光行为逐渐增强,在光照强度为1000μw/cm 2时趋光行为最强,但雌成虫趋光行为变化不明显。该研究表明:柑橘木虱雌雄成虫具有明显的正趋光性,且对光谱和光强的反应存在差异。这一结果可为柑橘木虱田间的灯光诱控提供实验依据。     

弱硅化腕足类化石酸处理方法的改进

本文介绍了一种获取灰岩中弱硅化腕足类化石的酸处理方法。以四川省布拖县浪珠乡万吨山剖面上奥陶统铁足菲克组近顶部的生屑灰岩为实验对象, 通过准备样品、悬吊样品、配酸解液、酸解样品等实验流程, 配合遮盖液(如二乙酸纤维素丙酮溶液)的使用, 可获得保存精美的、弱硅化的腕足类实体化石, 且该化石保存有主突起、铰齿和匙形台等重要的细小结构。相较于传统方法, 该方法可获取硅化程度更低的壳相化石。该方法为灰岩中其他多门类弱硅化保存的化石之酸解分析提供了新思路和参考。     

软腐白菜细菌群落结构多样性与生长环境的相关性

[目的]通过对比分析不同生境白菜软腐病变组织与根系土壤相关细菌的群落结构,探讨白菜软腐细菌种群的多样性,以及与生境土壤细菌种群的相关性.[方法]样品采自河南省2个不同生态型白菜田,以成熟白菜软腐组织及病株根系土壤为目标,利用模拟原环境的培养基成分和条件,对样品中的细菌进行高通量分离培养和细胞16S rRNA基因序列比对分析,获得各样品细菌种群结构及其丰度,进而对各样品的优势菌群进行对比分析.[结果]两种不同生境白菜软腐组织细菌总量M05T为4.0×l0s cell/g、Q2T为1.2×1011 cell/g,分别获得纯菌56株和85株.M05T优势菌为萎蔫短小杆菌萎蔫亚种(Curtobacterium flaccunfaciens pv.Flaccumfaciens);Q2T优势菌为假单胞菌(Pseudomonas spp.)(柄木槿假单胞菌(P.hibiscicola)、台湾假单胞菌(P.taiwanensis)、托木尔假单胞菌(P.tuomuerensis)、莫塞尔假单胞菌(P.mosselii)).根系土壤细菌总量M05S为2.7 × 105 cell/g、Q2S为6.2 × 107 cell/g,分别获得纯菌36株和70株.M05S优势菌为巨大芽胞杆菌(Bacillus megatherium);Q2S优势菌为假单胞菌(Pseudomonas spp.)(香鱼假单胞菌(P.plecoglossicida)、栖木槿假单胞菌(P.hibiscicola)、类黄色假单胞菌(P.parafulva)、蒙氏假单胞菌(P.monteilii)、膝形假单胞菌(P.geniculata)).[结论]依据不同生境的白菜软腐组织和根系土壤细菌群落结构对比分析,认为白菜软腐菌可能具有多样性和多种致病来源,本研究为软腐病多种防治措施的制定提供基础研究和菌种资源.     

NADPH氧化酶可能参与了ABA诱导蚕豆气孔保卫细胞运动

研究了NADPH氧化酶在ABA（abscisic acid)诱导蚕豆气孔关闭信号转导网络中的作用,荧光光谱实验表明,在嗜中性白血球NADPH氧化酶抑制剂DPI(diphenyleneio-donium)存在的条件下,与对照相比,大大逆转了由ABA引起HPTS（8-hydroxypyrene-1,3,6-trisulfonic acid,trisodium salt)的荧光强度下降。表皮生物分析法显示,10^-6mol/L的DPI和10^3unit/mL的过氧化氢酶（catalase,CAT)在一定程度上也逆转了ABA诱导张开气孔的关闭。因此推测：在ABA诱导蚕豆气孔保卫细胞过程中,质膜上的NADPH气体酶可能催化形成超氧自由基O^-2,再经歧化反应形成H2O2,而形成的H2O2参与了气孔运动调节。     

复合淀粉凝胶电泳同工酶分析

为了克服水解马铃薯淀粉不易获得的困难,并使“Ｉ发片淀粉凝胶电泳同工酶分析”更容易开展,普通的化学试剂马铃薯淀粉（或精制食用马铃薯淀粉）和可溶性淀粉混合物加入适当 剂被用来代替水解马铃薯淀粉制作凝胶。试验结果表明：用８￣１０％的上述混合淀粉（５：３）,添加１％的琼脂粉和２￣４％的蔗糖,所制成的“复合淀粉凝胶”可以很好地被切片,并成功地对许多不同类群的植物材料的ＰＧＭ、ＰＧＩ、ＭＤＨ、ＡＡＴ、ＳＫＤＨ     

复合淀粉凝胶电泳同工酶分析

为了克服水解马铃薯淀粉不易获得的困难,并使“水平切片淀粉凝胶电泳同工酶分析”更容易开展,普通的化学试剂马铃薯淀粉(或精制食用马铃薯淀粉)和可溶性淀粉混合物加入适当的添加剂被用来代替水解马铃薯淀粉制作凝胶。试验结果表明：用8～10％的上述混合淀粉(5∶3),添加1％的琼脂粉和2～4％的蔗糖,所制成的“复合淀粉凝胶”可以很好地被切片,并成功地对许多不同类群的植物材料的PGM、PGI、MDH、AAT、SKDH、6PGD、IDH和ME等酶进行染色。     

施用生物质炭对采煤塌陷区土壤氨氧化微生物丰度和群落结构的影响

生物质炭作为一种新型土壤改良剂,施入土壤不仅能提高肥力,改善土壤结构,还能够影响土壤氮素的转化.本文利用培养试验研究施用生物质炭对采煤塌陷区土壤性质及氨氧化菌丰度和群落结构的影响.结果表明: 生物质炭显著提高土壤铵氮(NH4⁺-N)、全氮、有效磷和速效钾含量.生物质炭施用量对氨氧化古菌(AOA)丰度没有显著影响,但是增加施用量显著提高了氨氧化细菌(AOB)丰度.对T-RFLP数据进行分析发现,生物质炭提高了AOA和AOB多样性,并在一定程度上改变了AOA和AOB群落结构.施用生物质炭提高了采煤塌陷区土壤养分含量,并在一定程度上提高了氨氧化菌的丰度和多样性,表明生物质炭对塌陷区复垦土壤具有培肥改良的潜能.     

闽江河口短叶茳芏群落湿地沉积物反硝化强度对盐度的响应

为了探讨河口区湿地沉积物反硝化强度对盐度的响应,2015年7月选择闽江河口覆盖短叶茳芏的鳝鱼滩和道庆洲湿地沉积物为研究对象,采用密封厌氧培养,计算不同培养时期在不同盐度下的反硝化速率。结果表明,在反硝化培养的初期,鳝鱼滩的反硝化速率从低盐度到高盐度分别为(15.5±1.38)、(4.28±8.46)、(12.94±0.24)mg kg~(-1)d~(-1),道庆洲分别为(31.93±4.89)、(30.66±5.375)、(36.69±3.44)mg kg~(-1)d~(-1),鳝鱼滩的10天反硝化速率在0和10盐度下降幅度分别是5天的36.97%、53.01%,高于道庆洲22.64%、28.84%,后期随着时间的变化整体上呈现减小的趋势并趋于0。另外,鳝鱼滩和道庆洲反硝化活性随着时间呈现逐渐增加的趋势,其鳝鱼滩变化幅度在95.6%—99.8%,道庆洲为90.0%—96.7%,整个培养期间,鳝鱼滩的反硝化活性均高于道庆洲的反硝化活性。以上结果反映出盐度对闽江河口湿地沉积物的反硝化速率起到一定的抑制作用。